PDB-5s67: Tubulin-Z1896597864-complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5s67

タイトル

Tubulin-Z1896597864-complex

要素

Stathmin-4スタスミン
Tubulin alpha-1B chain
Tubulin beta-2B chain
Tubulin-Tyrosine LigaseTubulin—tyrosine ligase

キーワード

CELL CYCLE (細胞周期) / TUBULIN FOLD /

CYTOSKELETON (細胞骨格) /

MICROTUBULE (微小管)

機能・相同性

機能・相同性情報

tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / microtubule-based process /

tubulin binding /

加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / protein modification process / spindle microtubule / structural constituent of cytoskeleton ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

Gallus gallus (ニワトリ)

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Muehlethaler, T. / Gioia, D. / Prota, A.E. / Sharpe, M.E. / Cavalli, A. / Steinmetz, M.O.

資金援助

European Union,

イタリア,

スイス, 4件

組織	認可番号	国
iNEXT/Horizon 2020	PID2692	European Union
NEON/Regione Lombardia	ID239047	イタリア
Swiss National Science Foundation	31003A_166608	スイス
Swiss National Science Foundation	31030A_192566	スイス

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2021
タイトル: Comprehensive Analysis of Binding Sites in Tubulin.
著者: Muhlethaler, T. / Gioia, D. / Prota, A.E. / Sharpe, M.E. / Cavalli, A. / Steinmetz, M.O.

履歴

登録	2020年11月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年6月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月6日	Group: Advisory / Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5s67.cif.gz	912.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5s67.ent.gz	749.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5s67.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s6/5s67 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s6/5s67	HTTPS FTP

-
グループ登録

ID	G_1002173 (59エントリ) 5s4l 5s4m 5s4n 5s4o 5s4p 5s4q 5s4r 5s4s 5s4t 5s4u
タイトル	XChem fragment screening on T2R-TTL
タイプ	undefined
解説	Crystal structures of Tubulin-XChem-fragment complexes

-
関連構造データ

関連構造データ	5lxtS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5ng1-d 5s4l-d 4o4i-d 7dad-d 5s5u-d 6knz-d 5jh7-d 5s4t-d 5s4r-d 5cb4-d 6bry-d 5s5w-d 5s5o-d 5s55-d 5s53-d 4tv9-d 5nfz-d 4zhq-d 7dae-d 5s4x-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#175 - 2014年7月微小管 (Microtubules) 類似性 (28) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (19) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (19) #118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#175 - 2014年7月
微小管 (Microtubules)
類似性 (28)
#176 - 2014年8月
ダイニン (Dynein)
類似性 (19)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (19)
#118 - 2009年10月
ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump)
類似性 (1)
#168 - 2013年12月
DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
類似性 (1)
#195 - 2016年3月
RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Tubulin alpha-1B chain

B: Tubulin beta-2B chain

C: Tubulin alpha-1B chain

D: Tubulin beta-2B chain

E: Stathmin-4

F: Tubulin-Tyrosine Ligase

ヘテロ分子

265 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.900, 158.960, 179.980
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 4種, 6分子 ACBDEF

#1: タンパク質	Tubulin alpha-1B chain / Alpha-tubulin ubiquitous / Tubulin K-alpha-1 / Tubulin alpha-ubiquitous chain 分子量: 50204.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Brain脳 / 参照: UniProt: P81947
#2: タンパク質	Tubulin beta-2B chain 分子量: 49999.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Brain脳 / 参照: UniProt: Q6B856
#3: タンパク質	Stathmin-4 / スタスミン / Stathmin-like protein B3 / RB3 分子量: 16844.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Stmn4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63043
#4: タンパク質	Tubulin-Tyrosine Ligase / Tubulin—tyrosine ligase 分子量: 44378.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: TTL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E1BQ43

-
非ポリマー , 8種, 425分子

#5: 化合物	ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / グアノシン三リン酸分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₄P₃ / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP / グアノシン二リン酸タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#9: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸 / MES (緩衝剤) 分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#10: 化合物	ChemComp-X1M / 1-(6-methoxypyridin-2-yl)-N-methylmethanamine 分子量: 152.194 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₂N₂O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#11: 化合物	ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP 分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₈N₅O₁₂P₃ コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#12: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 409 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.6 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 2% PEG 4K, 4% glycerol, 30 mM MgCl2, 30 mM CaCl2, 0.1 M MES/Imidazole, 5 mM L-tyrosine

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91587 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月14日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.91587 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→62.75 Å / Num. obs: 172579 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 6.664 % / B_iso Wilson estimate: 57.823 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.087 / R_rim(I) all: 0.094 / Χ²: 1.023 / Net I/σ(I): 11.66 / Num. measured all: 1150032 / Scaling rejects: 313

