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- PDB-6hx7: Crystal structure of human R180T variant of ORNITHINE AMINOTRANSF... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hx7
タイトルCrystal structure of human R180T variant of ORNITHINE AMINOTRANSFERASE at 1.8 Angstrom
要素Ornithine aminotransferase, mitochondrial
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / AMINOTRANSFERASE (アミノ基転移酵素)
機能・相同性
機能・相同性情報


arginine catabolic process to proline via ornithine / ornithine aminotransferase activity / ornithine aminotransferase / arginine catabolic process to glutamate / L-proline biosynthetic process / Glutamate and glutamine metabolism / 視覚 / pyridoxal phosphate binding / ミトコンドリアマトリックス / ミトコンドリア ...arginine catabolic process to proline via ornithine / ornithine aminotransferase activity / ornithine aminotransferase / arginine catabolic process to glutamate / L-proline biosynthetic process / Glutamate and glutamine metabolism / 視覚 / pyridoxal phosphate binding / ミトコンドリアマトリックス / ミトコンドリア / 核質 / identical protein binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Ornithine aminotransferase / : / Aminotransferases class-III pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class-III / Aminotransferase class-III / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain ...Ornithine aminotransferase / : / Aminotransferases class-III pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class-III / Aminotransferase class-III / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ピリドキサールリン酸 / Ornithine aminotransferase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Giardina, G. / Montioli, R. / Cellini, B. / Cutruzzola, F. / Borri Voltattorni, C.
資金援助 イタリア, 2件
組織認可番号国
Other privateTelethon Grant GGP15114 to B. Cellini イタリア
European Communitys Seventh Framework Programmegrant agreement n. 312284 イタリア
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2019
タイトル: R180T variant of delta-ornithine aminotransferase associated with gyrate atrophy: biochemical, computational, X-ray and NMR studies provide insight into its catalytic features.
著者: Montioli, R. / Paiardini, A. / Giardina, G. / Zanzoni, S. / Cutruzzola, F. / Cellini, B. / Borri Voltattorni, C.
履歴
登録2018年10月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月31日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22020年1月15日Group: Advisory / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ornithine aminotransferase, mitochondrial
B: Ornithine aminotransferase, mitochondrial
C: Ornithine aminotransferase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,6866
ポリマ－137,9453
非ポリマー7413
水21,6181200
1
A: Ornithine aminotransferase, mitochondrial
ヘテロ分子

A: Ornithine aminotransferase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,4584
ポリマ－91,9632
非ポリマー4942
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_566x,x-y+1,-z+11
2
B: Ornithine aminotransferase, mitochondrial
ヘテロ分子

B: Ornithine aminotransferase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,4584
ポリマ－91,9632
非ポリマー4942
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555-y,-x,-z+2/31
3
C: Ornithine aminotransferase, mitochondrial
ヘテロ分子

C: Ornithine aminotransferase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,4584
ポリマ－91,9632
非ポリマー4942
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555-x+y,y,-z+1/31
単位格子
Length a, b, c (Å)193.252, 193.252, 57.211
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number151
Space group name H-MP3112
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-652-

HOH

21A-765-

HOH

31A-826-

HOH

41A-953-

HOH

51B-818-

HOH

61B-880-

HOH

71B-957-

HOH

81B-1000-

HOH

91C-654-

HOH

101C-734-

HOH

111C-793-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13B
23C

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / End auth comp-ID: PHE / End label comp-ID: PHE / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 38 - 439 / Label seq-ID: 14 - 415

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12AA
22CC
13BB
23CC

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.499299, 0.866429, -0.00066), (-0.86643, -0.499299, 0.000822), (0.000382, 0.000982, 0.999999)-96.585899, 55.760311, 9.53673
3given(1), (1), (1)
4given(-0.499487, -0.866315, -0.003167), (0.866309, -0.499496, 0.003408), (-0.004535, -0.001042, 0.999989)0.04461, 111.50779, 19.158501
5given(1), (1), (1)
6given(-0.501118, 0.865379, -0.001003), (-0.865373, -0.501118, -0.003257), (-0.003321, -0.000764, 0.999994)-96.544853, 55.889751, 9.59701

-
要素

#1: タンパク質 Ornithine aminotransferase, mitochondrial / / Ornithine delta-aminotransferase / Ornithine--oxo-acid aminotransferase


分子量: 45981.633 Da / 分子数: 3 / 変異: R180T, A25M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: OAT / プラスミド: pET43a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P04181, ornithine aminotransferase
#2: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸 / ピリドキサールリン酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1200 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.92 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: Prot 115uM in 150mM NaCl 50mM Hepes pH 8.0 mixed with hit 1-5 of the LMB screen (Molecular Dimensions): 4 M Ammonium acetate 0.1 M Bis-Tris propane 7.0 (cryo + Glycerol 20%)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 0.999995 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999995 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→48.31 Å / Num. obs: 110536 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 8 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.136 / Rpim(I) all: 0.049 / Rrim(I) all: 0.145 / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.8-1.8350.39853030.940.1920.44496.2
9.86-48.3110.60.0587190.9990.0190.06298.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRR rigid body: 0.504
最高解像度最低解像度
Rotation47.23 Å1.72 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
Aimless0.5.32データスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1OAT

1oat


解像度: 1.8→45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU R Cruickshank DPI: 0.1649 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.165 / ESU R Free: 0.132
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2277 5358 4.8 %RANDOM
Rwork0.2209 ---
obs0.2212 105147 98.56 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 69.25 Å2 / Biso mean: 15.819 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.37 Å2-0.19 Å20 Å2
2---0.37 Å20 Å2
3---1.21 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9139 0 45 1200 10384
Biso mean--13.64 26.11 -
残基数----1187
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0199465
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.028858
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4731.97912892
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.57320482
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7951200
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.97923.929392
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.391151531
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.181553
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0670.21460
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.02110531
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0240.021902
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: TIGHT THERMAL / Weight position: 0.71

Ens-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
1A30524.33
2A30482.1
3B30374.65
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.296 414 -
Rwork0.289 7497 -
all-7911 -
obs--95.98 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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