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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5j9p | ||||||
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タイトル | KcsA in vitro | ||||||
要素 |
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キーワード | METAL TRANSPORT / Membrane Protein (膜タンパク質) / Ion Channel (イオンチャネル) / In vitro (In vitro) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 delayed rectifier potassium channel activity / voltage-gated potassium channel complex / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) Streptomyces lividans (スナパリシン) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å | ||||||
データ登録者 | Matulef, K. / Valiyaveetil, F.I. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2016 タイトル: Combining in Vitro Folding with Cell Free Protein Synthesis for Membrane Protein Expression. 著者: Focke, P.J. / Hein, C. / Hoffmann, B. / Matulef, K. / Bernhard, F. / Dotsch, V. / Valiyaveetil, F.I. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5j9p.cif.gz | 110.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5j9p.ent.gz | 88.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5j9p.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j9/5j9p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j9/5j9p | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 23411.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): Hybridoma Cells / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) | ||
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#2: 抗体 | 分子量: 23435.738 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): Hybridoma Cells / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) | ||
#3: タンパク質 | 分子量: 10092.809 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 22-117 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Streptomyces lividans (スナパリシン) / 参照: UniProt: P0A334 | ||
#4: 化合物 | ChemComp-K / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.1 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG400 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2014年2月9日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.85→50.962 Å / Num. all: 21104 / Num. obs: 21104 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 56.24 Å2 / Rpim(I) all: 0.073 / Rrim(I) all: 0.202 / Rsym value: 0.188 / Net I/av σ(I): 3.717 / Net I/σ(I): 11.7 / Num. measured all: 160009 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.85→42.638 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 29.18 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 140.23 Å2 / Biso mean: 64.2734 Å2 / Biso min: 16.17 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.85→42.638 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14
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