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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5oo9 | ||||||
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タイトル | Streptomyces PAC13 (Y55F) with uridine | ||||||
要素 | Putative cupin_2 domain-containing isomerase | ||||||
キーワード | BIOSYNTHETIC PROTEIN (生合成) / Pac13 / Dehydratase (脱水酵素) / Pacidamycin | ||||||
機能・相同性 | RmlC-like cupin domain superfamily / isomerase activity / RmlC-like jelly roll fold / ウリジン / Putative cupin_2 domain-containing isomerase 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Streptomyces coeruleorubidus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.59 Å | ||||||
データ登録者 | Chung, C. / Michailidou, F. | ||||||
引用 | ジャーナル: Angew. Chem. Int. Ed. Engl. / 年: 2017 タイトル: Pac13 is a Small, Monomeric Dehydratase that Mediates the Formation of the 3'-Deoxy Nucleoside of Pacidamycins. 著者: Michailidou, F. / Chung, C.W. / Brown, M.J.B. / Bent, A.F. / Naismith, J.H. / Leavens, W.J. / Lynn, S.M. / Sharma, S.V. / Goss, R.J.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5oo9.cif.gz | 68.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5oo9.ent.gz | 50.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5oo9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oo/5oo9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oo/5oo9 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14095.614 Da / 分子数: 1 / 変異: Y55F / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptomyces coeruleorubidus (バクテリア) 遺伝子: pac13, pacM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E2EKP5 |
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#2: 化合物 | ChemComp-URI / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.09 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.1 M MES pH 6.5, 0.2 M NH4SO4, 30 % w/v 5K PEGMME |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.54178 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN A200 / 検出器: CCD / 日付: 2016年3月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54178 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.59→57.68 Å / Num. obs: 17643 / % possible obs: 92.8 % / 冗長度: 3.8 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 42.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.59→1.68 Å / 冗長度: 1.8 % / Mean I/σ(I) obs: 8.4 / Num. unique obs: 2002 / CC1/2: 0.82 / % possible all: 67.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.59→57.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 2.962 / SU ML: 0.055 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.086 / ESU R Free: 0.09 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 15.196 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.59→57.68 Å
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拘束条件 |
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