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- PDB-5iq7: Crystal structure of 10E8-S74W Fab in complex with an HIV-1 gp41 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5iq7
タイトルCrystal structure of 10E8-S74W Fab in complex with an HIV-1 gp41 peptide.
要素
  • 10E8-S74W Heavy Chain
  • 10E8-S74W Light Chain
  • gp41 MPER peptide
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / Immunoglobulin (抗体) / MPER / Antibody (抗体)
機能・相同性
機能・相同性情報


: / IgD immunoglobulin complex / IgM immunoglobulin complex / IgA immunoglobulin complex / IgE immunoglobulin complex / positive regulation of B cell activation / phagocytosis, recognition / CD22 mediated BCR regulation / 補体依存性細胞傷害 / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling ...: / IgD immunoglobulin complex / IgM immunoglobulin complex / IgA immunoglobulin complex / IgE immunoglobulin complex / positive regulation of B cell activation / phagocytosis, recognition / CD22 mediated BCR regulation / 補体依存性細胞傷害 / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / 抗体依存性細胞傷害 / Fc-gamma receptor I complex binding / Classical antibody-mediated complement activation / phagocytosis, engulfment / IgG immunoglobulin complex / Initial triggering of complement / FCGR activation / Role of phospholipids in phagocytosis / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / immunoglobulin complex, circulating / Scavenging of heme from plasma / immunoglobulin receptor binding / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / FCERI mediated Ca+2 mobilization / complement activation, classical pathway / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / host cell endosome membrane / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / antigen binding / Regulation of Complement cascade / Cell surface interactions at the vascular wall / FCERI mediated MAPK activation / FCGR3A-mediated phagocytosis / B cell receptor signaling pathway / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / FCERI mediated NF-kB activation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / antibacterial humoral response / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / 獲得免疫系 / blood microparticle / viral protein processing / defense response to bacterium / fusion of virus membrane with host plasma membrane / external side of plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / 自然免疫系 / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Gp120 (HIV) / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set ...Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Gp120 (HIV) / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / 抗体 / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin heavy constant gamma 1 / Immunoglobulin lambda constant 2 / Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2869 Å
データ登録者Ofek, G. / Kwon, Y.D. / Caruso, W. / Kwong, P.D.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
Bill & Melinda Gates Foundation 米国
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2016
タイトル: Optimization of the Solubility of HIV-1-Neutralizing Antibody 10E8 through Somatic Variation and Structure-Based Design.
著者: Kwon, Y.D. / Georgiev, I.S. / Ofek, G. / Zhang, B. / Asokan, M. / Bailer, R.T. / Bao, A. / Caruso, W. / Chen, X. / Choe, M. / Druz, A. / Ko, S.Y. / Louder, M.K. / McKee, K. / O'Dell, S. / ...著者: Kwon, Y.D. / Georgiev, I.S. / Ofek, G. / Zhang, B. / Asokan, M. / Bailer, R.T. / Bao, A. / Caruso, W. / Chen, X. / Choe, M. / Druz, A. / Ko, S.Y. / Louder, M.K. / McKee, K. / O'Dell, S. / Pegu, A. / Rudicell, R.S. / Shi, W. / Wang, K. / Yang, Y. / Alger, M. / Bender, M.F. / Carlton, K. / Cooper, J.W. / Blinn, J. / Eudailey, J. / Lloyd, K. / Parks, R. / Alam, S.M. / Haynes, B.F. / Padte, N.N. / Yu, J. / Ho, D.D. / Huang, J. / Connors, M. / Schwartz, R.M. / Mascola, J.R. / Kwong, P.D.
履歴
登録2016年3月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年4月27日Group: Source and taxonomy
改定 1.22016年6月22日Group: Database references
改定 1.32017年9月6日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42022年3月23日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: 10E8-S74W Heavy Chain
L: 10E8-S74W Light Chain
P: gp41 MPER peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,5123
ポリマ－52,5123
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4900 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area23410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)135.762, 189.257, 71.717
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: 抗体 10E8-S74W Heavy Chain


