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- PDB-5jca: NADP(H) bound NADH-dependent Ferredoxin:NADP Oxidoreductase (NfnI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jca
タイトルNADP(H) bound NADH-dependent Ferredoxin:NADP Oxidoreductase (NfnI) from Pyrococcus furiosus
要素(NADH-dependent Ferredoxin:NADP Oxidoreductase (NfnI) subunit ...) x 2
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / NfnI / Pyrococcus furiosus (ピュロコックス・フリオスス) / NADP(H) bound NfnI
機能・相同性
機能・相同性情報


sulfide dehydrogenase / フェレドキシン-NADP+レダクターゼ / ferredoxin-NADP+ reductase activity / pyrimidine nucleotide biosynthetic process / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / flavin adenine dinucleotide binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Glutamate synthase (NADPH), homotetrameric / Cytochrome-c3 hydrogenase, gamma subunit / Dihydroorotate dehydrogenase, electron transfer subunit, iron-sulphur cluster binding domain / Iron-sulfur cluster binding domain of dihydroorotate dehydrogenase B / Dihydroprymidine dehydrogenase domain II / Dihydroprymidine dehydrogenase domain II, 4Fe-4S cluster / Alpha-helical ferredoxin / FAD/NAD(P)-binding domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type ...Glutamate synthase (NADPH), homotetrameric / Cytochrome-c3 hydrogenase, gamma subunit / Dihydroorotate dehydrogenase, electron transfer subunit, iron-sulphur cluster binding domain / Iron-sulfur cluster binding domain of dihydroorotate dehydrogenase B / Dihydroprymidine dehydrogenase domain II / Dihydroprymidine dehydrogenase domain II, 4Fe-4S cluster / Alpha-helical ferredoxin / FAD/NAD(P)-binding domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain / Ferredoxin reductase-type FAD binding domain profile. / Riboflavin synthase-like beta-barrel / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
フラビンアデニンジヌクレオチド / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / Chem-NDP / 鉄・硫黄クラスター / Sulfide dehydrogenase subunit beta / Sulfide dehydrogenase subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus furiosus (ピュロコックス・フリオスス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Zadvornyy, O.A. / Schut, G.J. / Nguyen, D.M. / Artz, J.H. / Tokmina-Lukaszewska, M. / Lipscomb, G. / Adams, M.W. / Peters, J.W.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Department of Energy (DOE, United States)DE-SC0012518 米国
引用ジャーナル: Nat. Chem. Biol. / 年: 2017
タイトル: Mechanistic insights into energy conservation by flavin-based electron bifurcation.
著者: Lubner, C.E. / Jennings, D.P. / Mulder, D.W. / Schut, G.J. / Zadvornyy, O.A. / Hoben, J.P. / Tokmina-Lukaszewska, M. / Berry, L. / Nguyen, D.M. / Lipscomb, G.L. / Bothner, B. / Jones, A.K. / ...著者: Lubner, C.E. / Jennings, D.P. / Mulder, D.W. / Schut, G.J. / Zadvornyy, O.A. / Hoben, J.P. / Tokmina-Lukaszewska, M. / Berry, L. / Nguyen, D.M. / Lipscomb, G.L. / Bothner, B. / Jones, A.K. / Miller, A.F. / King, P.W. / Adams, M.W.W. / Peters, J.W.
履歴
登録2016年4月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年4月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年4月26日Group: Database references
改定 1.22017年5月31日Group: Database references
改定 1.32022年3月16日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support ...database_2 / pdbx_audit_support / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: NADH-dependent Ferredoxin:NADP Oxidoreductase (NfnI) subunit alpha
S: NADH-dependent Ferredoxin:NADP Oxidoreductase (NfnI) subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,66610
ポリマ－84,3542
非ポリマー3,3128
水18,7541041
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9300 Å2
ΔGint-103 kcal/mol
Surface area29090 Å2
手法PISA
2
L: NADH-dependent Ferredoxin:NADP Oxidoreductase (NfnI) subunit alpha
S: NADH-dependent Ferredoxin:NADP Oxidoreductase (NfnI) subunit beta
ヘテロ分子

L: NADH-dependent Ferredoxin:NADP Oxidoreductase (NfnI) subunit alpha
S: NADH-dependent Ferredoxin:NADP Oxidoreductase (NfnI) subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)175,33220
ポリマ－168,7084
非ポリマー6,62416
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_554-x,-x+y,-z-1/31
Buried area21050 Å2
ΔGint-220 kcal/mol
Surface area55730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)179.681, 179.681, 80.672
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

