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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5jks | |||||||||
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タイトル | vaccinia virus D4 R167A mutant /A20(1-50) | |||||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE/REPLICATION / DNA POLYMERASE PROCESSIVITY FACTOR / DNA BINDING (デオキシリボ核酸) / DNA POLYMERASE BINDING (DNAポリメラーゼ) / HYDROLASE-REPLICATION COMPLEX / hydrolase (加水分解酵素) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 uracil-DNA glycosylase / viral DNA genome replication / uracil DNA N-glycosylase activity / DNA複製 / DNA修復 / DNA binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Vaccinia virus (ワクチニアウイルス) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.79 Å | |||||||||
データ登録者 | Contesto-Richefeu, C. / Tarbouriech, N. / Brazzolotto, X. / Burmeister, W.P. / Peyrefitte, C.N. / Iseni, F. | |||||||||
資金援助 | フランス, 2件
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引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2016 タイトル: Structural analysis of point mutations at the Vaccinia virus A20/D4 interface. 著者: Contesto-Richefeu, C. / Tarbouriech, N. / Brazzolotto, X. / Burmeister, W.P. / Peyrefitte, C.N. / Iseni, F. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5jks.cif.gz | 121.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5jks.ent.gz | 94.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5jks.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jk/5jks ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jk/5jks | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26643.371 Da / 分子数: 2 / 変異: R167A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Vaccinia virus (strain Copenhagen) (ワクシニアウイルス) 株: Copenhagen / 遺伝子: UNG, D4R / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P20536, uracil-DNA glycosylase #2: タンパク質 | 分子量: 5807.586 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: FRAGMENT: N-TERMINAL RESIDUES 1-50 由来: (組換発現) Vaccinia virus (strain Copenhagen) (ワクシニアウイルス) 株: Copenhagen / 遺伝子: A20R / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P20995 #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.09 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 / 詳細: 0.1M bicine pH 7.8, 1.6M ammonium sulphate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 107 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.978 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.978 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.79→28.84 Å / Num. obs: 18696 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 9.7 % / Net I/σ(I): 15.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.79→2.95 Å / 冗長度: 9.9 % / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 97.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4ODA 解像度: 2.79→28.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 12.655 / SU ML: 0.242 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 2.261 / ESU R Free: 0.33 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 58.262 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.79→28.84 Å
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拘束条件 |
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