PDB-5s4l: Tubulin-Z1891773393-complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5s4l

タイトル

Tubulin-Z1891773393-complex

要素

Stathmin-4スタスミン
Tubulin alpha-1B chain
Tubulin beta-2B chain
Tubulin-Tyrosine LigaseTubulin—tyrosine ligase

キーワード

CELL CYCLE (細胞周期) / TUBULIN FOLD /

CYTOSKELETON (細胞骨格) /

MICROTUBULE (微小管)

機能・相同性

機能・相同性情報

tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / microtubule-based process /

tubulin binding /

加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / spindle microtubule / protein modification process / structural constituent of cytoskeleton ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

Gallus gallus (ニワトリ)

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Muehlethaler, T. / Gioia, D. / Prota, A.E. / Sharpe, M.E. / Cavalli, A. / Steinmetz, M.O.

資金援助

European Union,

イタリア,

スイス, 4件

組織	認可番号	国
iNEXT/Horizon 2020	PID2692	European Union
NEON/Regione Lombardia	ID239047	イタリア
Swiss National Science Foundation	31003A_166608	スイス
Swiss National Science Foundation	31030A_192566	スイス

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2021
タイトル: Comprehensive Analysis of Binding Sites in Tubulin.
著者: Muhlethaler, T. / Gioia, D. / Prota, A.E. / Sharpe, M.E. / Cavalli, A. / Steinmetz, M.O.

履歴

登録	2020年11月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年6月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月6日	Group: Advisory / Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5s4l.cif.gz	914.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5s4l.ent.gz	751.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5s4l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s4/5s4l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s4/5s4l	HTTPS FTP

-
グループ登録

ID	G_1002173 (59エントリ) 5s4l 5s4m 5s4n 5s4o 5s4p 5s4q 5s4r 5s4s 5s4t 5s4u
タイトル	XChem fragment screening on T2R-TTL
タイプ	undefined
解説	Crystal structures of Tubulin-XChem-fragment complexes

-
関連構造データ

関連構造データ	5lxtS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5s67-d 7dad-d 5ng1-d 5s4t-d 5s5u-d 4o4i-d 5cb4-d 6bry-d 5jh7-d 5s4r-d 4tv9-d 5s5z-d 5s55-d 6eg5-d 5s5r-d 5s5o-d 6knz-d 5nfz-d 5s5w-d 5xiw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#175 - 2014年7月微小管 (Microtubules) 類似性 (28) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (19) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (19) #118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#175 - 2014年7月
微小管 (Microtubules)
類似性 (28)
#176 - 2014年8月
ダイニン (Dynein)
類似性 (19)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (19)
#118 - 2009年10月
ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump)
類似性 (1)
#168 - 2013年12月
DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
類似性 (1)
#195 - 2016年3月
RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Tubulin alpha-1B chain

B: Tubulin beta-2B chain

C: Tubulin alpha-1B chain

D: Tubulin beta-2B chain

E: Stathmin-4

F: Tubulin-Tyrosine Ligase

ヘテロ分子

265 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	105.370, 159.780, 178.970
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 4種, 6分子 ACBDEF

#1: タンパク質	Tubulin alpha-1B chain / Alpha-tubulin ubiquitous / Tubulin K-alpha-1 / Tubulin alpha-ubiquitous chain 分子量: 50204.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Brain脳 / 参照: UniProt: P81947
#2: タンパク質	Tubulin beta-2B chain 分子量: 49999.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Brain脳 / 参照: UniProt: Q6B856
#3: タンパク質	Stathmin-4 / スタスミン / Stathmin-like protein B3 / RB3 分子量: 16844.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Stmn4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63043
#4: タンパク質	Tubulin-Tyrosine Ligase / Tubulin—tyrosine ligase 分子量: 44378.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: TTL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E1BQ43

-
非ポリマー , 8種, 395分子

#5: 化合物	ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / グアノシン三リン酸分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₄P₃ / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP / グアノシン二リン酸タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#9: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸 / MES (緩衝剤) 分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#10: 化合物	ChemComp-WV1 / N-{4-[(1R)-1-aminoethyl]phenyl}cyclopropanecarboxamide 分子量: 204.268 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₆N₂O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#11: 化合物	ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP 分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₈N₅O₁₂P₃ コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#12: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 379 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.6 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 2% PEG 4K, 4% glycerol, 30 mM MgCl2, 30 mM CaCl2, 0.1 M MES/Imidazole, 5 mM L-tyrosine

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91587 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月14日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.91587 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.3→63.66 Å / Num. obs: 133828 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.808 % / B_iso Wilson estimate: 62.347 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.077 / R_rim(I) all: 0.083 / Χ²: 1.026 / Net I/σ(I): 14.88 / Num. measured all: 911118 / Scaling rejects: 451

