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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4m1g | ||||||
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タイトル | Structure of murine IgG2a A27D7-Fab in complex with vaccinia antigen A33R at the resolution of 1.6 Angstroms | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM (免疫系) / IGG DOMAIN / ANTIBODY-ANTIGEN COMPLEX / FV / CH1 / IGG2A / ANTIGEN-BINDING FRAGMENT (FAB) / A33R ANTIGEN / PAPAIN DIGEST OF THE MAB / EEV MEMBRANE (OUTER MEMBRANE OF VACCINIA EV FORM) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) Vaccinia virus (ワクチニアウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å | ||||||
データ登録者 | Matho, M.H. / Schlossman, A.M. / Zajonc, D.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2015 タイトル: Structural and Functional Characterization of Anti-A33 Antibodies Reveal a Potent Cross-Species Orthopoxviruses Neutralizer. 著者: Matho, M.H. / Schlossman, A. / Meng, X. / Benhnia, M.R. / Kaever, T. / Buller, M. / Doronin, K. / Parker, S. / Peters, B. / Crotty, S. / Xiang, Y. / Zajonc, D.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4m1g.cif.gz | 137.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4m1g.ent.gz | 104.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4m1g.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m1/4m1g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m1/4m1g | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 23410.865 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: Balb/C B-cell / 解説: Fusion of SP2/0 myeloma cell line with splenocytes / Cell: HYBRIDOMA / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||
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#2: 抗体 | 分子量: 23358.178 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: Balb/C B-cell / 解説: Fusion of SP2/0 myeloma cell line with splenocytes / Cell: HYBRIDOMA / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||
#3: タンパク質 | 分子量: 11049.040 Da / 分子数: 2 / Fragment: ectodomain (UNP residues 89-185) / Mutation: S89M, L118M, K123A, L140M / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Vaccinia virus (ワクチニアウイルス) プラスミド: pNAN::A33 (90-185) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q71TT1 #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.95 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1M sodium cacodylate, 0.2M NaCl, 2.0M ammonium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97945 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年5月29日 詳細: Monochromator Side scattering bent cube-root I-beam single crystal, asymmetric cut 4.965 degs, Crystal Type Si(111), Mirrors Rh coated flat mirror |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97945 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→47.51 Å / Num. all: 87943 / Num. obs: 87767 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rsym value: 0.082 / Net I/σ(I): 13.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.69 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.652 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Rsym value: 0.652 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entries 3LS4, 3K7B 解像度: 1.6→44.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 1.602 / SU ML: 0.058 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.093 / ESU R Free: 0.091 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16.517 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→44.51 Å
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拘束条件 |
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