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- PDB-5szl: Protocadherin gamma A1 extracellular cadherin domains 1-4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5szl
タイトルProtocadherin gamma A1 extracellular cadherin domains 1-4
要素PROTOCADHERIN GAMMA A1 EXTRACELLULAR CADHERIN DOMAINS 1-4, Protein Pcdhga1
キーワードCELL ADHESION (細胞接着)
機能・相同性
機能・相同性情報


homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / membrane => GO:0016020 / 細胞接着 / calcium ion binding / 生体膜 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Protocadherin gamma-A1 / Cadherin, C-terminal catenin-binding domain / Cadherin C-terminal cytoplasmic tail, catenin-binding region / Cadherin, cytoplasmic C-terminal domain / Cadherin cytoplasmic C-terminal / Cadherin, N-terminal / Cadherin-like / Cadherin conserved site / Cadherin domain signature. / Cadherin repeats. ...Protocadherin gamma-A1 / Cadherin, C-terminal catenin-binding domain / Cadherin C-terminal cytoplasmic tail, catenin-binding region / Cadherin, cytoplasmic C-terminal domain / Cadherin cytoplasmic C-terminal / Cadherin, N-terminal / Cadherin-like / Cadherin conserved site / Cadherin domain signature. / Cadherin repeats. / Cadherin domain / Cadherins domain profile. / Cadherin-like / Cadherin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-D-mannopyranose / Protocadherin gamma subfamily A, 1 / Protocadherin gamma A1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者Goodman, K.M. / Bahna, F. / Mannepalli, S. / Honig, B. / Shapiro, L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM107571 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2016
タイトル: gamma-Protocadherin structural diversity and functional implications.
著者: Goodman, K.M. / Rubinstein, R. / Thu, C.A. / Mannepalli, S. / Bahna, F. / Ahlsen, G. / Rittenhouse, C. / Maniatis, T. / Honig, B. / Shapiro, L.
履歴
登録2016年8月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月9日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: chem_comp / pdbx_audit_support
Item: _chem_comp.type / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTOCADHERIN GAMMA A1 EXTRACELLULAR CADHERIN DOMAINS 1-4, Protein Pcdhga1
B: PROTOCADHERIN GAMMA A1 EXTRACELLULAR CADHERIN DOMAINS 1-4, Protein Pcdhga1
C: PROTOCADHERIN GAMMA A1 EXTRACELLULAR CADHERIN DOMAINS 1-4, Protein Pcdhga1
D: PROTOCADHERIN GAMMA A1 EXTRACELLULAR CADHERIN DOMAINS 1-4, Protein Pcdhga1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)195,05756
ポリマ－189,3234
非ポリマー5,73452
水0
1
A: PROTOCADHERIN GAMMA A1 EXTRACELLULAR CADHERIN DOMAINS 1-4, Protein Pcdhga1
B: PROTOCADHERIN GAMMA A1 EXTRACELLULAR CADHERIN DOMAINS 1-4, Protein Pcdhga1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,35428
ポリマ－94,6612
非ポリマー2,69226
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5540 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area44440 Å2
手法PISA
2
C: PROTOCADHERIN GAMMA A1 EXTRACELLULAR CADHERIN DOMAINS 1-4, Protein Pcdhga1
D: PROTOCADHERIN GAMMA A1 EXTRACELLULAR CADHERIN DOMAINS 1-4, Protein Pcdhga1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,70328
ポリマ－94,6612
非ポリマー3,04226
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5560 Å2
ΔGint-70 kcal/mol
Surface area45630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.867, 107.867, 463.081
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

-
要素

-
タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 40分子 ABCD

#1: タンパク質
PROTOCADHERIN GAMMA A1 EXTRACELLULAR CADHERIN DOMAINS 1-4, Protein Pcdhga1


分子量: 47330.723 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Pcdhga1 / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A0A6YW27, UniProt: Q91XZ0*PLUS
#6: 化合物...
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

-
糖 , 5種, 16分子

#2: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 732.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_a6-d1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖
ChemComp-MAN / alpha-D-mannopyranose / alpha-D-mannose / D-mannose / mannose / α-D-マンノピラノ-ス / マンノース


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DManpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#7: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.06 %
結晶化温度: 295 K / 手法: batch mode / pH: 7
詳細: 8% (w/v) PEG8000, 16% ethylene glycol, 20% Morpheus Amino Acids (Molecular Dimensions), 0.1 M Morpheus Buffer System 2 (Hepes/MOPS buffer; Molecular Dimensions) pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年3月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.2→40 Å / Num. obs: 23885 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 133.85 Å2 / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.379 / Net I/σ(I): 3.1
反射 シェル解像度: 4.2→4.54 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 2.646 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / CC1/2: 0.318 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ZI9

