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- PDB-5mza: The DBLb domain of PF11_0521 PfEMP1 bound to human ICAM-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mza
タイトルThe DBLb domain of PF11_0521 PfEMP1 bound to human ICAM-1
要素
  • Erythrocyte membrane protein 1 (PfEMP1)赤血球
  • Intercellular adhesion molecule 1
キーワードCELL ADHESION (細胞接着) / PfEMP1 ICAM-1 Cerebral malaria
機能・相同性
機能・相同性情報


modulation by symbiont of host erythrocyte aggregation / infected host cell surface knob / antigenic variation / regulation of leukocyte mediated cytotoxicity / T cell extravasation / positive regulation of cellular extravasation / adhesion of symbiont to microvasculature / regulation of ruffle assembly / T cell antigen processing and presentation / T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell ...modulation by symbiont of host erythrocyte aggregation / infected host cell surface knob / antigenic variation / regulation of leukocyte mediated cytotoxicity / T cell extravasation / positive regulation of cellular extravasation / adhesion of symbiont to microvasculature / regulation of ruffle assembly / T cell antigen processing and presentation / T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / membrane to membrane docking / adhesion of symbiont to host / establishment of endothelial barrier / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / cell adhesion mediated by integrin / leukocyte cell-cell adhesion / leukocyte migration / Interleukin-10 signaling / 免疫シナプス / : / Integrin cell surface interactions / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / cell adhesion molecule binding / cellular response to leukemia inhibitory factor / cellular response to glucose stimulus / 細胞接着 / cellular response to amyloid-beta / transmembrane signaling receptor activity / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / integrin binding / virus receptor activity / signaling receptor activity / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / collagen-containing extracellular matrix / membrane => GO:0016020 / receptor-mediated virion attachment to host cell / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / 細胞接着 / host cell surface receptor binding / 脂質ラフト / external side of plasma membrane / focal adhesion / host cell plasma membrane / 細胞膜 / extracellular space / extracellular exosome / zinc ion binding / 生体膜 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Plasmodium falciparum erythrocyte membrane protein-1, N-terminal segment / N-terminal segments of PfEMP1 / Cysteine-rich interdomain region 1 gamma / Cysteine-Rich Interdomain Region 1 gamma / : / ICAM-1/3/5, D2 domain / Intercellular adhesion molecule / Intercellular adhesion molecule, N-terminal / : / Intercellular adhesion molecule (ICAM), N-terminal domain ...Plasmodium falciparum erythrocyte membrane protein-1, N-terminal segment / N-terminal segments of PfEMP1 / Cysteine-rich interdomain region 1 gamma / Cysteine-Rich Interdomain Region 1 gamma / : / ICAM-1/3/5, D2 domain / Intercellular adhesion molecule / Intercellular adhesion molecule, N-terminal / : / Intercellular adhesion molecule (ICAM), N-terminal domain / Intercellular adhesion molecule/vascular cell adhesion molecule, N-terminal / Duffy-binding-like domain / PFEMP1 DBL domain / Plasmodium falciparum erythrocyte membrane protein 1, acidic terminal segment / acidic terminal segments, variant surface antigen of PfEMP1 / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain / Duffy-antigen binding / Duffy-antigen binding superfamily / Duffy binding domain / 免疫グロブリンフォールド / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Immunoglobulin-like domain superfamily / 抗体 / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIPHOSPHATE / フィチン酸 / Intercellular adhesion molecule 1 / Erythrocyte membrane protein 1, PfEMP1
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.78 Å
データ登録者Lennartz, F. / Higgins, M.K.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust101020/Z/13/Z 英国
引用ジャーナル: Cell Host Microbe / 年: 2017
タイトル: Structure-Guided Identification of a Family of Dual Receptor-Binding PfEMP1 that Is Associated with Cerebral Malaria.
著者: Lennartz, F. / Adams, Y. / Bengtsson, A. / Olsen, R.W. / Turner, L. / Ndam, N.T. / Ecklu-Mensah, G. / Moussiliou, A. / Ofori, M.F. / Gamain, B. / Lusingu, J.P. / Petersen, J.E. / Wang, C.W. / ...著者: Lennartz, F. / Adams, Y. / Bengtsson, A. / Olsen, R.W. / Turner, L. / Ndam, N.T. / Ecklu-Mensah, G. / Moussiliou, A. / Ofori, M.F. / Gamain, B. / Lusingu, J.P. / Petersen, J.E. / Wang, C.W. / Nunes-Silva, S. / Jespersen, J.S. / Lau, C.K. / Theander, T.G. / Lavstsen, T. / Hviid, L. / Higgins, M.K. / Jensen, A.T.
履歴
登録2017年1月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12020年10月7日Group: Structure summary / カテゴリ: chem_comp / Item: _chem_comp.pdbx_synonyms

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Erythrocyte membrane protein 1 (PfEMP1)
B: Intercellular adhesion molecule 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,7987
ポリマ－76,0132
非ポリマー1,7855
水19811
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4230 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area29280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.639, 109.830, 112.830
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Erythrocyte membrane protein 1 (PfEMP1) / 赤血球 / Erythrocyte membrane protein 1 / PfEMP1


分子量: 55517.434 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP Residues 728-1214 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
遺伝子: PF11_0521, PF3D7_1150400 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8IHM0
#2: タンパク質 Intercellular adhesion molecule 1 / / ICAM-1 / Major group rhinovirus receptor


分子量: 20495.311 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ICAM1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P05362

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糖 , 2種, 3分子

#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 3種, 13分子

#4: 化合物 ChemComp-3PO / TRIPHOSPHATE / 三りん酸 / Polyphosphate


分子量: 257.955 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H5O10P3
#6: 化合物 ChemComp-IHP / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / MYO-INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / INOSITOL 1,2,3,4,5,6-HEXAKISPHOSPHATE / フィチン酸 / フィチン酸


分子量: 660.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H18O24P6
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.03 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 10% (w/v) PEG 20000, 20% (v/v) PEG 500 and 0.1M Tris-BICINE (pH 8.5)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.998 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.998 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.78→78.7 Å / Num. obs: 22210 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 59.11 Å2 / Net I/σ(I): 8.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.78→30.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9087 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8776 / SU R Cruickshank DPI: 0.992 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.988 / SU Rfree Blow DPI: 0.309 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.314
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2356 1103 5.01 %RANDOM
Rwork0.2048 ---
obs0.2063 22036 99.74 %-
原子変位パラメータBiso mean: 47.66 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.3974 Å20 Å20 Å2
2---2.4642 Å20 Å2
3----3.9333 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.39 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.78→30.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4970 0 105 11 5086
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0075207HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.977079HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1849SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes146HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes730HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5207HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.23
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.93
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion665SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5673SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.78→2.92 Å / Total num. of bins used: 11
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2828 141 4.87 %
Rwork0.2313 2753 -
all0.2338 2894 -
obs--99.74 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2151-0.083-0.1740.99410.19381.29070.035-0.151-0.01940.0975-0.04620.02150.12350.060.0112-0.1057-0.04580.0061-0.1111-0.0084-0.0904-8.8518-9.315146.1861
20.54991.1073-0.96543.025-3.0545.0161-0.16770.1142-0.0508-0.18220.06410.06220.5984-0.11380.1036-0.06960.01380.0456-0.1121-0.0028-0.07964.3137-20.69779.7173
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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