PDB-5ngw: Glycoside hydrolase-like protein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ngw

タイトル

Glycoside hydrolase-like protein

要素

OpGH99A

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) /

Glycoside hydrolase (グリコシダーゼ) / Flavobacteria / Marine polysaccharide

機能・相同性

臭化物 / OpGH99A

機能・相同性情報

生物種

Flavobacteriaceae bacterium S85 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Robb, C.S. / Hehemann, J.-H.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2017
タイトル: Crystal structure of a marine glycoside hydrolase family 99-related protein lacking catalytic machinery.
著者: Robb, C.S. / Mystkowska, A.A. / Hehemann, J.H.

履歴

登録	2017年3月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年1月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ngw.cif.gz	88.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ngw.ent.gz	64.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ngw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ng/5ngw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ng/5ngw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4acyS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1u24-1 5vmp-4 2v6c-d 6h4v-2 6h4v-3 4ymk-2 5f3g-3 6cg2-4 6g5x-1 3njy-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: OpGH99A

ヘテロ分子

44.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	102.054, 102.054, 80.113
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	OpGH99A 分子量: 44226.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Flavobacteriaceae bacterium S85 (バクテリア) 遺伝子: ZP09498382.1 / プラスミド: pET28 / 詳細 (発現宿主): Kanamycin resistance, T7 expression / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2R2JFJ2*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド / 臭化物分子量: 79.904 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 154 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.72 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.83 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8 / 詳細: 100 mM Tris pH 8.0 20 % PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→88.38 Å / Num. obs: 19223 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.6 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.112 / Net I/σ(I): 13.6
反射シェル	解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 9.8 % / R_merge(I) obs: 0.741 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 2761 / CC_1/2: 0.86 / R_pim(I) all: 0.25 / R_sym value: 0.783 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0135	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4acy

4acy

解像度: 2.4→88.38 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.942 / SU B: 6.622 / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.28 / ESU R Free: 0.213 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21468	1011	5.3 %	RANDOM
R_work	0.16386	-	-	-
obs	0.16644	18190	99.95 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 47.336 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.01 Å²	0.51 Å²	0 Å²
2-	-	1.01 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-3.29 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.4→88.38 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2846	0	5	154	3005

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.02	2920
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	2624
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.653	1.933	3980
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.996	3	5997
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.489	5	359
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.156	25.097	155
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.846	15	436
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.481	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.098	0.2	421
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	3469
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	741
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.4	4.73	1439
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.393	4.728	1438
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.848	7.081	1797
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.847	7.083	1798
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.959	4.881	1481
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.958	4.883	1482
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.607	7.242	2184
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.865	37.825	3494
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.866	37.717	3441
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.463 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.276	56	-
R_work	0.241	1348	-
obs	-	-	100 %

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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