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Yorodumi- PDB-6p50: Crystal Structure of a Complex of human IL-7Ralpha with an anti-I... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6p50 | ||||||
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Title | Crystal Structure of a Complex of human IL-7Ralpha with an anti-IL-7Ralpha Fab 4A10 | ||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / Interleukin-7 receptor extracellular dohmain / Antibody 4A10 Fab fragment / protein polymer | ||||||
Function / homology | Function and homology information interleukin-7 receptor activity / negative regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of receptor signaling pathway via STAT / regulation of DNA recombination / positive regulation of T cell differentiation in thymus / negative regulation of T cell apoptotic process / cytokine receptor activity / regulation of cell size / B cell proliferation / T cell homeostasis ...interleukin-7 receptor activity / negative regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of receptor signaling pathway via STAT / regulation of DNA recombination / positive regulation of T cell differentiation in thymus / negative regulation of T cell apoptotic process / cytokine receptor activity / regulation of cell size / B cell proliferation / T cell homeostasis / B cell homeostasis / hemopoiesis / lymph node development / antigen binding / Interleukin-7 signaling / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / cell morphogenesis / T cell mediated cytotoxicity / cytokine-mediated signaling pathway / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / T cell differentiation in thymus / gene expression / cell surface receptor signaling pathway / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / external side of plasma membrane / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / signal transduction / extracellular region / nucleoplasm / plasma membrane / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) Mus musculus (house mouse) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.9 Å | ||||||
Authors | Walsh, S.T.R. / Kashi, L. / Kohnhorst, C.L. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Leukemia / Year: 2020 Title: New anti-IL-7R alpha monoclonal antibodies show efficacy against T cell acute lymphoblastic leukemia in pre-clinical models. Authors: Hixon, J.A. / Andrews, C. / Kashi, L. / Kohnhorst, C.L. / Senkevitch, E. / Czarra, K. / Barata, J.T. / Li, W. / Schneider, J.P. / Walsh, S.T.R. / Durum, S.K. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6p50.cif.gz | 262 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6p50.ent.gz | 176.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6p50.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p5/6p50 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p5/6p50 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6p4ySC 6p67C 3di3S 4a10S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 25691.020 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: IL7R / Production host: Drosophila melanogaster (fruit fly) / Variant (production host): Schneider S2 / References: UniProt: P16871 |
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#2: Antibody | Mass: 24360.199 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Mus musculus (house mouse) |
#3: Antibody | Mass: 23606.264 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Mus musculus (house mouse) |
#4: Sugar | ChemComp-NAG / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.02 Å3/Da / Density % sol: 38.97 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6 Details: 25% PEG 3350, 0.2 M sodium malonate pH 6.0, 20% glycerol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 23-ID-D / Wavelength: 1.0332 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Apr 9, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.0332 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.9→38.61 Å / Num. obs: 12886 / % possible obs: 96.3 % / Redundancy: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 56.77 Å2 / CC1/2: 0.969 / Rrim(I) all: 0.283 / Net I/σ(I): 3.63 |
Reflection shell | Resolution: 2.9→3.07 Å / Redundancy: 2.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.02 / Num. unique obs: 1892 / CC1/2: 0.734 / Rrim(I) all: 1.14 / % possible all: 89.2 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3DI3 for IL-7R chain and 6P4Y for 4A10 Resolution: 2.9→38.61 Å / SU ML: 0.4937 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 41.0274
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 70.59 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.9→38.61 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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