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- PDB-5jxe: Human PD-1 ectodomain complexed with Pembrolizumab Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jxe
タイトルHuman PD-1 ectodomain complexed with Pembrolizumab Fab
要素
  • Pembrolizumab Fab heavy chain
  • Pembrolizumab Fab light chain
  • Programmed cell death protein 1
キーワードIMMUNE SYSTEM / human PD-1 Pembrolizumab Fab
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of tolerance induction / regulatory T cell apoptotic process / negative regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / negative regulation of T cell activation / negative regulation of immune response / B cell apoptotic process / positive regulation of T cell apoptotic process / negative regulation of B cell apoptotic process / humoral immune response / regulation of immune response ...negative regulation of tolerance induction / regulatory T cell apoptotic process / negative regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / negative regulation of T cell activation / negative regulation of immune response / B cell apoptotic process / positive regulation of T cell apoptotic process / negative regulation of B cell apoptotic process / humoral immune response / regulation of immune response / PD-1 signaling / signaling receptor activity / Potential therapeutics for SARS / adaptive immune response / external side of plasma membrane / apoptotic process / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Programmed cell death protein 1 / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins ...Programmed cell death protein 1 / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Programmed cell death protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Na, Z. / Bharath, S.R. / Song, H.
引用ジャーナル: Cell Res. / 年: 2017
タイトル: Structural basis for blocking PD-1-mediated immune suppression by therapeutic antibody pembrolizumab.
著者: Na, Z. / Yeo, S.P. / Bharath, S.R. / Bowler, M.W. / Balijkcij, E. / Wang, C.I. / Song, H.
履歴
登録2016年5月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月7日Group: Experimental preparation
改定 1.22017年12月6日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Programmed cell death protein 1
B: Programmed cell death protein 1
C: Pembrolizumab Fab light chain
D: Pembrolizumab Fab heavy chain
F: Pembrolizumab Fab light chain
G: Pembrolizumab Fab heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,3286
ポリマ－120,3286
非ポリマー00
水18010
1
A: Programmed cell death protein 1
F: Pembrolizumab Fab light chain
G: Pembrolizumab Fab heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,1643
ポリマ－60,1643
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Programmed cell death protein 1
C: Pembrolizumab Fab light chain
D: Pembrolizumab Fab heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,1643
ポリマ－60,1643
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)105.554, 105.554, 380.048
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 Programmed cell death protein 1 / hPD-1


分子量: 12714.137 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 34-146 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDCD1, PD1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15116
#2: 抗体 Pembrolizumab Fab light chain


分子量: 23768.449 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 Pembrolizumab Fab heavy chain


分子量: 23681.471 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.61 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M sodium citrate pH 5.6, 19 mM n-Decyl-N,N-dimethylglycine, 20% isopropanol and 20% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.966 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年1月27日 / 詳細: Si with Pt coating
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.966 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→29.926 Å / Num. obs: 28657 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 67.2 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル解像度: 2.9→3.08 Å / 冗長度: 4.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ZQK, 5DK3

4zqk

5dk3


解像度: 2.9→29.926 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.97
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2857 1424 4.97 %
Rwork0.2606 --
obs0.2619 28637 99.22 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→29.926 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7841 0 0 10 7851
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0058032
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.79610951
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.7984769
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0461248
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071403
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9001-3.00370.39291310.34582674X-RAY DIFFRACTION100
3.0037-3.12380.34851370.33832594X-RAY DIFFRACTION98
3.1238-3.26580.36711160.33142689X-RAY DIFFRACTION100
3.2658-3.43780.38881410.31712672X-RAY DIFFRACTION100
3.4378-3.65280.33511430.28762709X-RAY DIFFRACTION100
3.6528-3.93430.31611390.27512705X-RAY DIFFRACTION100
3.9343-4.32910.24051680.23982700X-RAY DIFFRACTION100
4.3291-4.95310.23211640.21162740X-RAY DIFFRACTION100
4.9531-6.23120.24661420.23552755X-RAY DIFFRACTION98
6.2312-29.92710.27791430.24342975X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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