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万見
- PDB-5jyv: NMR structure of foldswitch-stablized KaiB in complex with pseudo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jyv
タイトルNMR structure of foldswitch-stablized KaiB in complex with pseudo receiver domain of CikA from Thermosynechococcus elongatus
要素
  • Circadian clock protein KaiB
  • Two-component sensor histidine kinase
キーワードSigaling protein / Circadian Clock / Signaling protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of phosphorylation / histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / 概日リズム / rhythmic process / 細胞周期 / 細胞分裂 / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Circadian clock protein KaiB / Circadian clock protein KaiB-like / KaiB domain / KaiB domain / KaiB / Phytochrome chromophore attachment domain / Phytochrome chromophore attachment site domain profile. / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain ...Circadian clock protein KaiB / Circadian clock protein KaiB-like / KaiB domain / KaiB domain / KaiB / Phytochrome chromophore attachment domain / Phytochrome chromophore attachment site domain profile. / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / GAF domain / CheY-like superfamily / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain / GAF-like domain superfamily / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Circadian clock oscillator protein KaiB / Circadian input-output histidine kinase CikA
類似検索 - 構成要素
生物種Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Tseng, R.D. / LiWang, A.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM107521 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2017
タイトル: Structural basis of the day-night transition in a bacterial circadian clock.
著者: Tseng, R. / Goularte, N.F. / Chavan, A. / Luu, J. / Cohen, S.E. / Chang, Y.G. / Heisler, J. / Li, S. / Michael, A.K. / Tripathi, S. / Golden, S.S. / LiWang, A. / Partch, C.L.
履歴
登録2016年5月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年3月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年12月25日Group: Author supporting evidence / Data collection
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Two-component sensor histidine kinase
B: Circadian clock protein KaiB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,6802
ポリマ－24,6802
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area2250 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area12320 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

-
要素

#1: タンパク質 Two-component sensor histidine kinase


分子量: 12899.736 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア)
株: BP-1 / 遺伝子: tll0899
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q8DKG0
#2: タンパク質 Circadian clock protein KaiB /


分子量: 11779.870 Da / 分子数: 1
Mutation: Y8A, Y94A, N29A, G89A, D91R, FLAG tag C-terminus insertion, C-terminal truncation after Residue D99
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
株: BP-1 / 遺伝子: kaiB, tlr0482
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q79V61

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic13D HN(CA)CB
121isotropic13D HN(COCA)CB
131isotropic13D HNCO
141isotropic13D HN(CA)CO
151isotropic13D HBHA(CO)NH
1161isotropic13D 15N edited 1H-15N NOESY
1152isotropic13D 13C edited 1H-13C NOESY
1142isotropic13D (H)CCH-COSY
1132isotropic13D (H)CCH-TOCSY
1127isotropic13D IPAP-HNCO(CA)
1118anisotropic13D IPAP-HNCO(CA)
1107isotropic13D IPAP-HNCO
198anisotropic13D IPAP-HNCO
189isotropic12D IPAP-1H-15N HSQC
1710anisotropic12D IPAP-1H-15N HSQC
165isotropic115N, 13C edited 4D NOESY-HSQC
14515isotropic113C-edited, 12C-filtered 3D NOESY-HSQC
1443isotropic13D HN(CA)CB
1433isotropic13D HN(COCA)CB
1423isotropic13D HNCO
1413isotropic13D HN(CA)CO
1403isotropic13D HBHA(CO)NH
1393isotropic13D 15N edited 1H-15N NOESY
1384isotropic13D 13C edited 1H-13C NOESY
1374isotropic13D (H)CCH-COSY
1364isotropic13D (H)CCH-TOCSY
1354isotropic13D HCAN
1344isotropic13D HCA(CO)N
13311isotropic13D IPAP-HNCO(CA)
13212anisotropic13D IPAP-HNCO(CA)
13111isotropic13D IPAP-HNCO
13012anisotropic13D IPAP-HNCO
12913isotropic12D IPAP-1H-15N HSQC
12814anisotropic12D IPAP-1H-15N HSQC
1276isotropic115N, 13C edited 4D NOESY-HSQC
12616isotropic113C-edited, 12C-filtered 3D NOESY-HSQC
1471isotropic12D 1H-15N HSQC
1463isotropic12D 1H-15N HSQC
1492isotropic12D 1H-13C HSQC
1484isotropic12D 1H-13C HSQC

