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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5lb4 | |||||||||
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タイトル | Apo-structure of humanised RadA-mutant humRadA14 | |||||||||
![]() | DNA repair and recombination protein RadA | |||||||||
![]() | ![]() ![]() | |||||||||
機能・相同性 | ![]() DNA recombinase assembly / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Marsh, M. / Fischer, G. / Moschetti, T. / Sharpe, T. / Scott, D. / Morgan, M. / Ng, H. / Skidmore, J. / Venkitaraman, A. / Abell, C. ...Marsh, M. / Fischer, G. / Moschetti, T. / Sharpe, T. / Scott, D. / Morgan, M. / Ng, H. / Skidmore, J. / Venkitaraman, A. / Abell, C. / Blundell, T.L. / Hyvonen, M. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Engineering Archeal Surrogate Systems for the Development of Protein-Protein Interaction Inhibitors against Human RAD51. 著者: Moschetti, T. / Sharpe, T. / Fischer, G. / Marsh, M.E. / Ng, H.K. / Morgan, M. / Scott, D.E. / Blundell, T.L. / R Venkitaraman, A. / Skidmore, J. / Abell, C. / Hyvonen, M. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 57.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 40 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5fosC ![]() 5j4hC ![]() 5j4kC ![]() 5j4lC ![]() 5jecC ![]() 5jedC ![]() 5jeeC ![]() 5kddC ![]() 5l8vC ![]() 5lb2C ![]() 5lbiC ![]() 4a6pS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25508.113 Da / 分子数: 1 変異: V168A, I169M, W170Y, Y201A, V202Y, L213Q, V215L, Q216Y, E219S, D220A, K221M, I222M, K223V, L225S, V232Y, H264F, D267M, L274E, Y275F 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 遺伝子: radA, PF1926 / プラスミド: pBAT4 / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.41 % |
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結晶化![]() | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 25% PEG4000, 0.1 M Tris pH 8.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 1.98→45 Å / Num. obs: 14305 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 29.69 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rsym value: 0.045 / Net I/σ(I): 20.51 |
反射 シェル | 解像度: 1.98→2.1 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.7 / Mean I/σ(I) obs: 2.29 / % possible all: 98.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 4A6P 解像度: 1.98→33.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.908 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.89 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.219 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.215 / SU Rfree Blow DPI: 0.176 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.179
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原子変位パラメータ | Biso mean: 38.37 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.35 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.98→33.71 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.98→2.14 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7
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