4zi9


解像度: 4.2→39.96 Å / SU ML: 0.81 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 38.07
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3136 1182 5 %
Rwork0.2866 --
obs0.2879 23652 99.18 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.2→39.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12195 0 310 0 12505
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00412722
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.82217450
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.6697767
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0542112
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052332
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
4.2-4.39090.41611710.36852612X-RAY DIFFRACTION96
4.3909-4.62210.40021620.36562726X-RAY DIFFRACTION99
4.6221-4.91120.40171420.34432807X-RAY DIFFRACTION99
4.9112-5.28960.33671430.30782751X-RAY DIFFRACTION100
5.2896-5.82050.34471480.31092814X-RAY DIFFRACTION100
5.8205-6.65940.33841350.30922846X-RAY DIFFRACTION100
6.6594-8.37740.32071480.29132872X-RAY DIFFRACTION100
8.3774-39.96180.22641330.22093042X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0375-0.02910.0060.0105-0.03170.01770.517-0.21320.6457-0.05140.3854-0.42140.01110.125602.72410.0662-0.52881.6569-0.37092.356969.990773.7472110.9653
2-0.02050.0791-0.0154-0.0006-0.10820.03310.21780.2411-0.2533-0.146-0.02420.3502-0.07460.030602.191-0.118-0.51562.232-0.30512.2804-19.8850.830135.2583
30.05520.0925-0.03590.0275-0.16480.06490.11650.6798-0.1120.1021-0.1339-0.1313-0.244-0.388101.58740.2905-0.10832.08990.15581.237910.484848.4909-8.8076
4-0.01870.09130.0563-0.0482-0.03910.0532-1.07650.31130.22430.06630.1978-0.25430.0691-0.2472-02.96820.0460.13151.5728-0.33591.33864.343954.1856130.1291
50.1737-0.0233-0.02520.1962-0.26640.1793-0.19550.1479-0.40540.11810.1302-0.3646-0.23240.1092-01.37840.2796-0.13040.9731-0.21761.281444.066553.7781.8585
60.3442-0.0992-0.16230.2781-0.14950.1515-0.42220.1688-0.0460.67130.29890.08030.3776-0.2309-01.50650.011-0.1011.2959-0.31811.25286.465121.880963.2482
70.1628-0.1919-0.22890.3655-0.1070.0935-0.33630.0430.275-0.2480.29860.2357-0.0122-0.0438-01.4540.2268-0.09140.9619-0.04711.340616.106948.15635.145
80.3721-0.0611-0.06360.22040.02290.07750.4589-0.13610.72080.4572-0.04460.2351.1159-0.107501.58270.104-0.07111.3191-0.25831.28985.025546.194886.6191
90.21460.1008-0.1034-0.0982-0.03280.13060.76560.13640.016-0.3125-0.5624-0.24640.0920.552201.32330.7222-0.18340.9457-0.08720.861420.689524.705746.621
10-0.0221-0.10370.0375-0.17960.12230.0467-0.0023-0.0807-0.2162-0.19420.77890.2053-0.0044-0.21050-1.08484.16060.4359-4.4486-1.74930.946442.607837.710796.5637
110.01340.0075-0.0511-0.02490.09690.0559-0.30750.7131-0.1906-0.05530.141-0.16550.5435-0.0345-01.20641.1446-0.2540.04570.16221.023220.331462.080484.0466
120.21660.06370.1290.2727-0.05230.0415-0.13-0.67460.1997-0.9443-0.8837-0.3379-0.0271-0.0017-01.71450.508-0.23261.1093-0.23551.3794-6.040848.436736.6976
13-0.04720.07560.24510.1048-0.2420.09430.21260.4910.5741-0.02250.29260.2658-0.8186-0.5468-01.87220.0124-0.35491.6005-0.34031.699-6.05735.63413.4279
140.1061-0.1533-0.21160.04440.08850.09860.56320.7247-0.760.1981-0.15951.1801-0.5575-0.065303.05880.1708-0.68251.728-0.29822.768469.382956.208128.0153
150.4411-0.1266-0.06980.0056-0.06890.02970.03860.26770.1107-0.35380.1265-0.0788-0.88441.030201.52220.2445-0.11751.14760.22370.979734.963370.1768129.8166
16-0.30310.11840.0062-0.04030.0766-0.013-0.6357-0.5462-0.28330.07080.09320.2391-0.1597-0.3201-00.0564-0.4051-0.97670.7109-2.4015-5.287-25.55640.0443-7.8167
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 2:98 )A2 - 98
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN B AND RESID 2:98 )B2 - 98
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN C AND RESID 2:98 )C2 - 98
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN D AND RESID 2:98 )D2 - 98
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 99:207 )A99 - 207
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN B AND RESID 99:207 )B99 - 207
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN C AND RESID 99:207 )C99 - 207
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN D AND RESID 99:207 )D99 - 207
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN A AND RESID 208:312 )A208 - 312
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN B AND RESID 208:312 )B208 - 312
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN C AND RESID 208:312 )C208 - 312
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN D AND RESID 208:312 )D208 - 312
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN A AND RESID 313:414 )A313 - 414
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN B AND RESID 313:413 )B313 - 413
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN C AND RESID 313:419 )C313 - 419
16X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN D AND RESID 313:417 )D313 - 417

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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