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.1-2.15	5.95	2.708	0.63	76102	12831	12791	0.245	2.973	99.7
2.15-2.21	6.345	2.045	0.88	79438	12546	12519	0.37	2.23	99.8
2.21-2.28	6.284	2.453	0.77	64995	12218	10343	0.374	2.674	84.7
2.28-2.35	7.065	1.194	1.63	83152	11798	11769	0.632	1.288	99.8
2.35-2.42	7.028	0.905	2.15	80743	11505	11489	0.756	0.977	99.9
2.42-2.51	6.905	0.671	2.85	76645	11108	11100	0.84	0.725	99.9
2.51-2.6	6.766	0.512	3.68	72792	10770	10758	0.896	0.555	99.9
2.6-2.71	6.501	0.4	4.58	66989	10309	10304	0.929	0.435	100
2.71-2.83	6.774	0.29	6.27	67345	9953	9942	0.964	0.314	99.9
2.83-2.97	7.052	0.21	8.59	66839	9484	9478	0.982	0.227	99.9
2.97-3.13	6.966	0.142	12.03	63075	9061	9055	0.991	0.153	99.9
3.13-3.32	6.85	0.103	15.84	58749	8585	8577	0.995	0.112	99.9
3.32-3.55	6.471	0.077	19.52	52146	8065	8059	0.997	0.084	99.9
3.55-3.83	6.67	0.061	24.56	45736	7534	6857	0.998	0.066	91
3.83-4.2	6.86	0.048	31.01	47790	6971	6966	0.998	0.052	99.9
4.2-4.7	6.788	0.039	36.68	42773	6305	6301	0.999	0.042	99.9
4.7-5.42	6.242	0.037	36.66	34994	5610	5606	0.999	0.041	99.9
5.42-6.64	6.857	0.039	37.48	32674	4765	4765	0.999	0.042	100
6.64-9.39	6.42	0.032	44.37	24042	3753	3745	0.999	0.035	99.8
9.39-62.75	6.039	0.027	51.68	13013	2170	2155	0.999	0.03	99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
PHENIX	1.18.2_3874	位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 5lxt

5lxt

解像度: 2.1→62.75 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.32 / 位相誤差: 28.74 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2378	8543	4.95 %
R_work	0.2102	163896	-
obs	0.2116	172439	98.35 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 201.71 Å² / B_iso mean: 69.3772 Å² / B_iso min: 33.47 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.1→62.75 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17439	0	195	409	18043
B_iso mean	-	-	64.51	58.09	-
残基数	-	-	-	-	2203

