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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5n1c | ||||||
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タイトル | Iodinated form of the Mycobacterium tuberculosis repressor EthR2 | ||||||
要素 | Probable transcriptional regulatory protein | ||||||
キーワード | DNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / Repressor (リプレッサー) / EthR / Iodination (ハロゲン化) / chemical modification | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Wintjens, R. / Wohlkonig, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2017 タイトル: Reversion of antibiotic resistance in Mycobacterium tuberculosis by spiroisoxazoline SMARt-420. 著者: Blondiaux, N. / Moune, M. / Desroses, M. / Frita, R. / Flipo, M. / Mathys, V. / Soetaert, K. / Kiass, M. / Delorme, V. / Djaout, K. / Trebosc, V. / Kemmer, C. / Wintjens, R. / Wohlkonig, A. / ...著者: Blondiaux, N. / Moune, M. / Desroses, M. / Frita, R. / Flipo, M. / Mathys, V. / Soetaert, K. / Kiass, M. / Delorme, V. / Djaout, K. / Trebosc, V. / Kemmer, C. / Wintjens, R. / Wohlkonig, A. / Antoine, R. / Huot, L. / Hot, D. / Coscolla, M. / Feldmann, J. / Gagneux, S. / Locht, C. / Brodin, P. / Gitzinger, M. / Deprez, B. / Willand, N. / Baulard, A.R. #1: ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2017 タイトル: Structural analysis of the interaction between spiroisoxazoline SMARt-420 and the Mycobacterium tuberculosis repressor EthR2. 著者: Wohlkonig, A. / Remaut, H. / Moune, M. / Tanina, A. / Meyer, F. / Desroses, M. / Steyaert, J. / Willand, N. / Baulard, A.R. / Wintjens, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5n1c.cif.gz | 82.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5n1c.ent.gz | 64.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5n1c.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n1/5n1c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n1/5n1c | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24626.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: PURIFICATION TAG: RESIDUE 1-20 CHEMICAL MODIFICATION (IODINATION REACTION) : TYR52 AND TYR133 (NUMBERING ACCORDING THE GENE SEQUENCE) 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) 遺伝子: Rv0078, LH57_00450 / プラスミド: pET15b / 詳細 (発現宿主): CLONAGE SITES: NdeI-BamH1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O53623 #2: 化合物 | ChemComp-IOD / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.25 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2 詳細: 200 mM NaCl, 200 mM Na citrate pH 4.2 and 15% polyethylene glycol monomethylether 5000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-D / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2013年8月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→60 Å / Num. obs: 12520 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 38.5 % / Biso Wilson estimate: 49.3 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.234 / Net I/σ(I): 19.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.67 Å / 冗長度: 26.2 % / Rmerge(I) obs: 1.7 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 901 / CC1/2: 0.7 / % possible all: 98.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.6→57.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.921 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.868 / SU B: 15.577 / SU ML: 0.319 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 2.61 / ESU R Free: 0.405 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 48.089 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.6→57.1 Å
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拘束条件 |
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