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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5kng | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF ANTI-IL-13 DARPIN 6G9 | ||||||
![]() | DARPIN 6G9 | ||||||
![]() | ![]() | ||||||
機能・相同性 | Ankyrin repeat-containing domain / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / ![]() ![]() ![]() | ||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Teplyakov, A. / Malia, T. / Obmolova, G. / Gilliland, G. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Conformational flexibility of an anti-IL-13 DARPin. 著者: Teplyakov, A. / Malia, T.J. / Obmolova, G. / Jacobs, S.A. / O'Neil, K.T. / Gilliland, G.L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 142.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 110.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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4 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18244.361 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ![]() #3: 化合物 | ![]() #4: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 % |
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結晶化![]() | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 0.4 M NH4H2PO4 / PH範囲: 4.6 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年2月6日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 1.35→30 Å / Num. obs: 156050 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 21.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 15.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.35→1.39 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.469 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 2J8S 解像度: 1.35→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 0.8 / SU ML: 0.033 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.048 / ESU R Free: 0.05
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.4 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.35→15 Å
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拘束条件 |
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