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- PDB-5oeh: Molecular tweezers modulate 14-3-3 protein-protein interactions. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5oeh
タイトルMolecular tweezers modulate 14-3-3 protein-protein interactions.
要素14-3-3 protein sigma
キーワードSIGNALING PROTEIN / 14-3-3 Protein (14-3-3タンパク質) / Inhibition (酵素阻害剤) / supramolecular ligands
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity / positive regulation of epidermal cell differentiation / keratinocyte development / ケラチン / Regulation of localization of FOXO transcription factors / keratinocyte proliferation / phosphoserine residue binding / Activation of BAD and translocation to mitochondria / negative regulation of keratinocyte proliferation ...regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity / positive regulation of epidermal cell differentiation / keratinocyte development / ケラチン / Regulation of localization of FOXO transcription factors / keratinocyte proliferation / phosphoserine residue binding / Activation of BAD and translocation to mitochondria / negative regulation of keratinocyte proliferation / establishment of skin barrier / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / protein kinase A signaling / negative regulation of stem cell proliferation / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / RHO GTPases activate PKNs / protein export from nucleus / negative regulation of innate immune response / protein sequestering activity / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / release of cytochrome c from mitochondria / positive regulation of protein export from nucleus / stem cell proliferation / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / TP53 Regulates Metabolic Genes / negative regulation of protein kinase activity / negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / positive regulation of cell growth / regulation of cell cycle / cadherin binding / protein kinase binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / シグナル伝達 / extracellular space / extracellular exosome / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
14-3-3 domain / Delta-Endotoxin; domain 1 / 14-3-3 protein sigma / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3タンパク質 / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily ...14-3-3 domain / Delta-Endotoxin; domain 1 / 14-3-3 protein sigma / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3タンパク質 / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3タンパク質 / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-9SZ / 14-3-3 protein sigma
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Bier, D. / Ottmann, C.
引用ジャーナル: Nat Chem / 年: 2013
タイトル: Molecular tweezers modulate 14-3-3 protein-protein interactions.
著者: Bier, D. / Rose, R. / Bravo-Rodriguez, K. / Bartel, M. / Ramirez-Anguita, J.M. / Dutt, S. / Wilch, C. / Klarner, F.G. / Sanchez-Garcia, E. / Schrader, T. / Ottmann, C.
履歴
登録2017年7月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2017年7月26日ID: 4HQW
改定 1.02017年7月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月29日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count ..._pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression / _pdbx_struct_assembly_prop.value
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
改定 1.32024年1月17日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 14-3-3 protein sigma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,3974
ポリマ－26,5431
非ポリマー8543
水1,67593
1
A: 14-3-3 protein sigma
ヘテロ分子

A: 14-3-3 protein sigma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,7948
ポリマ－53,0862
非ポリマー1,7086
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_456-x-1,y,-z+11
Buried area2800 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area23680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.400, 157.400, 77.200
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number21
Space group name H-MC222

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要素

#1: タンパク質 14-3-3 protein sigma / Epithelial cell marker protein 1 / Stratifin


分子量: 26542.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: GAMGS - cleavage artifact / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SFN, HME1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31947
#2: 化合物 ChemComp-9SZ / (1R,5S,9S,16R,20R,24S,28S,35R)-3,22-Bis(dihydroxyphosphoryloxy)tridecacyclo[22.14.1.15,20.19,16.128,35.02,23.04,21.06,19.08,17.010,15.025,38.027,36.029,34]dotetraconta-2(23),3,6,8(17),10,12,14,18,21,25,27(36),29,31,33,37-pentadecaene


分子量: 726.646 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H32O8P2
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.41 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.09 M HEPES sodium salt, 1.26 M Tri-Sodium Citrate, 10 % Glycerol, pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年9月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→45.54 Å / Num. obs: 15745 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.199 % / Biso Wilson estimate: 58.097 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rrim(I) all: 0.059 / Χ2: 0.944 / Net I/σ(I): 22.44
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsRrim(I) all% possible all
2.35-2.49.630.4674.749420.493100
2.4-2.59.5530.3745.7516740.396100
2.5-2.69.4330.2727.5814250.288100
2.6-2.79.1870.2239.0912110.23799.9
2.7-2.88.8060.16710.9610830.178100
2.8-2.99.0320.13713.79060.145100
2.9-39.590.11816.628080.124100
3-49.2460.05729.3743670.06100
4-45.548.8210.03945.4833290.04299.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å45.54 Å
Translation2.5 Å45.54 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.3.0位相決定
REFMAC5.8.0158精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3LW1

3lw1


解像度: 2.35→45.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 6.835 / SU ML: 0.16 / SU R Cruickshank DPI: 0.2478 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.248 / ESU R Free: 0.226
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2635 788 5 %RANDOM
Rwork0.2018 ---
obs0.2048 14956 99.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 101.62 Å2 / Biso mean: 53.748 Å2 / Biso min: 36.42 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.07 Å20 Å20 Å2
2---0.09 Å20 Å2
3----0.98 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.35→45.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1765 0 59 93 1917
Biso mean--53.98 59.61 -
残基数----230
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.021862
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021685
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2211.9862535
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0863.0053907
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9885230
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.77424.81581
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.76115319
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.6591511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.060.2285
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.022060
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02363
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.411 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.362 57 -
Rwork0.254 1083 -
all-1140 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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