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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5joe | ||||||
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タイトル | Crystal structure of I81 from titin | ||||||
要素 | Titinチチン | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / titin (チチン) / immunoglobulin (抗体) / STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 sarcomerogenesis / structural molecule activity conferring elasticity / telethonin binding / skeletal muscle myosin thick filament assembly / cardiac myofibril assembly / muscle alpha-actinin binding / detection of muscle stretch / cardiac muscle tissue morphogenesis / regulation of catalytic activity / cardiac muscle hypertrophy ...sarcomerogenesis / structural molecule activity conferring elasticity / telethonin binding / skeletal muscle myosin thick filament assembly / cardiac myofibril assembly / muscle alpha-actinin binding / detection of muscle stretch / cardiac muscle tissue morphogenesis / regulation of catalytic activity / cardiac muscle hypertrophy / mitotic chromosome condensation / Striated Muscle Contraction / actinin binding / M band / I band / cardiac muscle cell development / regulation of protein kinase activity / structural constituent of muscle / sarcomere organization / skeletal muscle thin filament assembly / striated muscle thin filament / striated muscle contraction / cardiac muscle contraction / protein kinase A signaling / condensed nuclear chromosome / muscle contraction / positive regulation of protein secretion / Z disc / response to calcium ion / : / actin filament binding / Platelet degranulation / protein tyrosine kinase activity / protease binding / calmodulin binding / non-specific serine/threonine protein kinase / リン酸化 / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / calcium ion binding / positive regulation of gene expression / protein kinase binding / enzyme binding / extracellular exosome / extracellular region / ATP binding / identical protein binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Fleming, J. / Zhou, T. / Bogomolovas, J. / Labeit, S. / Mayans, O. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2016 タイトル: CARP interacts with titin at a unique helical N2A sequence and at the domain Ig81 to form a structured complex. 著者: Zhou, T. / Fleming, J.R. / Franke, B. / Bogomolovas, J. / Barsukov, I. / Rigden, D.J. / Labeit, S. / Mayans, O. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5joe.cif.gz | 38 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5joe.ent.gz | 24.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5joe.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jo/5joe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jo/5joe | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 4qegS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10517.055 Da / 分子数: 1 / 断片: I81 domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TTN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q8WZ42, non-specific serine/threonine protein kinase |
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#2: 化合物 | ChemComp-IPA / |
#3: 化合物 | ChemComp-EDO / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.19 % |
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結晶化 | 温度: 292.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1M Tris pH 8.5; 30% w/v PEG 4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9282 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9282 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→28.83 Å / Num. obs: 14310 / % possible obs: 99.85 % / 冗長度: 11.47 % / Net I/σ(I): 23.28 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 11.67 % / Mean I/σ(I) obs: 2.87 / CC1/2: 0.865 / % possible all: 98.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4QEG 解像度: 2→28.828 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 22.88
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→28.828 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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