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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5n7o | ||||||
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タイトル | EthR2 in complex with SMARt-420 compound | ||||||
![]() | Probable transcriptional regulatory protein | ||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wohlkonig, A. / Wintjens, R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural analysis of the interaction between spiroisoxazoline SMARt-420 and the Mycobacterium tuberculosis repressor EthR2. 著者: Wohlkonig, A. / Remaut, H. / Moune, M. / Tanina, A. / Meyer, F. / Desroses, M. / Steyaert, J. / Willand, N. / Baulard, A.R. / Wintjens, R. #1: ![]() タイトル: Reversion of antibiotic resistance in Mycobacterium tuberculosis by spiroisoxazoline SMARt-420 著者: Blondiaux, N. / Moune, M. / Desroses, M. / Frita, R. / Flipo, M. / Mathys, V. / Soetaert, K. / Kiass, M. / Delorme, V. / Djaout, K. / Trebosc, V. / Kemmer, C. / Wintjens, R. / Wohlkonig, A. / ...著者: Blondiaux, N. / Moune, M. / Desroses, M. / Frita, R. / Flipo, M. / Mathys, V. / Soetaert, K. / Kiass, M. / Delorme, V. / Djaout, K. / Trebosc, V. / Kemmer, C. / Wintjens, R. / Wohlkonig, A. / Antoine, R. / Huot, L. / Hot, D. / Coscolla, M. / Feldmann, J. / Gagneux, S. / Locht, C. / Brodin, P. / Gitzinger, M. / Deprez, B. / Willand, N. / Baulard, A.R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 86.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 65 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5n1iS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 0 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ARG / Beg label comp-ID: ARG / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Refine code: 0 / Auth seq-ID: 11 - 201 / Label seq-ID: 31 - 221
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24122.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: Rv0078, LH57_00450 / プラスミド: pET15b 発現宿主: ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: O53623 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.21 % |
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結晶化![]() | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2 詳細: 0.2 M NaCl, 0.2 M Na citrate pH 4.2 and 15% PEG-MME 5000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2.3→60 Å / Num. obs: 18592 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 10.3 % / Biso Wilson estimate: 39.7 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rsym value: 0.118 / Net I/σ(I): 20.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.44 Å / 冗長度: 11.1 % / Mean I/σ(I) obs: 5.9 / Num. unique obs: 2925 / CC1/2: 0.97 / Rsym value: 0.52 / % possible all: 92.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 5N1I 解像度: 2.3→57.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 7.282 / SU ML: 0.177 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.362 / ESU R Free: 0.238 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 36.571 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.3→57.67 Å
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拘束条件 |
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