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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5omn | ||||||
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タイトル | GII.10 Vietnam 026 protruding domain in complex with Nanobody Nano-27 | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / Norovirus (ノロウイルス) / Protruding domain / capsid (カプシド) / VHH / Nanobody (ナノボディ) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Positive stranded ssRNA viruses / Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins) / Positive stranded ssRNA viruses / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein / Calicivirus coat protein / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit ...Positive stranded ssRNA viruses / Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins) / Positive stranded ssRNA viruses / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein / Calicivirus coat protein / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / Βバレル / Mainly Beta 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | Norwalk virus (ノロウイルス) Vicugna pacos (アルパカ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.682 Å | ||||||
データ登録者 | Koromyslova, A.D. / Hansman, G.S. | ||||||
引用 | ジャーナル: PLoS Pathog. / 年: 2017 タイトル: Nanobodies targeting norovirus capsid reveal functional epitopes and potential mechanisms of neutralization. 著者: Koromyslova, A.D. / Hansman, G.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5omn.cif.gz | 94.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5omn.ent.gz | 70.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5omn.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/om/5omn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/om/5omn | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34506.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Norwalk virus (ノロウイルス) / プラスミド: pMBP / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5F4T5 |
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#2: 抗体 | 分子量: 13392.866 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / プラスミド: pHEN6C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): WK6 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 6.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 80.22 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M sodium acetate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97319 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年3月8日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97319 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.68→48.338 Å / Num. obs: 33589 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 19.296 % / Biso Wilson estimate: 65.73 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.15 / Rrim(I) all: 0.154 / Χ2: 1.156 / Net I/σ(I): 20.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3ONU, 4X7E 解像度: 2.682→48.338 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 29.02
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 145.44 Å2 / Biso mean: 68.2221 Å2 / Biso min: 21.44 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.682→48.338 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12
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