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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5i1a | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN GERMLINE ANTIBODY IGHV3-23/IGKV3-11 | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM (免疫系) / MONOCLONAL ANTIBODY (モノクローナル抗体) | ||||||
機能・相同性 | 抗体 / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta / 酢酸塩 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Teplyakov, A. / Obmolova, G. / Malia, T. / Luo, J. / Gilliland, G. | ||||||
引用 | ジャーナル: Mabs / 年: 2016 タイトル: Structural diversity in a human antibody germline library. 著者: Teplyakov, A. / Obmolova, G. / Malia, T.J. / Luo, J. / Muzammil, S. / Sweet, R. / Almagro, J.C. / Gilliland, G.L. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2014 タイトル: Protein crystallization with microseed matrix screening: application to human germline antibody Fabs. 著者: Obmolova, G. / Malia, T.J. / Teplyakov, A. / Sweet, R.W. / Gilliland, G.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5i1a.cif.gz | 185.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5i1a.ent.gz | 145.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5i1a.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i1/5i1a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i1/5i1a | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 5i15C 5i16C 5i17C 5i18C 5i19C 5i1cSC 5i1dC 5i1eC 5i1gC 5i1hC 5i1iC 5i1jC 5i1kC 5i1lC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
-抗体 , 2種, 4分子 LAHB
#1: 抗体 | 分子量: 23421.984 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #2: 抗体 | 分子量: 24154.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
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-非ポリマー , 4種, 422分子
#3: 化合物 | ChemComp-ACT / | ||||
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#4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 2 M AMMONIUM SULFATE, 5% PEG 400, 0.1 M NA ACETATE PH 4.5 PH範囲: 4.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月11日 / 詳細: VARIMAX HF |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→30 Å / Num. obs: 58989 / % possible obs: 80.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 27 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 20.4 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.06 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.204 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / % possible all: 54.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5I1C 解像度: 2→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.925 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.895 / SU B: 4.101 / SU ML: 0.117 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.2 / ESU R Free: 0.179
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 36.7 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→15 Å
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拘束条件 |
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