分子量: 25171.182 Da / 分子数: 1 / 変異: S74W,S74W / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Fragment antigen-binding / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pVRC8400 / 遺伝子: IGHG1 / 細胞株 (発現宿主): Expi 293S / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01857
#2: 抗体 10E8-S74W Light Chain


分子量: 22712.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Fragment antigen-binding / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pVRC8400 / 遺伝子: IGLC2 / 細胞株 (発現宿主): Expi 293S / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0CG05
#3: タンパク質・ペプチド gp41 MPER peptide


分子量: 4628.267 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
参照: UniProt: V9QIE5

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.57 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 40% PEG400, 0.1M NaCitrate, 0.1M Tris-HCl, 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月1日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.27→50 Å / Num. obs: 14165 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 8.8 % / Biso Wilson estimate: 114.84 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Net I/av σ(I): 19.672 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
3.27-3.344.80.627185.1
3.34-3.415.50.545192.9
3.41-3.496.40.578198.5
3.49-3.587.50.481199.6
3.58-3.678.60.4611100
3.67-3.789.60.4511100
3.78-3.910.10.3581100
3.9-4.0410.20.2751100
4.04-4.210.10.211100
4.2-4.39100.1561100
4.39-4.639.90.1361100
4.63-4.929.80.1241100
4.92-5.39.80.1071100
5.3-5.83100.0991100
5.83-6.679.80.0851100
6.67-8.49.20.0631100
8.4-507.10.046198.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
Cootモデル構築
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4G6F