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.3-2.36	7.093	1.693	1.12	69431	9858	9789	0.533	1.825	99.3
2.36-2.42	7.052	1.3	1.48	67234	9601	9534	0.617	1.402	99.3
2.42-2.49	6.97	0.961	1.97	64699	9334	9282	0.757	1.037	99.4
2.49-2.57	6.858	0.787	2.39	61600	9054	8982	0.818	0.851	99.2
2.57-2.66	6.543	0.598	3.03	57156	8775	8736	0.872	0.649	99.6
2.66-2.75	6.618	0.482	3.78	56171	8518	8488	0.9	0.523	99.6
2.75-2.85	6.969	0.354	5.16	57445	8290	8243	0.952	0.382	99.4
2.85-2.97	7.073	0.266	6.86	55484	7868	7845	0.972	0.287	99.7
2.97-3.1	6.978	0.185	9.57	53160	7642	7618	0.986	0.2	99.7
3.1-3.25	6.928	0.137	12.48	50383	7290	7272	0.992	0.148	99.8
3.25-3.43	6.572	0.103	15.69	45327	6913	6897	0.995	0.112	99.8
3.43-3.64	6.455	0.079	19.25	42529	6608	6589	0.996	0.086	99.7
3.64-3.89	6.892	0.065	25.14	42077	6164	6105	0.998	0.07	99
3.89-4.2	6.928	0.046	33.38	40028	5781	5778	0.999	0.049	99.9
4.2-4.6	6.751	0.036	39.89	36052	5343	5340	0.999	0.039	99.9
4.6-5.14	6.302	0.033	41.73	30383	4825	4821	0.999	0.036	99.9
5.14-5.94	6.608	0.036	40.73	28468	4317	4308	0.999	0.039	99.8
5.94-7.27	6.849	0.033	43.69	25089	3663	3663	0.999	0.036	100
7.27-10.29	6.232	0.024	56.43	17866	2877	2867	0.999	0.026	99.7
10.29-63.66	6.305	0.02	68.73	10536	1684	1671	1	0.022	99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
PHENIX	1.18.2_3874	位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 5lxt

5lxt

解像度: 2.3→63.66 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.34 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2346	6626	4.95 %
R_work	0.2021	127180	-
obs	0.2037	133806	99.56 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 190.49 Å² / B_iso mean: 72.8787 Å² / B_iso min: 35.3 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.3→63.66 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17468	0	203	379	18050
B_iso mean	-	-	68.97	60.6	-
残基数	-	-	-	-	2209

