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- PDB-5nbw: Crystal structure of the Fab fragment 22F12 in complex with 3-hyd... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nbw
タイトルCrystal structure of the Fab fragment 22F12 in complex with 3-hydroxybenzo[a]pyrene
要素
  • Fab 22F12 (A,B)
  • Fab 22F12 (L,H)
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / antibody (抗体) / benzo[a]pyrene / Fab fragment / hapten (ハプテン)
機能・相同性抗体 / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta / benzo[a]pyren-3-ol
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Skerra, A. / Eichinger, A.
引用ジャーナル: Angew. Chem. Int. Ed. Engl. / 年: 2017
タイトル: Tight Molecular Recognition of Benzo[a]pyrene by a High-Affinity Antibody.
著者: Eichinger, A. / Neumaier, I. / Pschenitza, M. / Niessner, R. / Knopp, D. / Skerra, A.
履歴
登録2017年3月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: Fab 22F12 (L,H)
H: Fab 22F12 (A,B)
A: Fab 22F12 (L,H)
B: Fab 22F12 (A,B)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,6096
ポリマ－96,0734
非ポリマー5372
水4,360242
1
L: Fab 22F12 (L,H)
H: Fab 22F12 (A,B)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,3053
ポリマ－48,0362
非ポリマー2681
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3810 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area19620 Å2
手法PISA
2
A: Fab 22F12 (L,H)
B: Fab 22F12 (A,B)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,3053
ポリマ－48,0362
非ポリマー2681
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3630 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area19660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.150, 81.000, 186.160
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11L
21A
12H
22B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 0 / End auth comp-ID: CYS / End label comp-ID: CYS / Refine code: 0

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASPASPLA1 - 2141 - 214
21ASPASPAC1 - 2141 - 214
12GLUGLUHB1 - 2161 - 216
22GLUGLUBD1 - 2161 - 216

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: 抗体 Fab 22F12 (L,H)


分子量: 23950.447 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 抗体 Fab 22F12 (A,B)


分子量: 24085.867 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物 ChemComp-8SK / benzo[a]pyren-3-ol / 3-ヒドロキシベンゾ[a]ピレン


分子量: 268.309 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H12O
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 242 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.09 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 2.2 M Na-malonate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月27日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→61.1 Å / Num. obs: 35232 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.119 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.604 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 5049 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0155精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4M1G

4m1g


解像度: 2.4→61.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 17.963 / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.482 / ESU R Free: 0.253 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22795 1704 4.8 %RANDOM
Rwork0.18035 ---
obs0.18268 33462 99.66 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 36.331 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.23 Å20 Å2-0 Å2
2--1.11 Å2-0 Å2
3----0.88 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.4→61.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6636 0 42 242 6920
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.026866
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.026146
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8851.9519354
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.055314270
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.6485856
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.34424.748278
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.822151088
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.9881520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1060.21028
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0217728
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021514
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2212.6293436
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.2062.6273435
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.8563.9254288
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.8573.9284289
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.0712.7913430
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.0662.793380
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.5074.0944991
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.90229.1067474
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.00429.4337155
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11L133080.08
12A133080.08
21H125860.1
22B125860.1
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.337 124 -
Rwork0.274 2412 -
obs--98.87 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4658-0.1258-0.25480.10350.12630.4952-0.00320.1440.04210.0442-0.05320.0349-0.068-0.01080.05650.130.0147-0.0180.1134-0.01360.0555-9.0658-22.504318.902
20.49190.0762-0.46230.053-0.04060.51320.00160.06670.03870.00560.0050.04880.0282-0.0005-0.00660.1176-0.0085-0.0040.1039-0.00080.04845.5564-26.136928.2604
30.6251-0.283-0.55030.6920.90651.2562-0.01850.120.0209-0.0759-0.08830.0944-0.1017-0.14020.10680.14340.0173-0.03670.0635-0.00710.0232-9.306815.278914.5452
40.7162-0.4747-1.21770.37210.88432.1797-0.0923-0.15510.0406-0.00160.1367-0.00320.06120.3063-0.04440.1184-0.0387-0.00430.1022-0.01140.034.84712.033624.6674
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1L1 - 214
2X-RAY DIFFRACTION2H1 - 216
3X-RAY DIFFRACTION3A1 - 214
4X-RAY DIFFRACTION4B1 - 216

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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