[日本語] English
万見
- PDB-5m62: Structure of the Mus musclus Langerin carbohydrate recognition do... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5m62
タイトルStructure of the Mus musclus Langerin carbohydrate recognition domain in complex with glucose
要素C-type lectin domain family 4 member K
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / C-TYPE LECTIN / GLYCOPROTEIN (糖タンパク質) / CARBOHYDRATE BINDING PROTEIN / CALCIUM BINDING (カルシウム) / CRD Domain / LECTIN (レクチン)
機能・相同性
機能・相同性情報


Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / carbohydrate binding / defense response to virus / external side of plasma membrane / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
CD209-like, C-type lectin-like domain / C-type lectin, conserved site / C-type lectin domain signature. / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily ...CD209-like, C-type lectin-like domain / C-type lectin, conserved site / C-type lectin domain signature. / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
グルコース / alpha-D-glucopyranose / C-type lectin domain family 4 member K
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Loll, B. / Aretz, J. / Rademacher, C. / Wahl, M.C.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: Bacterial Polysaccharide Specificity of the Pattern Recognition Receptor Langerin Is Highly Species-dependent.
著者: Hanske, J. / Schulze, J. / Aretz, J. / McBride, R. / Loll, B. / Schmidt, H. / Knirel, Y. / Rabsch, W. / Wahl, M.C. / Paulson, J.C. / Rademacher, C.
履歴
登録2016年10月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月14日Group: Database references
改定 1.22017年2月1日Group: Database references
改定 1.32018年3月7日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42019年10月30日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / struct_keywords / Item: _chem_comp.type / _struct_keywords.text
改定 1.52020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.62024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: C-type lectin domain family 4 member K
B: C-type lectin domain family 4 member K
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,95717
ポリマ－35,0352
非ポリマー1,92215
水4,972276
1
A: C-type lectin domain family 4 member K
ヘテロ分子

A: C-type lectin domain family 4 member K
ヘテロ分子

A: C-type lectin domain family 4 member K
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,71830
ポリマ－52,5533
非ポリマー3,16527
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555z,-x,-y1
crystal symmetry operation12_555-y,-z,x1
2
B: C-type lectin domain family 4 member K
ヘテロ分子

B: C-type lectin domain family 4 member K
ヘテロ分子

B: C-type lectin domain family 4 member K
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,15321
ポリマ－52,5533
非ポリマー2,60118
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555-z,-x,y1
crystal symmetry operation10_555-y,z,-x1
単位格子
Length a, b, c (Å)144.420, 144.420, 144.420
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number197
Space group name H-MI23
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-618-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 C-type lectin domain family 4 member K / Langerin


分子量: 17517.512 Da / 分子数: 2 / 断片: Carbohydrate binding domain, UNP Residues 194-331 / 変異: C118S / 由来タイプ: 組換発現
詳細: N-terminal AG is a cloning artifact C-terminal Strep-tag First residue of sequence is ILE 194
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cd207, Clec4k / プラスミド: puc19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8VBX4

-
糖 , 2種, 3分子

#5: 糖 ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose / β-D-グルコピラノ-ス / グルコース


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#6: 糖 ChemComp-GLC / alpha-D-glucopyranose / alpha-D-glucose / D-glucose / glucose / α-D-グルコピラノ-ス / グルコース


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 288分子

#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 282.331 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 276 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.67 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1 M MES, pH 6.0, 30% (v/v) polyethylene glycol 600, 5% (w/v) polyethylene glycol 1000, and 10% (v/v) glycerol, 5% Glucose

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月5日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.5
11L, -K, H20.5
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 54929 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 40.4 % / Biso Wilson estimate: 29.1 Å2 / CC1/2: 1 / Rrim(I) all: 0.116 / Rsym value: 0.114 / Net I/σ(I): 28.2
反射 シェル解像度: 1.7→1.74 Å / 冗長度: 41.1 % / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / CC1/2: 0.85 / Rrim(I) all: 1.783 / Rsym value: 1.761 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0155精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5K8Y

5k8y


解像度: 1.7→45.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.969 / SU B: 1.7 / SU ML: 0.031 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.014 / ESU R Free: 0.014 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.16436 2593 4.7 %RANDOM
Rwork0.14385 ---
obs0.14485 52330 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 28.054 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--19.73 Å22.23 Å2-2.01 Å2
2--10.17 Å2-39.82 Å2
3---9.56 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.7→45.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2224 0 103 276 2603
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0192528
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022253
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3981.9323425
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.982.9985207
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6865298
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.75522.903124
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.21615389
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.5911518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1950.2337
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212872
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02666
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6652.0531156
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.6652.0521155
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.0653.0771466
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.0643.0791467
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.8562.2481372
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.8552.2481372
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.3453.2951960
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.84424.8983047
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.84424.8853046
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.421 171 -
Rwork0.354 3842 -
obs--99.98 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5633-0.36450.3682.644-2.29422.69420.02340.10130.1202-0.0749-0.0616-0.04190.0093-0.03220.03810.05020.0221-0.00140.07140.01130.054-34.737533.9249-24.0651
20.10440.09810.18120.3669-0.15970.8636-0.00420.00690.0127-0.01440.0167-0.00580.0069-0.0723-0.01250.05530.0126-0.00640.0575-0.00250.0591-35.837326.7742-10.4219
30.7082.13930.148410.72172.10142.53950.01310.02120.04560.2252-0.10390.23850.0188-0.41830.09080.01030.0058-0.00140.1197-0.01670.093-50.004724.2491-7.1071
40.30470.2590.01790.2826-0.08771.13610.02170.0140.02670.05860.00350.01170.0936-0.0845-0.02520.07830.0052-0.00040.0529-0.00450.0466-37.536920.4319-8.5376
52.4514-0.5586-2.19090.77440.5722.6338-0.0407-0.0873-0.03330.08650.03450.1037-0.04740.02020.00620.06160.02630.00620.0565-0.00140.0533-33.855934.764624.0967
60.31970.1057-0.250.11670.16131.04380.00970.00750.00330.0056-0.00030.004-0.06770.0287-0.00940.05730.0085-0.00330.0556-0.00760.0596-26.739535.815810.4651
710.80472.96880.7282.6018-0.48770.4442-0.06830.09890.39620.04850.01510.0534-0.1817-0.01170.05320.17840.0255-0.01080.0068-0.00770.0804-24.114949.92337.4229
80.25880.2221-0.04910.4831-0.12881.05830.01630.03910.00280.0249-0.00810.0196-0.08380.0989-0.00830.05340.0042-0.00260.0743-0.00460.0502-20.418237.56598.5096
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A192 - 213
2X-RAY DIFFRACTION2A214 - 271
3X-RAY DIFFRACTION3A272 - 282
4X-RAY DIFFRACTION4A283 - 327
5X-RAY DIFFRACTION5B192 - 213
6X-RAY DIFFRACTION6B214 - 271
7X-RAY DIFFRACTION7B272 - 282
8X-RAY DIFFRACTION8B283 - 327

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る