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.3-2.33	0.3484	220	0.3379	4189	4409	100
2.33-2.35	0.342	194	0.3194	4193	4387	99
2.35-2.38	0.341	223	0.3091	4192	4415	100
2.38-2.41	0.3028	227	0.3006	4126	4353	99
2.41-2.44	0.3314	221	0.294	4228	4449	99
2.44-2.48	0.3161	236	0.2834	4148	4384	99
2.48-2.51	0.3402	213	0.2855	4197	4410	99
2.51-2.55	0.3185	210	0.2771	4212	4422	100
2.55-2.59	0.2935	224	0.2706	4187	4411	99
2.59-2.63	0.3332	231	0.2694	4203	4434	99
2.63-2.68	0.3065	210	0.2742	4183	4393	100
2.68-2.73	0.2789	217	0.2663	4249	4466	99
2.73-2.78	0.2895	206	0.2547	4208	4414	99
2.78-2.84	0.297	216	0.2516	4214	4430	100
2.84-2.9	0.3018	237	0.2509	4198	4435	100
2.9-2.97	0.3118	223	0.248	4203	4426	99
2.97-3.04	0.2813	219	0.2454	4249	4468	100
3.04-3.12	0.2478	243	0.2284	4198	4441	100
3.12-3.21	0.2765	217	0.2285	4225	4442	100
3.21-3.32	0.2701	216	0.2272	4271	4487	100
3.32-3.44	0.245	213	0.219	4255	4468	100
3.44-3.57	0.2365	195	0.2097	4253	4448	100
3.57-3.74	0.257	203	0.2122	4243	4446	99
3.74-3.93	0.1947	218	0.1832	4279	4497	100
3.93-4.18	0.1819	232	0.1717	4257	4489	100
4.18-4.5	0.1926	226	0.158	4285	4511	100
4.5-4.95	0.1824	243	0.148	4304	4547	100
4.95-5.67	0.2155	223	0.1732	4308	4531	100
5.67-7.14	0.2326	236	0.1904	4396	4632	100
7.14-63.66	0.1847	234	0.1571	4527	4761	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1043	-0.0085	-0.1779	4.5173	0.6118	3.4293	-0.0142	0.1708	0.2139	-0.5308	0.225	-0.2392	-0.7394	0.2359	-0.2144	0.5948	-0.0824	0.1104	0.5199	-0.1243	0.4423	32.2961	90.5846	50.3423
2	4.6505	-0.4806	-3.0614	5.0355	-1.1294	2.7062	0.0331	-0.3738	-0.0735	0.4078	-0.0684	-0.1365	0.1336	0.2921	0.0606	0.4588	0.0599	-0.019	0.4421	-0.1251	0.3801	30.1281	75.2966	58.6858
3	1.8375	0.0585	0.2372	4.1693	1.2026	4.9531	0.08	0.0082	0.033	0.2527	-0.0777	0.3927	-0.1057	-0.3009	-0.0156	0.4271	0.0194	0.0686	0.3613	-0.1072	0.4369	17.2409	85.8087	66.4091
4	1.3471	-1.0118	0.0746	6.2054	1.3757	2.1741	-0.0939	-0.1296	0.1024	0.6895	0.1904	0.2404	0.0367	0.0279	-0.1021	0.5429	0.009	0.1172	0.5336	-0.0819	0.4887	19.1289	84.6285	72.8639
5	2.1502	0.1012	0.702	4.9291	3.2956	2.5913	-0.0692	-0.2871	0.0249	0.9836	0.3854	-0.2947	0.8649	0.6001	-0.281	0.6279	0.1233	-0.0418	0.4406	-0.1019	0.6049	32.475	63.3368	61.4375
6	6.4615	-2.7812	-2.0438	9.1132	0.6443	5.0554	0.313	0.2576	0.8799	-0.4015	-0.1901	0.2074	-0.9536	-0.229	-0.0595	0.6405	0.0691	-0.038	0.5239	-0.0187	0.5679	16.1882	70.6997	18.9485
7	2.4408	0.3115	0.1642	2.4281	1.631	3.6231	0.0525	0.0011	0.1939	-0.0353	-0.1286	0.1426	-0.2918	-0.0922	0.0591	0.3971	0.0255	0.0023	0.4381	-0.0917	0.4419	20.3499	56.7365	25.1414
8	4.283	-2.0397	1.4643	3.9167	-0.6563	3.7936	-0.2697	-0.3043	-0.1253	0.13	-0.0549	0.6296	-0.0877	-1.3622	0.3196	0.5539	0.0528	0.0446	0.8344	-0.2493	0.5952	5.914	61.0876	42.1509
9	1.1085	-1.6036	-0.8035	5.1189	3.1176	4.983	-0.0193	-0.2532	-0.0378	0.844	0.0068	0.05	0.6507	0.2002	-0.0117	0.4481	-0.0952	-0.0099	0.5193	-0.056	0.4606	21.0276	42.0572	31.1962
10	1.4952	-0.3303	0.1293	3.3659	0.3357	1.7691	-0.0601	0.1889	0.1344	-0.2845	0.1043	-0.0092	-0.1811	0.103	-0.0393	0.3904	-0.0687	0.0397	0.4846	-0.0352	0.4032	20.1466	33.7277	-12.1019
11	1.3848	-0.6636	-0.1244	1.909	0.9748	1.7846	-0.0244	-0.0417	0.0871	0.1088	-0.0615	0.1613	0.0137	-0.2333	0.0868	0.3186	-0.0658	0.0559	0.4118	-0.0292	0.3731	7.787	26.6378	3.0697
12	4.6303	-2.5283	0.6266	7.0028	0.0962	2.0067	-0.057	0.5637	0.0978	-0.7326	0.1222	0.0598	-0.1691	-0.0915	-0.0909	0.6562	-0.1048	0.0707	0.8684	-0.0581	0.3875	17.2652	10.4788	-44.0669
13	2.086	0.3161	-0.1196	1.5905	0.1808	1.941	-0.0565	0.4838	-0.1959	-0.303	0.1741	-0.2857	0.1952	0.1176	-0.1156	0.5887	-0.021	0.072	0.6412	-0.18	0.4902	22.7941	-1.578	-34.3674
14	1.4733	-0.848	-2.5885	5.1922	2.9837	5.1625	0.3373	0.7037	-0.6035	-0.6655	-0.5618	0.8867	0.0874	-0.8511	0.0901	0.6919	-0.0682	-0.0262	0.735	-0.205	0.6335	0.6505	-5.3368	-25.8787
15	2.6632	-0.7993	-0.0647	2.6456	0.6496	2.5932	-0.1722	0.1857	-0.2113	-0.0174	0.1115	0.1717	0.2618	-0.3224	0.0581	0.5298	-0.1165	0.037	0.5097	-0.0914	0.44	8.7049	-1.0573	-20.9782
16	5.1928	-0.2526	-3.6577	3.3853	0.5105	5.7252	-0.2314	0.1376	-0.9322	-0.0685	0.0004	-0.3477	0.7033	0.321	0.0101	0.6911	0.1381	-0.0495	0.6818	-0.2334	0.8053	30.3866	-16.4771	-24.8163
17	3.2807	-1.9379	0.7745	5.5621	1.168	0.8376	0.0131	-0.1508	0.3915	0.6795	0.2827	-0.6029	-0.0612	0.1229	-0.2697	0.9356	-0.1139	-0.0428	0.7122	-0.1943	0.6295	27.8834	94.129	81.3195
18	0.1812	-0.4512	-0.6616	5.2582	5.4799	6.3835	-0.0665	0.0056	-0.0686	0.5431	0.627	-0.6107	0.6394	0.8764	-0.6915	0.5121	0.0831	0.029	0.8849	-0.2182	0.7694	43.0549	28.7036	3.9374
19	4.6465	1.3326	-1.8641	6.0486	0.8506	5.0274	-0.5146	0.7483	-0.5234	-0.4006	0.2716	-0.174	0.9763	-0.386	0.2131	0.9373	-0.1281	0.1159	0.6815	-0.1591	0.5842	6.4358	56.125	69.5601
20	6.3176	0.5539	2.9143	4.2915	-1.8247	2.5104	0.0653	-0.9679	0.2779	0.6302	-0.349	-0.755	-0.3411	1.1313	0.3276	0.7795	-0.0062	-0.0568	1.0759	0.0221	0.7185	16.5727	65.7797	102.4591
21	4.7993	1.1308	2.6068	4.4651	-1.0769	6.9538	-0.0569	-0.3681	-0.6821	0.8124	-0.2531	-0.9383	0.7416	1.8133	0.2686	1.0271	0.3331	0.0472	1.0144	0.1839	0.8806	11.7835	53.7713	105.2506
22	2.1346	0.8246	-1.2534	2.7568	-0.3103	2.9505	-0.3204	0.0141	-0.6903	0.3582	0.162	-0.223	0.8402	0.0982	0.1359	1.0318	0.0398	0.1916	0.4877	0.045	0.8197	-2.2023	51.5008	99.2943
23	3.6821	0.2015	-2.1528	1.3422	0.8255	6.2908	-0.2776	0.3146	-0.6047	-0.0185	0.2296	-0.1284	0.8732	-0.0322	0.0162	0.8231	-0.0388	0.0499	0.486	-0.0191	0.6004	1.1129	59.7347	87.468
24	4.8237	-4.2637	-3.6676	3.8461	2.8499	7.9388	-0.0589	0.7311	-0.1531	-0.2764	0.0403	0.4855	-0.4801	-1.0588	0.0767	0.6301	-0.1501	0.0011	0.876	0.0084	0.7001	-8.189	64.6444	79.2093