4g6f


解像度: 3.2869→37.512 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.44
Rfactor反射数%反射
Rfree0.282 711 5.03 %
Rwork0.2303 --
obs0.2328 14140 97.64 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 294.53 Å2 / Biso mean: 145.5905 Å2 / Biso min: 26.12 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.2869→37.512 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3640 0 0 0 3640
残基数----474
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0053744
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6855104
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043552
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005651
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.792198
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.2869-3.54060.38831340.33042409254389
3.5406-3.89650.36571460.28862692283899
3.8965-4.45960.26561510.228827022853100
4.4596-5.61560.21511260.214827662892100
5.6156-37.51470.29081540.210928603014100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.5725-2.78870.60676.37733.68728.82210.5868-0.5184-1.02390.5696-0.32030.5465-0.1716-2.1243-0.35961.2091-0.05030.21391.21420.18621.320550.171512.814893.3882
26.10432.25295.19946.9986-3.25669.0912-0.3694-0.10020.1537-0.02590.43-0.3779-0.7297-0.6034-0.0521.0013-0.04450.03470.9129-0.07850.753755.30813.992783.1037
37.074-5.6778-2.97994.57632.5672.33362.2931-1.0482-0.6167-0.9784-1.4199-0.2203-0.8584-2.8893-1.67831.03120.0227-0.02891.3616-0.29341.182168.24116.838283.36
40.3897-0.12550.0264.0496-2.53231.80640.807-0.07031.276-0.0827-0.4824-1.5362-1.55810.86240.19481.6859-0.248-0.05271.304-0.03831.195763.297722.479487.4591
59.02634.23720.69832.168-0.7947.72940.1322-1.0677-0.61040.5446-0.4561-0.33661.5848-0.60.70281.24360.0595-0.06651.15210.05991.203659.12098.857992.6831
63.285-3.4174-1.88867.03550.79736.20440.0867-0.12170.4769-0.84520.5835-1.3027-0.74480.5140.07670.72850.0173-0.00651.03010.03330.81354.005719.165286.5115
76.66016.43847.57759.47469.47762.0091-0.29164.09470.9198-4.23512.1226-2.6069-5.16772.9594-1.72531.83640.23170.15141.2362-0.06210.933467.224412.546563.407
87.2646-3.1063-3.4575.83663.84479.7023-0.9988-0.7311-1.4049-0.121-0.3031-0.57741.36791.61931.32321.16270.10850.09371.0630.02081.238154.516911.041675.2815
95.52330.3787-2.77874.6103-5.87088.85290.67520.0254-0.54270.9844-0.46030.36-0.0464-2.54130.18840.88890.253-0.15391.5427-0.04251.346545.264819.186191.8837
103.3758-0.13173.88093.6289-3.47347.47430.44-1.1912-0.20761.1140.9051-0.9151-1.8443-1.3064-0.89031.29230.6965-0.01011.839-0.09171.144437.262243.537197.442
114.36741.4427-4.0925.71051.54655.4567-3.62393.49010.5195-5.06123.8141-0.64560.7931-4.28880.2092.6139-0.4563-0.0132.73670.3341.797830.030457.371576.6523
123.0442-1.81474.19817.5579-0.41696.9980.37170.16970.1967-1.0531-0.3710.28921.1472-1.7024-0.27351.8830.51440.05792.19550.03371.000229.480843.233291.385
135.0496-3.98466.70557.8352-6.66839.2717-0.35411.412-1.9266-0.56810.63380.31770.40440.42550.18221.73070.3520.22571.8297-0.12511.082932.480139.449588.0174
144.51260.4452-0.74814.128-4.69175.41161.51561.96851.3635-2.74-1.70020.40620.9812-0.66830.05911.42840.6896-0.22252.52770.1551.096724.192351.122682.2853
156.9778-1.3693-0.23860.98770.57822.73420.29070.252-0.39370.59960.56571.5994-0.9696-1.5663-0.66861.50930.55560.0541.8079-0.06141.073625.564649.065894.6561
168.6636-2.2798-2.05958.6278-4.81466.11830.20641.5729-0.3744-0.8954-0.22780.08280.5311-0.81740.02641.12570.0959-0.05770.9726-0.15780.667748.29721.685667.8656
177.8995-0.95840.26363.0488-2.8293.2992-0.21171.5435-0.2423-0.85580.2090.09180.158-0.1466-0.02481.5632-0.041-0.05861.7533-0.2521.098348.008416.586465.323
183.8368-0.67610.31090.6916-1.21090.54820.0851-0.1598-0.9721-0.0680.43040.34480.3583-0.7619-0.27091.17890.082-0.21511.7738-0.18231.159942.004530.432871.7695
192.7562.88820.43428.25981.0755.19180.6466-0.0875-0.02860.617-0.20510.0903-0.2976-0.4005-0.44371.27850.37330.00141.70680.05630.878341.339545.982978.9908
208.60894.20518.88998.90012.66039.49611.57831.2145-1.56910.1087-0.4124-0.22212.31811.6003-1.36691.5925-0.03790.26181.3045-0.05051.564584.29031.664278.0865
215.414-1.70962.37842.6723-4.24076.73470.3815-0.6536-0.95030.9588-1.24891.0464-2.84610.14561.69251.85680.39020.21930.8703-0.0321.3173.687910.491167.5572
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'H' and (resid 1 through 25 )H1 - 25
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'H' and (resid 26 through 51 )H26 - 51
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'H' and (resid 52 through 56 )H52 - 56
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'H' and (resid 57 through 66 )H57 - 66
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'H' and (resid 67 through 82 )H67 - 82
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'H' and (resid 82A through 98 )H82 - 98
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'H' and (resid 99 through 100H)H99 - 100
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'H' and (resid 100I through 103 )H100 - 103
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'H' and (resid 104 through 112 )H104 - 112
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'H' and (resid 113 through 124 )H113 - 124
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'H' and (resid 125 through 134 )H125 - 134
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'H' and (resid 135 through 157 )H135 - 157
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'H' and (resid 158 through 177 )H158 - 177
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'H' and (resid 178 through 189 )H178 - 189
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'H' and (resid 190 through 214 )H190 - 214
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'L' and (resid 2 through 48 )L2 - 48
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'L' and (resid 49 through 94 )L49 - 94
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'L' and (resid 95 through 119 )L95 - 119
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'L' and (resid 120 through 211 )L120 - 211
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'P' and (resid 656 through 670 )P656 - 670
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'P' and (resid 671 through 685 )P671 - 685

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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