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.1-2.12	0.3985	302	0.3761	5480	5782	100
2.12-2.15	0.3622	257	0.3557	5506	5763	100
2.15-2.18	0.3762	298	0.3481	5458	5756	100
2.18-2.2	0.3551	283	0.3325	5487	5770	100
2.2-2.23	0.3172	279	0.3163	5515	5794	100
2.23-2.26	0.5708	183	0.5463	3657	3840	66
2.26-2.29	0.3337	246	0.3058	5480	5726	99
2.29-2.33	0.3029	302	0.298	5520	5822	100
2.33-2.37	0.3195	267	0.2879	5479	5746	100
2.37-2.4	0.3278	266	0.2799	5548	5814	100
2.4-2.45	0.3123	281	0.2684	5529	5810	100
2.45-2.49	0.3103	280	0.2613	5496	5776	100
2.49-2.54	0.2933	285	0.2607	5529	5814	100
2.54-2.59	0.2847	278	0.2417	5503	5781	100
2.59-2.65	0.2821	329	0.2483	5510	5839	100
2.65-2.71	0.2761	303	0.2492	5488	5791	100
2.71-2.78	0.2882	299	0.2522	5518	5817	100
2.78-2.85	0.2826	279	0.2437	5554	5833	100
2.85-2.93	0.2749	312	0.2453	5510	5822	100
2.93-3.03	0.2645	274	0.2417	5540	5814	100
3.03-3.14	0.295	317	0.2348	5498	5815	100
3.14-3.26	0.2675	281	0.2332	5591	5872	100
3.26-3.41	0.2655	323	0.2257	5518	5841	100
3.41-3.59	0.2621	308	0.2126	5578	5886	100
3.59-3.82	0.2268	248	0.2027	4931	5179	88
3.82-4.11	0.2097	288	0.1792	5588	5876	100
4.11-4.52	0.1768	288	0.1609	5664	5952	100
4.52-5.18	0.1723	283	0.1537	5617	5900	100
5.18-6.52	0.2217	299	0.1934	5719	6018	100
6.52-62.75	0.1714	305	0.1636	5885	6190	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3856	-0.162	0.055	4.149	0.7779	2.8521	-0.0312	0.1163	0.1808	-0.4911	0.3468	-0.3963	-0.8535	0.3404	-0.32	0.6903	-0.152	0.1567	0.4989	-0.1386	0.4624	32.2602	90.0482	50.6088
2	4.2497	-0.8898	-2.8073	4.6362	-0.8892	2.6044	0.0649	-0.1858	0.027	0.3383	0.0069	-0.1315	0.1514	0.1983	-0.0559	0.4491	0.0363	-0.0084	0.4277	-0.1361	0.4021	30.0627	74.6845	58.9528
3	2.054	0.2773	0.4331	3.2153	1.0224	4.5908	0.1002	0.0513	0.0697	0.2122	-0.0631	0.267	-0.1427	-0.181	-0.0436	0.4337	0.0197	0.0674	0.3263	-0.0928	0.4313	17.1524	85.2091	66.6591
4	1.2991	-1.0464	0.125	6.5551	1.6459	2.7326	-0.0653	-0.1638	0.1513	0.7676	0.0726	0.1847	-0.102	-0.0177	-0.0087	0.4996	-0.0247	0.1027	0.4352	-0.0824	0.4775	19.019	83.9821	73.1233
5	2.2586	0.4962	1.4662	5.2474	3.8852	8.8927	0.1537	-0.1025	-0.0759	0.6667	0.3916	-0.5847	0.7899	0.6496	-0.5172	0.4916	0.101	-0.0532	0.3857	-0.1008	0.5531	32.4192	62.742	61.6785
6	5.9234	-1.8535	-0.9715	8.1631	1.34	5.4554	0.1112	0.192	0.8136	-0.2594	-0.0817	0.2667	-1.0384	-0.1325	0.008	0.5091	-0.0039	0.0049	0.4473	-0.0006	0.4913	16.0833	70.3466	19.1629
7	2.2457	-0.0087	-0.0968	2.186	1.3043	3.2724	0.0148	0.053	0.096	0.0133	-0.0445	0.0052	-0.208	0.0279	0.0099	0.3374	-0.0053	0.0163	0.4198	-0.077	0.432	20.1783	56.3257	25.2789
8	4.1896	-1.8237	1.9001	4.1055	-0.5352	3.898	-0.1927	-0.271	-0.1049	0.1204	0.0415	0.572	-0.1283	-1.1732	0.1493	0.4672	0.0279	0.0568	0.6624	-0.1572	0.5201	5.8205	60.6695	42.3523
9	0.9295	-1.5373	-0.7307	4.6432	2.9577	4.5544	-0.0535	-0.2129	-0.0753	0.717	0.1414	0.004	0.7011	0.3136	-0.0894	0.3468	-0.0451	0.0021	0.4407	-0.0485	0.4554	20.7479	41.7235	31.3252
10	1.5185	-0.2628	0.1122	2.2489	0.1927	2.1245	-0.0644	0.1679	0.1341	-0.2398	0.1115	-0.0237	-0.1864	0.0947	-0.0457	0.3599	-0.0656	0.0257	0.4148	-0.0297	0.3973	20.0806	33.4494	-12.1637
11	1.1991	-0.6353	-0.0437	1.9028	0.8783	1.783	-0.0123	-0.0261	0.0486	0.1124	-0.0637	0.1301	0.0547	-0.2387	0.077	0.2921	-0.0625	0.0308	0.359	-0.0221	0.3759	7.6457	26.3835	3.0268
12	4.5826	-1.9396	0.1591	6.8547	0.6736	2.1224	-0.0594	0.6961	0.1756	-0.6985	0.0556	0.1105	-0.103	-0.2807	-0.0071	0.6152	-0.0789	0.0275	0.7847	-0.0192	0.3223	17.2028	10.1157	-44.1559
13	1.4985	0.0573	-0.1627	1.1839	0.2785	2.4697	-0.0399	0.4559	-0.1619	-0.3269	0.1165	-0.2284	0.3033	0.0991	-0.0749	0.6071	-0.024	0.0627	0.6088	-0.1645	0.4876	22.6699	-1.9575	-34.3886
14	2.5631	-1.5341	-0.8789	5.8168	1.0187	1.221	0.005	0.7787	-0.4438	-0.5016	-0.2774	0.7141	0.4178	-0.7863	0.1337	0.6884	-0.1481	-0.0111	0.898	-0.2291	0.6227	1.2688	-5.7174	-25.5506
15	2.2129	-0.6229	-0.7446	1.6441	0.7443	2.838	-0.1982	0.3518	-0.3192	0.0013	0.1245	0.2532	0.2926	-0.328	0.0994	0.5168	-0.1254	0.0193	0.4401	-0.1238	0.4776	8.5359	-1.3018	-20.9966
16	3.4486	-0.0888	-2.0427	2.7187	0.6666	3.5139	-0.4297	0.0579	-0.8547	0.0369	0.0938	-0.2831	0.7724	0.3247	0.0797	0.7884	0.1236	0.0201	0.5705	-0.208	0.8382	30.135	-16.8719	-24.7006
17	3.8079	-1.6296	0.6742	5.4226	0.9182	1.7623	0.1671	-0.3416	0.3499	1.1096	0.1849	-0.4826	-0.2289	0.2466	-0.3945	0.9185	-0.1128	-0.0243	0.6479	-0.1882	0.5463	27.7998	93.5248	81.6031
18	0.1155	-0.1162	-0.3564	4.9108	4.9338	5.6076	-0.1233	-0.0215	-0.0065	0.6779	0.5726	-0.4134	0.7892	0.9545	-0.5725	0.463	0.1136	0.0168	0.8087	-0.2239	0.7151	42.9349	28.254	3.9804
19	3.2091	2.0855	-1.2311	6.1442	1.0136	4.1308	-0.5852	0.3826	-0.6433	-0.3908	0.212	-0.457	1.3415	-0.2039	0.2837	0.9882	-0.1387	0.1398	0.597	-0.1462	0.648	6.4912	55.362	69.9131
20	6.1945	0.315	3.1251	4.2412	-1.8612	2.8866	-0.2327	-0.6692	0.2615	0.6625	-0.093	-1.1284	-0.3657	1.4329	0.3502	0.7595	0.0143	-0.1561	0.9984	0.0173	0.7558	16.7948	65.2909	102.7537
21	4.3123	0.2403	2.2378	4.2781	-0.6574	6.32	-0.2184	-0.4148	-0.3009	0.8582	-0.1911	-0.9158	0.4821	1.6848	0.3602	0.9606	0.2647	-0.0143	0.9765	0.2089	0.8271	11.9779	53.3397	106
22	1.8473	0.7055	-1.3127	3.2907	-0.4106	1.9956	-0.4223	-0.0563	-0.6581	0.4653	0.2001	-0.2911	0.916	0.0242	0.1411	1.1388	0.0807	0.1614	0.5036	0.085	0.8579	-1.8357	50.7529	99.7898
23	2.818	0.0403	-1.8852	0.8704	0.6934	5.1272	-0.3262	0.1597	-0.5305	0.0104	0.207	-0.0083	0.8696	-0.0368	0.0685	0.7999	-0.0178	0.0597	0.438	0.0115	0.5977	1.2351	59.0097	87.8667
24	6.6844	-3.7817	-3.2377	3.7223	1.1383	2.941	-0.1102	0.6697	-0.1925	-0.0805	0.3653	0.2311	-0.4533	-1.2337	-0.2198	0.5293	-0.1506	-0.0361	0.6612	0.0233	0.6665	-8.1577	63.7917	79.6527