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 160 )	A	1 - 160
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 161 through 199 )	A	161 - 199
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 200 through 311 )	A	200 - 311
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 312 through 401 )	A	312 - 401
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 402 through 438 )	A	402 - 438
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 1 through 88 )	B	1 - 88
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 89 through 259 )	B	89 - 259
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 260 through 372 )	B	260 - 372
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 373 through 438 )	B	373 - 438
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 1 through 197 )	C	1 - 197
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 198 through 440 )	C	198 - 440
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 1 through 88 )	D	1 - 88
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 89 through 273 )	D	89 - 273
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 274 through 311 )	D	274 - 311
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 312 through 399 )	D	312 - 399
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 400 through 441 )	D	400 - 441
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'E' and (resid 6 through 46 )	E	6 - 46
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'E' and (resid 47 through 143 )	E	47 - 143
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'F' and (resid 1 through 66 )	F	1 - 66
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'F' and (resid 67 through 140 )	F	67 - 140
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'F' and (resid 141 through 207 )	F	141 - 207
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'F' and (resid 208 through 297 )	F	208 - 297
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'F' and (resid 298 through 354 )	F	298 - 354
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'F' and (resid 355 through 382 )	F	355 - 382

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
グループ登録

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 4種, 6分子 ACBDEF

-
非ポリマー , 8種, 395分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-グループ登録

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 4種, 6分子 ACBDEF

-非ポリマー , 8種, 395分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
グループ登録

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 4種, 6分子 ACBDEF

-
非ポリマー , 8種, 395分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)