-
試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution1800 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] pseudo receiver domain of CikA, 880 uM unlabeled KaiB mutant-N29A, 95% H2O/5% D2O20 mM TRIS 100 mM NaCl 5 mM TCEP 1x midi protease inhibitor (Roche)cika_h2095% H2O/5% D2O
solution2800 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] pseudo receiver domain of CikA, 880 uM unlabeled KaiB mutant-N29A, 100% D2O20 mM TRIS 100 mM NaCl 5 mM TCEP 1x midi protease inhibitor (Roche)cika_d2o100% D2O
solution3800 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] KaiB mutant-N29A, 880 uM unlabeled pseudo receiver domain of CikA, 95% H2O/5% D2O20 mM TRIS 100 mM NaCl 5 mM TCEP 1x midi protease inhibitor (Roche)KaiB_h2o95% H2O/5% D2O
solution4800 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] KaiB mutant-N29A, 880 uM unlabeled pseudo receiver domain of CikA, 100% D2O20 mM TRIS 100 mM NaCl 5 mM TCEP 1x midi protease inhibitor (Roche)KaiB_d2o100% D2O
solution5800 uM [U-100% 15N] pseudo receiver domain of CikA, 880 uM [U-100% 13C] KaiB mutant-N29A, 95% H2O/5% D2O20 mM TRIS 100 mM NaCl 5 mM TCEP 1x midi protease inhibitor (Roche)n15_cikA_c13_tb95% H2O/5% D2O
solution6800 uM [U-100% 15N] KaiB mutant-N29A, 880 uM [U-100% 13C] pseudo receiver domain of CikA, 95% H2O/5% D2O20 mM TRIS 100 mM NaCl 5 mM TCEP 1x midi protease inhibitor (Roche)n15_tb_c13_cika95% H2O/5% D2O
gel solution7400 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] pseudo receiver domain of CikA, 440 uM unlabeled KaiB mutant-N29A, 90% H2O/10% D2O10 mM TRIS 50 mM NaCl 5 mM TCEP 1x midi protease inhibitor (Roche)3D_cika_RDC_isotropic90% H2O/10% D2O
gel solution8650 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] pseudo receiver domain of CikA, 715 uM unlabeled KaiB mutant-N29A, 90% H2O/10% D2O5.5% stretched polyacrylamide gel made with 5 mm diameter 10 mM TRIS 50 mM NaCl 5 mM TCEP 1x midi protease inhibitor (Roche)3D_cika_RDC_aligned90% H2O/10% D2O
gel solution9400 uM [U-99% 15N] pseudo receiver domain of CikA, 440 uM unlabeled KaiB mutant-N29A, 90% H2O/10% D2O10 mM TRIS 50 mM NaCl 5 mM TCEP 1x midi protease inhibitor (Roche)2D_cika_RDC_isotropic90% H2O/10% D2O
gel solution10400 uM [U-99% 15N] pseudo receiver domain of CikA, 440 uM unlabeled KaiB mutant-N29A, 90% H2O/10% D2O5.5% stretched polyacrylamide gel made with 5 mm diameter 10 mM TRIS 50 mM NaCl 5 mM TCEP 1x midi protease inhibitor (Roche)2D_cika_RDC_aligned90% H2O/10% D2O
gel solution11400 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] KaiB mutant-N29A, 440 uM unlabeled pseudo receiver domain of CikA, 90% H2O/10% D2O10 mM TRIS 50 mM NaCl 5 mM TCEP 1x midi protease inhibitor (Roche)3D_tb_RDC_isotropic90% H2O/10% D2O
gel solution12700 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] KaiB mutant-N29A, 770 uM unlabeled pseudo receiver domain of CikA, 90% H2O/10% D2O5.5% stretched polyacrylamide gel made with 5 mm diameter 10 mM TRIS 50 mM NaCl 5 mM TCEP 1x midi protease inhibitor (Roche)3D_tb_RDC_aligned90% H2O/10% D2O
gel solution13400 uM [U-99% 15N] KaiB mutant-N29A, 440 uM unlabeled pseudo receiver domain of CikA, 90% H2O/10% D2O10 mM TRIS 50 mM NaCl 5 mM TCEP 1x midi protease inhibitor (Roche)2D_tb_RDC_isotropic90% H2O/10% D2O
