PDB-5lnx: Crystal structure of MmgC, an acyl-CoA dehydrogenase from bacillu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5lnx

タイトル

Crystal structure of MmgC, an acyl-CoA dehydrogenase from bacillus subtilis.

要素

Acyl-CoA dehydrogenase

アシルCoAデヒドロゲナーゼ

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) /

DEHYDROGENASE (脱水素酵素)

機能・相同性

機能・相同性情報

酸化還元酵素; CH-CH結合に対し酸化酵素として働く; その他の電子受容体を用いる /

acyl-CoA dehydrogenase activity / sporulation resulting in formation of a cellular spore /

flavin adenine dinucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus subtilis (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Baker, G.E. / Race, P.R.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of acyl-CoA dehydrogenase (MmgC) from bacillus subtilis.
著者: Baker, G.E. / Race, P.R.

履歴

登録	2016年8月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年8月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年10月16日	Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5lnx.cif.gz	554.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5lnx.ent.gz	451.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5lnx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ln/5lnx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ln/5lnx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1rx0-d 4l1f-1 3mpi-2 4iv6-1 2or0-3 3pfd-d 2jif-d 4irn-1 1ws9-1 1ivh-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Acyl-CoA dehydrogenase

B: Acyl-CoA dehydrogenase

C: Acyl-CoA dehydrogenase

D: Acyl-CoA dehydrogenase

E: Acyl-CoA dehydrogenase

F: Acyl-CoA dehydrogenase

G: Acyl-CoA dehydrogenase

H: Acyl-CoA dehydrogenase

ヘテロ分子

335 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Acyl-CoA dehydrogenase

B: Acyl-CoA dehydrogenase

C: Acyl-CoA dehydrogenase

D: Acyl-CoA dehydrogenase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
168 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: Acyl-CoA dehydrogenase

F: Acyl-CoA dehydrogenase

G: Acyl-CoA dehydrogenase

H: Acyl-CoA dehydrogenase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
167 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.168, 279.266, 78.191
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 101.40, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	A	6 - 375
2	1	B	6 - 375
1	2	A	8 - 375
2	2	C	8 - 375
1	3	A	6 - 376
2	3	D	6 - 376
1	4	A	6 - 375
2	4	E	6 - 375
1	5	A	3 - 375
2	5	F	3 - 375
1	6	A	8 - 375
2	6	G	8 - 375
1	7	A	3 - 376
2	7	H	3 - 376
1	8	B	8 - 375
2	8	C	8 - 375
1	9	B	5 - 375
2	9	D	5 - 375
1	10	B	6 - 375
2	10	E	6 - 375
1	11	B	5 - 375
2	11	F	5 - 375
1	12	B	8 - 375
2	12	G	8 - 375
1	13	B	5 - 375
2	13	H	5 - 375
1	14	C	8 - 375
2	14	D	8 - 375
1	15	C	8 - 376
2	15	E	8 - 376
1	16	C	8 - 375
2	16	F	8 - 375
1	17	C	8 - 376
2	17	G	8 - 376
1	18	C	8 - 375
2	18	H	8 - 375
1	19	D	6 - 375
2	19	E	6 - 375
1	20	D	1 - 375
2	20	F	1 - 375
1	21	D	8 - 375
2	21	G	8 - 375
1	22	D	5 - 376
2	22	H	5 - 376
1	23	E	6 - 375
2	23	F	6 - 375
1	24	E	8 - 375
2	24	G	8 - 375
1	25	E	6 - 375
2	25	H	6 - 375
1	26	F	8 - 375
2	26	G	8 - 375
1	27	F	3 - 375
2	27	H	3 - 375
1	28	G	8 - 375
2	28	H	8 - 375

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	Acyl-CoA dehydrogenase / アシルCoAデヒドロゲナーゼ分子量: 40993.910 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) 株: 168 / 遺伝子: mmgC, yqiN, BSU24150 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) 参照: UniProt: P45857, 酸化還元酵素; CH-CH結合に対し酸化酵素として働く; その他の電子受容体を用いる
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD / フラビンアデニンジヌクレオチド分子量: 785.550 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 345 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.87 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.1 M MMT pH 8, 25% PEG 1500 and 20 % glycerol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年4月14日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9763 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.481
1	1	L, -K, H	2	0.519

反射

解像度: 2.6→48.76 Å / Num. obs: 100379 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.7 % / Net I/σ(I): 8.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0103	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 2.6→48.76 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.889 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.854 / SU B: 9.65 / SU ML: 0.219 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.272 / ESU R Free: 0.077

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28462	4984	5 %	RANDOM
R_work	0.24701	-	-	-
obs	0.2489	95343	99.88 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.886 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-30.1 Å²	0 Å²	1.2 Å²
2-	-	47.3 Å²	0 Å²
3-	-	-	-17.2 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.6→48.76 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	21390	0	490	345	22225

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.019	22460
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.007	0.02	20800
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.643	1.982	30480
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.525	3	47525
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.539	5	2963
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.82	24.251	861
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.329	15	3286
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.661	15	92
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.105	0.2	3417
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	25956
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.007	0.02	5040
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.347	3.557	11889
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.346	3.557	11889
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.225	5.331	14839
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.225	5.331	14840
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.827	3.551	10571
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.827	3.551	10571
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.503	5.28	15642
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	7.707	28.009	26433
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	7.706	28.014	26425
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	38282	0.12
1	2	B	38282	0.12
2	1	A	37170	0.11
2	2	C	37170	0.11
3	1	A	38562	0.11
3	2	D	38562	0.11
4	1	A	38320	0.1
4	2	E	38320	0.1
5	1	A	37264	0.1
5	2	F	37264	0.1
6	1	A	36866	0.11
6	2	G	36866	0.11
7	1	A	37908	0.11
7	2	H	37908	0.11
8	1	B	36416	0.11
8	2	C	36416	0.11
9	1	B	37852	0.11
9	2	D	37852	0.11
10	1	B	37430	0.11
10	2	E	37430	0.11
11	1	B	36670	0.1
11	2	F	36670	0.1
12	1	B	36486	0.11
12	2	G	36486	0.11
13	1	B	37228	0.11
13	2	H	37228	0.11
14	1	C	36486	0.11
14	2	D	36486	0.11
15	1	C	36252	0.11
15	2	E	36252	0.11
16	1	C	35806	0.11
16	2	F	35806	0.11
17	1	C	36224	0.1
17	2	G	36224	0.1
18	1	C	36010	0.11
18	2	H	36010	0.11
19	1	D	37422	0.1
19	2	E	37422	0.1
20	1	D	36888	0.1
20	2	F	36888	0.1
21	1	D	36300	0.11
21	2	G	36300	0.11
22	1	D	37992	0.09
22	2	H	37992	0.09
23	1	E	36128	0.1
23	2	F	36128	0.1
24	1	E	36216	0.1
24	2	G	36216	0.1
25	1	E	37020	0.1
25	2	H	37020	0.1
26	1	F	35628	0.1
26	2	G	35628	0.1
27	1	F	35832	0.1
27	2	H	35832	0.1
28	1	G	35792	0.11
28	2	H	35792	0.11

LS精密化シェル

解像度: 2.599→2.667 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.46	361	-
R_work	0.391	6950	-
obs	-	-	98.81 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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