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万見
- PDB-5nbg: Structure of the cytoplasmic domain I of OutF in the D. dadantii ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nbg
タイトルStructure of the cytoplasmic domain I of OutF in the D. dadantii type II secretion system
要素General secretion pathway protein F
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / inner membrane protein
機能・相同性
機能・相同性情報


protein secretion by the type II secretion system / type II protein secretion system complex / protein processing / membrane => GO:0016020 / metal ion binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Type II secretion system protein GspF / Type II secretion system (T2SS), domain F / T2SS_GspF/T4SS_PilC conserved site / Bacterial type II secretion system protein F signature. / GspF/PilC family / Type II secretion system protein GspF domain / Type II secretion system GspF domain superfamily / Type II secretion system (T2SS), protein F / Receptor-associated Protein / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
General secretion pathway protein F
類似検索 - 構成要素
生物種Dickeya dadantii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Zhang, H. / Gu, S.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of the first cytoplasmic domain of OutF and assembly of the inner-membrane platform proteins of the D. dadantii type II secretion system
著者: Zhang, H. / Gu, S.
履歴
登録2017年3月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: General secretion pathway protein F
B: General secretion pathway protein F


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3352
ポリマ－23,3352
非ポリマー00
水95553
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering, the size of the molecular is 26kDa which is double times of the monomer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1370 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area10730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.175, 116.175, 47.998
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number90
Space group name H-MP4212

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要素

#1: タンパク質 General secretion pathway protein F


分子量: 11667.410 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 65-172 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Dickeya dadantii (strain 3937) (バクテリア)
株: 3937 / 遺伝子: outF, Dda3937_02417 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E0SM39
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.86 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 100mM sodium cacodyl ate pH 6.5, 200mM Li2SO4 and 30% PEG-400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.972422 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.972422 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→41.44 Å / Num. obs: 18300 / % possible obs: 99.15 % / 冗長度: 5.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rpim(I) all: 0.037 / Net I/σ(I): 1.35
反射 シェル解像度: 2.15→2.23 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.024 / Num. unique obs: 1764 / CC1/2: 0.668 / Rpim(I) all: 0.016 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3C1Q

3c1q


解像度: 2.15→82.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 5.98 / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.192 / ESU R Free: 0.187 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26495 1831 10 %RANDOM
Rwork0.20964 ---
obs0.21518 16469 99.15 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 51.982 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.02 Å2-0 Å2
3----0.03 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.15→82.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1599 0 0 53 1652
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0191615
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021617
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6651.9822178
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.03533701
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5345212
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.8824.0367
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.0215289
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.0721514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2258
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021842
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02348
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.5294.792854
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.5114.788853
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.0437.1661064
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.0527.1731065
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.8235.587761
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.825.595762
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other8.5648.0751115
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined10.34238.661902
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other10.35538.6151890
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.206 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.329 133 -
Rwork0.29 1195 -
obs--99.48 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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