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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5igh | ||||||
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Title | Macrolide 2'-phosphotransferase type I | ||||||
![]() | Macrolide 2'-phosphotransferase | ||||||
![]() | ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | Aminoglycoside phosphotransferase / Phosphotransferase enzyme family / ![]() ![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Berghuis, A.M. / Fong, D.H. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structural Basis for Kinase-Mediated Macrolide Antibiotic Resistance. Authors: Fong, D.H. / Burk, D.L. / Blanchet, J. / Yan, A.Y. / Berghuis, A.M. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 201.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 176.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 5igiC ![]() 5igjC ![]() 5igpC ![]() 5igrC ![]() 5igsC ![]() 5igtC ![]() 5iguC ![]() 5igvC ![]() 5igwC ![]() 5igyC ![]() 5igzC ![]() 5ih0C ![]() 5ih1C ![]() 5iwuC C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 33641.988 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() Gene: mphA, mph(A), mph2, AM267_25240, AM268_24740, AN205_25580, AN669_16770, ASU34_20250, AZ95_0038, ECONIH1_26770, ERS085366_04054, ERS085367_04848, ERS139269_04809, ERS150873_04753, ETN48_p0083, ...Gene: mphA, mph(A), mph2, AM267_25240, AM268_24740, AN205_25580, AN669_16770, ASU34_20250, AZ95_0038, ECONIH1_26770, ERS085366_04054, ERS085367_04848, ERS139269_04809, ERS150873_04753, ETN48_p0083, orf00017, pCTXM123_C0996_11, pKC394-009, SK74_04859, SK86_03516, UN86_19875 Production host: ![]() ![]() ![]() | ||
---|---|---|---|
#2: Chemical | ![]() #3: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.96 Å3/Da / Density % sol: 58.46 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion / pH: 9 Details: 0.1 M bicine, 2.2 M ammonium sulfate, 5% glycerol, 3% PEG 400 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: RAYONIX MX-225 / Detector: CCD / Date: Jun 29, 2009 |
Radiation | Monochromator: DCM / Protocol: MAD / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 1.55→19.79 Å / Num. obs: 55320 / % possible obs: 94.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 23.46 |
Reflection shell | Resolution: 1.55→1.59 Å / Rmerge(I) obs: 0.468 / Mean I/σ(I) obs: 2.73 / % possible all: 69.1 |
-Phasing
Phasing![]() | Method: ![]() |
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 28.71 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.55→19.79 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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