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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5oup | ||||||
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タイトル | Structure of TgPLP1 MACPF domain | ||||||
要素 | Perforin-like protein 1 | ||||||
キーワード | LIPID BINDING PROTEIN / Toxoplasma (トキソプラズマ) / cell egress / MACPF domain | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 microneme membrane / exit from host cell / symbiont-containing vacuole membrane / 膜侵襲複合体 / wide pore channel activity / 補体 / cytoplasmic vesicle / killing of cells of another organism / extracellular space 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.03 Å | ||||||
データ登録者 | Ni, T. / Gilbert, R.J.C. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2018 タイトル: Structures of monomeric and oligomeric forms of theToxoplasma gondiiperforin-like protein 1. 著者: Ni, T. / Williams, S.I. / Rezelj, S. / Anderluh, G. / Harlos, K. / Stansfeld, P.J. / Gilbert, R.J.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5oup.cif.gz | 124.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5oup.ent.gz | 98.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5oup.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ou/5oup ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ou/5oup | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39112.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) 遺伝子: PLP1 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: G3G7T1, UniProt: V5BCL0*PLUS |
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#2: 糖 | ChemComp-NAG / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.72 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M HEPES pH7.5, 10% isopropanol, 20% PEG 4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 1.0719 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0719 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.03→90.81 Å / Num. obs: 21264 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.4 % / Net I/σ(I): 13.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.03→52.43 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 21.68
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.03→52.43 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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