+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5qd1 | ||||||
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Title | Crystal structure of BACE complex with BMC011 | ||||||
Components | Beta-secretase 1 | ||||||
Keywords | HYDROLASE / Hydroloase / D3R / BACE / Ligand Docking | ||||||
Function / homology | Function and homology information memapsin 2 / Golgi-associated vesicle lumen / signaling receptor ligand precursor processing / beta-aspartyl-peptidase activity / amyloid precursor protein catabolic process / amyloid-beta formation / membrane protein ectodomain proteolysis / cellular response to manganese ion / amyloid-beta metabolic process / prepulse inhibition ...memapsin 2 / Golgi-associated vesicle lumen / signaling receptor ligand precursor processing / beta-aspartyl-peptidase activity / amyloid precursor protein catabolic process / amyloid-beta formation / membrane protein ectodomain proteolysis / cellular response to manganese ion / amyloid-beta metabolic process / prepulse inhibition / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / cellular response to copper ion / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / multivesicular body / response to lead ion / trans-Golgi network / recycling endosome / protein processing / cellular response to amyloid-beta / positive regulation of neuron apoptotic process / synaptic vesicle / late endosome / peptidase activity / amyloid-beta binding / endopeptidase activity / amyloid fibril formation / lysosome / aspartic-type endopeptidase activity / early endosome / endosome membrane / endosome / membrane raft / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / axon / neuronal cell body / dendrite / Golgi apparatus / enzyme binding / cell surface / proteolysis / membrane / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.4 Å | ||||||
Model details | Structures for D3R docking challenge | ||||||
Authors | Rondeau, J.M. / Shao, C. / Yang, H. / Burley, S.K. | ||||||
Citation | Journal: J.Comput.Aided Mol.Des. / Year: 2020 Title: D3R grand challenge 4: blind prediction of protein-ligand poses, affinity rankings, and relative binding free energies. Authors: Parks, C.D. / Gaieb, Z. / Chiu, M. / Yang, H. / Shao, C. / Walters, W.P. / Jansen, J.M. / McGaughey, G. / Lewis, R.A. / Bembenek, S.D. / Ameriks, M.K. / Mirzadegan, T. / Burley, S.K. / Amaro, R.E. / Gilson, M.K. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5qd1.cif.gz | 458 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5qd1.ent.gz | 391.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5qd1.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qd/5qd1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qd/5qd1 | HTTPS FTP |
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-Group deposition
ID | G_1002044 (26 entries) |
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Title | Crystal Structures of Beta-Secretase 1 with Bound Ligands |
Type | undefined |
Description | Crystal Structures of Complexes of Beta-Secretase 1 and Ligands |
-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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3 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
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-Components
#1: Protein | Mass: 44777.336 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: BACE1, BACE, KIAA1149 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P56817, memapsin 2 #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.14 Å3/Da / Density % sol: 60.82 % |
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: hanging drop Details: CRYSTALS WERE GROWN AT 19C BY VAPOUR DIFFUSION IN HANGING DROPS FROM 1.0M AMMONIUM SULFATE IN WATER. PROTEIN STOCK WAS BACE MUT46B BATCH XVI 7.0MG/ML IN 10MM TRIS-HCL PH 7.4, 25MM NACL, WITH ...Details: CRYSTALS WERE GROWN AT 19C BY VAPOUR DIFFUSION IN HANGING DROPS FROM 1.0M AMMONIUM SULFATE IN WATER. PROTEIN STOCK WAS BACE MUT46B BATCH XVI 7.0MG/ML IN 10MM TRIS-HCL PH 7.4, 25MM NACL, WITH A 6-FOLD EXCESS OF BMC011 ADDED FROM A 50MM STOCK SOLUTION IN 90% DMSO-D6 (1.7% DMSO IN DROP). A SOLUTION CONTAINING 1.2M AMMONIUM SULFATE, 25% GLYCEROL, 1MM BMC011 AND 1.8% DMSO WAS USED AS CRYO-PROTECTANT. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU FR-E / Wavelength: 1.54178 |
Detector | Type: MAR scanner 345 mm plate / Detector: IMAGE PLATE / Date: Sep 24, 2006 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.54178 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.4→80.257 Å / Num. obs: 64959 / % possible obs: 99.9 % / Rmerge(I) obs: 0.061 |
-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.4→80.26 Å / SU ML: 0.25 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / Phase error: 18.98 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 48.06 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.4→80.26 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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