+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5igu | ||||||
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Title | Macrolide 2'-phosphotransferase type II | ||||||
Components | Macrolide 2'-phosphotransferase II | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / macrolide phosphotransferase / kinase | ||||||
Function / homology | Aminoglycoside phosphotransferase / Phosphotransferase enzyme family / transferase activity / Protein kinase-like domain superfamily / metal ion binding / Macrolide 2'-phosphotransferase II Function and homology information | ||||||
Biological species | Escherichia coli (E. coli) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MAD / Resolution: 2.1 Å | ||||||
Authors | Berghuis, A.M. / Fong, D.H. | ||||||
Funding support | Canada, 1items
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Citation | Journal: Structure / Year: 2017 Title: Structural Basis for Kinase-Mediated Macrolide Antibiotic Resistance. Authors: Fong, D.H. / Burk, D.L. / Blanchet, J. / Yan, A.Y. / Berghuis, A.M. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5igu.cif.gz | 117.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5igu.ent.gz | 96.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5igu.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ig/5igu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ig/5igu | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5ighC 5igiC 5igjC 5igpC 5igrC 5igsC 5igtC 5igvC 5igwC 5igyC 5igzC 5ih0C 5ih1C 5iwuC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 34949.262 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (E. coli) / Strain: BM2506 / Gene: mphB, pO103_99 / Plasmid: pET28a / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: O32553 |
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#2: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.56 Å3/Da / Density % sol: 52 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion / pH: 6.5 Details: 0.15 M calcium acetate, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 16% PEG 8000 and 20% glycerol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: CLSI / Beamline: 08ID-1 / Wavelength: 0.9793 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX-225 / Detector: CCD / Date: Jun 29, 2009 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: DCM / Protocol: MAD / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9793 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.1→19.897 Å / Num. obs: 18990 / % possible obs: 87.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.035 / Net I/σ(I): 21.84 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MAD / Resolution: 2.1→19.897 Å / SU ML: 0.2 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 2 / Phase error: 23.86
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 132.29 Å2 / Biso mean: 41.28 Å2 / Biso min: 15.65 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.1→19.897 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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