+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5okc | ||||||
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Title | Crystal structure of the Ctf18-1-8 module from Ctf18-RFC | ||||||
Components |
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Keywords | REPLICATION / Clamp loader DNA-binding protein Triple beta-barrel domain Winged-helix domain | ||||||
Function / homology | Function and homology information maintenance of mitotic sister chromatid cohesion / Ctf18 RFC-like complex / maintenance of DNA trinucleotide repeats / mitotic sister chromatid cohesion / nuclear replication fork / chromosome, centromeric region / DNA replication initiation / double-strand break repair via homologous recombination / DNA replication / chromatin ...maintenance of mitotic sister chromatid cohesion / Ctf18 RFC-like complex / maintenance of DNA trinucleotide repeats / mitotic sister chromatid cohesion / nuclear replication fork / chromosome, centromeric region / DNA replication initiation / double-strand break repair via homologous recombination / DNA replication / chromatin / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / DNA binding / ATP binding / nucleus Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Saccharomyces cerevisiae S288c (yeast) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.3 Å | ||||||
Authors | Grabarczyk, D.B. / Kisker, C. | ||||||
Funding support | Germany, 1items
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Citation | Journal: Structure / Year: 2018 Title: Structural Basis for the Recruitment of Ctf18-RFC to the Replisome. Authors: Grabarczyk, D.B. / Silkenat, S. / Kisker, C. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5okc.cif.gz | 447.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5okc.ent.gz | 385.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5okc.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ok/5okc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ok/5okc | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
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-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 44649.629 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Saccharomyces cerevisiae S288c (yeast) / Gene: DCC1, YCL016C, YCL16C / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: P25559 |
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-Chromosome transmission fidelity protein ... , 2 types, 4 molecules FHGI
#2: Protein | Mass: 15564.851 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Saccharomyces cerevisiae S288c (yeast) / Gene: CTF8, YHR191C / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: P38877 #3: Protein/peptide | Mass: 3300.721 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Saccharomyces cerevisiae S288c (yeast) / Gene: CTF18, CHL12, YMR078C, YM9582.03C / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: P49956 |
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-Non-polymers , 3 types, 384 molecules
#4: Chemical | ChemComp-NO3 / #5: Chemical | ChemComp-EDO / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.27 Å3/Da / Density % sol: 45.74 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.8 Details: 16% PEG 3350, 0.1 M HEPES pH 7.0, 0.2 M potassium nitrate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID29 / Wavelength: 0.9793 Å | |||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Oct 30, 2016 | |||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9793 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.3→48.24 Å / Num. obs: 49802 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 38.96 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.243 / Net I/σ(I): 6.9 / Num. measured all: 337988 / Scaling rejects: 0 | |||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing | Method: SAD |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.3→48.235 Å / SU ML: 0.33 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 30.25
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 147.8 Å2 / Biso mean: 55.2498 Å2 / Biso min: 20.37 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.3→48.235 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 18 / % reflection obs: 100 %
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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