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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5qct | ||||||
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Title | Crystal structure of BACE complex with BMC001 | ||||||
![]() | Beta-secretase 1![]() | ||||||
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Function / homology | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
Model details | Structures for D3R docking challenge | ||||||
![]() | Rondeau, J.M. / Shao, C. / Yang, H. / Burley, S.K. | ||||||
![]() | ![]() Title: D3R grand challenge 4: blind prediction of protein-ligand poses, affinity rankings, and relative binding free energies. Authors: Parks, C.D. / Gaieb, Z. / Chiu, M. / Yang, H. / Shao, C. / Walters, W.P. / Jansen, J.M. / McGaughey, G. / Lewis, R.A. / Bembenek, S.D. / Ameriks, M.K. / Mirzadegan, T. / Burley, S.K. / Amaro, R.E. / Gilson, M.K. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 457.3 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 390.3 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Group deposition
ID | G_1002044 (26 entries) |
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Title | Crystal Structures of Beta-Secretase 1 with Bound Ligands |
Type | undefined |
Description | Crystal Structures of Complexes of Beta-Secretase 1 and Ligands |
-Related structure data
Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
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Components
#1: Protein | ![]() Mass: 44777.336 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-PO4 / | ![]() #4: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.12 Å3/Da / Density % sol: 60.6 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 292 K / Method: hanging drop / pH: 5.6 Details: CRYSTALS WERE GROWN AT 19C BY VAPOUR DIFFUSION IN HANGING DROPS USING 1.0M AMMONIUM PHOSPHATE, 0.1M NA CITRATE PH 5.6 AS PRECIPITANT. PROTEIN STOCK WAS BACE MUT46B BATCH X 8.3MG/ML IN 10MM ...Details: CRYSTALS WERE GROWN AT 19C BY VAPOUR DIFFUSION IN HANGING DROPS USING 1.0M AMMONIUM PHOSPHATE, 0.1M NA CITRATE PH 5.6 AS PRECIPITANT. PROTEIN STOCK WAS BACE MUT46B BATCH X 8.3MG/ML IN 10MM TRIS-HCL PH 7. 25MM NACL, WITH A 4-FOLD EXCESS OF BMC001 ADDED FROM A 50MM STOCK SOLUTION IN DMSO (1.4% DMSO IN DROP). CRYO-PROTECTANT WAS 20% (V/V) 1,2-PROPANEDIOL, 80% RESERVOIR SOLUTION. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 96 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MAR CCD 165 mm / Detector: CCD / Date: Feb 19, 2004 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 2.05→44.179 Å / Num. obs: 103337 / % possible obs: 99.9 % / Rmerge(I) obs: 0.055 |
-Phasing
Phasing![]() | Method: ![]() |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 51.54 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.05→44.18 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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