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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5k50 | ||||||
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タイトル | Three-dimensional structure of L-threonine 3-dehydrogenase from Trypanosoma brucei bound to NAD+ and L-allo-threonine refined to 2.23 angstroms | ||||||
要素 | L-threonine 3-dehydrogenaseL-トレオニン-3-デヒドロゲナーゼ | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Short-chain dehydrogenase / threonine (トレオニン) / holo / ligand-bound | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 L-トレオニン-3-デヒドロゲナーゼ / L-threonine 3-dehydrogenase activity / threonine catabolic process / nucleotide binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.26 Å | ||||||
データ登録者 | Adjogatse, E.A. / Erskine, P.T. / Cooper, J.B. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2018 タイトル: Structure and function of L-threonine-3-dehydrogenase from the parasitic protozoan Trypanosoma brucei revealed by X-ray crystallography and geometric simulations. 著者: Adjogatse, E. / Erskine, P. / Wells, S.A. / Kelly, J.M. / Wilden, J.D. / Chan, A.W.E. / Selwood, D. / Coker, A. / Wood, S. / Cooper, J.B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5k50.cif.gz | 388.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5k50.ent.gz | 320 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5k50.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k5/5k50 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k5/5k50 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 6分子 ACEGIJ
#1: タンパク質 | 分子量: 35577.965 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q7YW97, L-トレオニン-3-デヒドロゲナーゼ |
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-非ポリマー , 5種, 460分子
#2: 化合物 | ChemComp-NAD / #3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 化合物 | ChemComp-ACT / #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.98 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 0.1M tri-sodium citrate, 30% w/v PEG 4K, 0.2M ammonium acetate, NAD+ (10mM), L-allo-threonine (30mM) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å | |||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月6日 | |||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.92 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.26→31.09 Å / Num. obs: 154520 / % possible obs: 90.4 % / 冗長度: 1.9 % / CC1/2: 0.862 / Rmerge(I) obs: 0.151 / Net I/σ(I): 5.6 | |||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.26→31.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.895 / SU B: 8.565 / SU ML: 0.209 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.357 / ESU R Free: 0.269
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 100.74 Å2 / Biso mean: 33.758 Å2 / Biso min: 9.47 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.26→31.09 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.26→2.318 Å / Total num. of bins used: 20
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