gel solution14400 uM [U-99% 15N] KaiB mutant-N29A, 440 uM unlabeled pseudo receiver domain of CikA, 90% H2O/10% D2O5.5% stretched polyacrylamide gel made with 5 mm diameter 10 mM TRIS 50 mM NaCl 5 mM TCEP 1x midi protease inhibitor (Roche)2D_tb_RDC_aligned90% H2O/10% D2O
solution15800 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] pseudo receiver domain of CikA, 880 uM unlabeled KaiB mutant-N29A, 100% D2O20 mM TRIS 100 mM NaCl 5 mM TCEP 1x midi protease inhibitor (Roche)CikA_internoe_c13-c12100% D2O
solution16800 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] KaiB mutant-N29A, 880 uM unlabeled pseudo receiver domain of CikA, 100% D2O20 mM TRIS 100 mM NaCl 5 mM TCEP 1x midi protease inhibitor (Roche)tb_internoe_c13-c12100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
800 uMpseudo receiver domain of CikA[U-99% 13C; U-99% 15N]1
880 uMKaiB mutant-N29Aunlabeled1
800 uMpseudo receiver domain of CikA[U-99% 13C; U-99% 15N]2
880 uMKaiB mutant-N29Aunlabeled2
800 uMKaiB mutant-N29A[U-99% 13C; U-99% 15N]3
880 uMpseudo receiver domain of CikAunlabeled3
800 uMKaiB mutant-N29A[U-99% 13C; U-99% 15N]4
880 uMpseudo receiver domain of CikAunlabeled4
800 uMpseudo receiver domain of CikA[U-100% 15N]5
880 uMKaiB mutant-N29A[U-100% 13C]5
800 uMKaiB mutant-N29A[U-100% 15N]6
880 uMpseudo receiver domain of CikA[U-100% 13C]6
400 uMpseudo receiver domain of CikA[U-99% 13C; U-99% 15N]7
440 uMKaiB mutant-N29Aunlabeled7
650 uMpseudo receiver domain of CikA[U-99% 13C; U-99% 15N]8
715 uMKaiB mutant-N29Aunlabeled8
400 uMpseudo receiver domain of CikA[U-99% 15N]9
440 uMKaiB mutant-N29Aunlabeled9
400 uMpseudo receiver domain of CikA[U-99% 15N]10
440 uMKaiB mutant-N29Aunlabeled10
400 uMKaiB mutant-N29A[U-99% 13C; U-99% 15N]11
440 uMpseudo receiver domain of CikAunlabeled11
700 uMKaiB mutant-N29A[U-99% 13C; U-99% 15N]12
770 uMpseudo receiver domain of CikAunlabeled12
400 uMKaiB mutant-N29A[U-99% 15N]13
440 uMpseudo receiver domain of CikAunlabeled13
400 uMKaiB mutant-N29A[U-99% 15N]14
440 uMpseudo receiver domain of CikAunlabeled14
800 uMpseudo receiver domain of CikA[U-99% 13C; U-99% 15N]15
880 uMKaiB mutant-N29Aunlabeled15
800 uMKaiB mutant-N29A[U-99% 13C; U-99% 15N]16
880 uMpseudo receiver domain of CikAunlabeled16
試料状態イオン強度: 0.1 mM / Label: ph7 / pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 50 C

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
PIPPGarrettpeak picking
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
XippGarrett DS, Powers R, Gronenborn AM, Clore GM. J Magn Reson. 2011 Dec;213(2):357-63. doi: 10.1016/j.jmr.2011.09.007. A common sense approach to peak picking in two-, three-, and four-dimensional spectra using automatic computer analysis of contour diagrams http://spin.niddk.nih.gov/dgarrett/Xipp/xipp.htmlpeak picking
MARSMars - robust automatic backbone assignment of proteins Journal of Biomolecular NMR, 2004, Volume 30, Number 1, Page 11 Young-Sang Jung, Markus Zweckstetterchemical shift assignment
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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