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万見
- PDB-5llt: Plasmodium falciparum nicotinic acid mononucleotide adenylyltrans... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5llt
タイトルPlasmodium falciparum nicotinic acid mononucleotide adenylyltransferase complexed with NaAD
要素Nicotinate-nucleotide adenylyltransferase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / Nicotinic acid mononucleotide adenylyltransferase / NaMNAT / protein crystallography (X線回折) / Plasmodium falciparum / drug target (生物学的標的) / malaria (マラリア) / NAD metabolism
機能・相同性
機能・相同性情報


nicotinamide-nucleotide adenylyltransferase / nicotinate-nucleotide adenylyltransferase activity / NAD biosynthetic process / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Nicotinate/nicotinamide nucleotide adenylyltransferase / Cytidylyltransferase-like / Cytidyltransferase-like domain / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINIC ACID ADENINE DINUCLEOTIDE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / nicotinamide-nucleotide adenylyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Bathke, J. / Fritz-Wolf, K. / Brandstaedter, C. / Rahlfs, S. / Becker, K.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation(BE1540/23-1 within SPP 1710) ドイツ
引用ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2016
タイトル: Structural and Functional Characterization of Plasmodium falciparum Nicotinic Acid Mononucleotide Adenylyltransferase.
著者: Bathke, J. / Fritz-Wolf, K. / Brandstadter, C. / Burkhardt, A. / Jortzik, E. / Rahlfs, S. / Becker, K.
履歴
登録2016年7月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年11月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月28日Group: Database references
改定 1.22017年3月29日Group: Database references
改定 1.32018年1月31日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set
改定 1.42024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nicotinate-nucleotide adenylyltransferase
B: Nicotinate-nucleotide adenylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,99215
ポリマ－50,8912
非ポリマー2,10213
水2,774154
1
A: Nicotinate-nucleotide adenylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,5278
ポリマ－25,4451
非ポリマー1,0827
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Nicotinate-nucleotide adenylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,4657
ポリマ－25,4451
非ポリマー1,0206
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)38.970, 52.110, 61.250
Angle α, β, γ (deg.)93.94, 90.00, 109.85
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Nicotinate-nucleotide adenylyltransferase /


分子量: 25445.338 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (isolate 3D7) (マラリア病原虫)
株: isolate 3D7 / 遺伝子: PF3D7_1327600 / 発現宿主: Escherichia coli KRX (大腸菌)
参照: UniProt: Q8IE38, nicotinate-nucleotide adenylyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-DND / NICOTINIC ACID ADENINE DINUCLEOTIDE / DEAMIDO-NAD+ / 3-(カルボキシラト)-1-[5-O-[(5′-アデニリルオキシ)オキシラトホスフィニル]-β-D-リボフラノシル]ピ(以下略)


分子量: 665.418 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N6O15P2
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 154 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.35 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 16 mg/ml, 0.1 M bicine, pH 8.2 and 18% PEG 6000.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年4月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→40 Å / Num. obs: 19100 / % possible obs: 83.3 % / 冗長度: 1.7 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rsym value: 0.034 / Net I/av σ(I): 14.17 / Net I/σ(I): 14.1
反射 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / 冗長度: 1.65 % / Rmerge(I) obs: 0.2 / Mean I/σ(I) obs: 4.97 / CC1/2: 0.969 / % possible all: 41.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
CNS位相決定
Cootモデル構築
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2H29

2h29


解像度: 2.2→39.603 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.03 / 位相誤差: 27.88 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2345 1144 5.99 %
Rwork0.1685 --
obs0.1724 19086 83.24 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→39.603 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3448 0 138 154 3740
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073675
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9764954
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.8561333
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053538
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006598
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2002-2.30030.3437760.23261188X-RAY DIFFRACTION44
2.3003-2.42160.31131070.19551692X-RAY DIFFRACTION63
2.4216-2.57330.30221530.18722411X-RAY DIFFRACTION90
2.5733-2.77190.22171610.17312519X-RAY DIFFRACTION93
2.7719-3.05080.26661600.17612520X-RAY DIFFRACTION94
3.0508-3.4920.25581610.16692521X-RAY DIFFRACTION93
3.492-4.39860.19231620.14862532X-RAY DIFFRACTION94
4.3986-39.60980.21391640.16642559X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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