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 160 )	A	1 - 160
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 161 through 199 )	A	161 - 199
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 200 through 311 )	A	200 - 311
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 312 through 401 )	A	312 - 401
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 402 through 438 )	A	402 - 438
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 1 through 88 )	B	1 - 88
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 89 through 259 )	B	89 - 259
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 260 through 372 )	B	260 - 372
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 373 through 438 )	B	373 - 438
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 1 through 197 )	C	1 - 197
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 198 through 440 )	C	198 - 440
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 1 through 88 )	D	1 - 88
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 89 through 273 )	D	89 - 273
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 274 through 311 )	D	274 - 311
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 312 through 399 )	D	312 - 399
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 400 through 441 )	D	400 - 441
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'E' and (resid 6 through 46 )	E	6 - 46
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'E' and (resid 47 through 143 )	E	47 - 143
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'F' and (resid 1 through 66 )	F	1 - 66
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'F' and (resid 67 through 140 )	F	67 - 140
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'F' and (resid 141 through 207 )	F	141 - 207
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'F' and (resid 208 through 297 )	F	208 - 297
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'F' and (resid 298 through 354 )	F	298 - 354
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'F' and (resid 355 through 382 )	F	355 - 382

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
グループ登録

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 4種, 6分子 ACBDEF

-
非ポリマー , 8種, 425分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-グループ登録

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 4種, 6分子 ACBDEF

-非ポリマー , 8種, 425分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
グループ登録

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 4種, 6分子 ACBDEF

-
非ポリマー , 8種, 425分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)