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NADH-dependent Ferredoxin:NADP Oxidoreductase (NfnI) subunit ... , 2種, 2分子 LS

#1: タンパク質 NADH-dependent Ferredoxin:NADP Oxidoreductase (NfnI) subunit alpha / SuDH / Ferredoxin:NADP oxidoreductase / FNOR


分子量: 52802.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pyrococcus furiosus (ピュロコックス・フリオスス)
参照: UniProt: Q8U195, EC: 1.6.1.4
#2: タンパク質 NADH-dependent Ferredoxin:NADP Oxidoreductase (NfnI) subunit beta / SuDH / Ferredoxin:NADP oxidoreductase / FNOR


分子量: 31550.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pyrococcus furiosus (ピュロコックス・フリオスス)
参照: UniProt: Q8U194, EC: 1.6.1.4

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非ポリマー , 7種, 1049分子

#3: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター


分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#4: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD / フラビンアデニンジヌクレオチド


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#5: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリン酸


分子量: 745.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター


分子量: 175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#8: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#9: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1041 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.92 % / 解説: rod shape crystals
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1 M HEPES, 2.5 M Ammonium formate, 20% Glycerol / PH範囲: 6.8-7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.88 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.88 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→47.52 Å / Num. obs: 237751 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.1 % / Biso Wilson estimate: 12.66 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 30.4
反射 シェル解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.557 / Mean I/σ(I) obs: 2.71 / % possible all: 98.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2313: ???)精密化
HKL-2000v712データ削減
SCALAv712データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.5→47.525 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 13.52 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1528 11765 5.01 %
Rwork0.1386 --
obs0.1393 234804 98.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→47.525 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5850 0 181 1043 7074
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0146160
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6558356
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.7062353
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.098926
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081048
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4998-1.51680.23473240.21265902X-RAY DIFFRACTION79
1.5168-1.53470.21453380.19726752X-RAY DIFFRACTION91
1.5347-1.55340.19963620.18777258X-RAY DIFFRACTION97
1.5534-1.5730.18963760.17937385X-RAY DIFFRACTION99
1.573-1.59370.18213840.16917496X-RAY DIFFRACTION100
1.5937-1.61560.17493810.16427551X-RAY DIFFRACTION100
1.6156-1.63870.18554000.16567421X-RAY DIFFRACTION100
1.6387-1.66310.18483940.15547532X-RAY DIFFRACTION100
1.6631-1.68910.1573890.14857475X-RAY DIFFRACTION100
1.6891-1.71680.18013870.14877511X-RAY DIFFRACTION100
1.7168-1.74640.15354650.14347437X-RAY DIFFRACTION100
1.7464-1.77820.15454570.14357430X-RAY DIFFRACTION100
1.7782-1.81240.14563480.13727523X-RAY DIFFRACTION100
1.8124-1.84940.15233830.13877490X-RAY DIFFRACTION100
1.8494-1.88960.15723940.13597523X-RAY DIFFRACTION100
1.8896-1.93350.15014370.1367495X-RAY DIFFRACTION100
1.9335-1.98190.15093840.1327507X-RAY DIFFRACTION100
1.9819-2.03550.15823770.1337515X-RAY DIFFRACTION100
2.0355-2.09540.14594450.13237461X-RAY DIFFRACTION100
2.0954-2.1630.14253850.12657544X-RAY DIFFRACTION100
2.163-2.24030.14743910.12797542X-RAY DIFFRACTION100
2.2403-2.330.14374550.12397426X-RAY DIFFRACTION100
2.33-2.4360.14253500.12857634X-RAY DIFFRACTION100
2.436-2.56450.1424290.13047460X-RAY DIFFRACTION100
2.5645-2.72510.15223650.13597584X-RAY DIFFRACTION100
2.7251-2.93550.15193320.13997608X-RAY DIFFRACTION100
2.9355-3.23090.1624330.14667573X-RAY DIFFRACTION100
3.2309-3.69820.14454160.13267560X-RAY DIFFRACTION100
3.6982-4.65870.12483640.11817662X-RAY DIFFRACTION100
4.6587-47.54880.15444200.14537782X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -60.439 Å / Origin y: 64.9523 Å / Origin z: 9.7878 Å
111213212223313233
T0.0716 Å2-0.019 Å2-0.0169 Å2-0.1117 Å20.0081 Å2--0.0687 Å2
L0.4299 °20.4087 °2-0.1452 °2-0.883 °2-0.228 °2--0.4274 °2
S0.0035 Å °-0.0244 Å °-0.0631 Å °-0.0404 Å °-0.0301 Å °-0.0409 Å °0.0299 Å °0.081 Å °0.0126 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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