[日本語] English
万見
- PDB-5hyu: Structure of human C4b-binding protein alpha chain CCP domains 1 ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hyu
タイトルStructure of human C4b-binding protein alpha chain CCP domains 1 and 2 in complex with the hypervariable region of group A Streptococcus M2 protein
要素
  • C4b-binding protein alpha chain
  • M protein, serotype 2.1
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / M protein / Complement / Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌) / hypervariable antigen
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of opsonization / response to symbiotic bacterium / negative regulation of complement activation, classical pathway / T cell mediated immunity / 食作用 / complement activation, classical pathway / Regulation of Complement cascade / positive regulation of protein catabolic process / blood microparticle / 自然免疫系 ...regulation of opsonization / response to symbiotic bacterium / negative regulation of complement activation, classical pathway / T cell mediated immunity / 食作用 / complement activation, classical pathway / Regulation of Complement cascade / positive regulation of protein catabolic process / blood microparticle / 自然免疫系 / extracellular space / RNA binding / extracellular region / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
C4b-binding protein alpha, oligomerization domain / Oligomerization domain of C4b-binding protein alpha / M protein repeat / M protein repeat / M protein-type anchor domain / Complement Module, domain 1 / Complement Module; domain 1 / YSIRK type signal peptide / Sushi repeat (SCR repeat) / Domain abundant in complement control proteins; SUSHI repeat; short complement-like repeat (SCR) ...C4b-binding protein alpha, oligomerization domain / Oligomerization domain of C4b-binding protein alpha / M protein repeat / M protein repeat / M protein-type anchor domain / Complement Module, domain 1 / Complement Module; domain 1 / YSIRK type signal peptide / Sushi repeat (SCR repeat) / Domain abundant in complement control proteins; SUSHI repeat; short complement-like repeat (SCR) / Sushi/SCR/CCP domain / Sushi/CCP/SCR domain profile. / Sushi/SCR/CCP superfamily / YSIRK Gram-positive signal peptide / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / リボン / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
C4b-binding protein alpha chain / M protein, serotype 2.1
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.561 Å
データ登録者Buffalo, C.Z. / Bahn-Suh, A.J. / Ghosh, P.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32 GM007240 米国
American Heart Association14PRE18320032 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI096837 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI077780 米国
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2016
タイトル: Conserved patterns hidden within group A Streptococcus M protein hypervariability recognize human C4b-binding protein.
著者: Buffalo, C.Z. / Bahn-Suh, A.J. / Hirakis, S.P. / Biswas, T. / Amaro, R.E. / Nizet, V. / Ghosh, P.
履歴
登録2016年2月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月26日Group: Database references
改定 1.22017年9月13日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: M protein, serotype 2.1
B: C4b-binding protein alpha chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,9232
ポリマ－26,9232
非ポリマー00
水1,36976
1
A: M protein, serotype 2.1
B: C4b-binding protein alpha chain

A: M protein, serotype 2.1
B: C4b-binding protein alpha chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,8464
ポリマ－53,8464
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
単位格子
Length a, b, c (Å)148.313, 148.313, 148.313
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number212
Space group name H-MP4332
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-252-

HOH

21B-256-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 M protein, serotype 2.1


分子量: 12759.146 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 42-142 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
遺伝子: emmL2.1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P50468
#2: タンパク質 C4b-binding protein alpha chain / C4bp / Proline-rich protein / PRP


分子量: 14163.894 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 49-172 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: C4BPA, C4BP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04003
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 5.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.64 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 / 詳細: 1.5 M Ammonium Sulfate, 0.1 M Bis-Tris Propane

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSSRL BL9-210.984
シンクロトロンAPS 19-ID20.979
検出器
タイプID検出器日付
MARMOSAIC 325 mm CCD1CCD2012年5月8日
ADSC QUANTUM 315r2CCD2013年10月30日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9841
20.9791
反射解像度: 2.56→50 Å / Num. obs: 18572 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 42.8 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.18 / Net I/σ(I): 67.6
反射 シェル解像度: 2.56→2.6 Å / 冗長度: 43.1 % / Rmerge(I) obs: 1 / Mean I/σ(I) obs: 4.17 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.561→35.971 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.02
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2229 1851 10 %
Rwork0.2076 --
obs0.2091 18514 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.561→35.971 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1259 0 0 76 1335
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091290
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3551736
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.027480
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055190
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005225
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5613-2.65280.27881810.26771627X-RAY DIFFRACTION100
2.6528-2.7590.26241800.25341621X-RAY DIFFRACTION100
2.759-2.88450.28291810.25311632X-RAY DIFFRACTION100
2.8845-3.03650.29451810.2641633X-RAY DIFFRACTION100
3.0365-3.22670.25721830.24931647X-RAY DIFFRACTION100
3.2267-3.47560.23221820.23881641X-RAY DIFFRACTION100
3.4756-3.8250.23921860.20991661X-RAY DIFFRACTION100
3.825-4.37770.19521850.16381675X-RAY DIFFRACTION100
4.3777-5.51220.17211900.17211711X-RAY DIFFRACTION100
5.5122-35.97470.21892020.20621815X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6784-0.3673-0.52631.34070.75940.4924-0.43441.04220.153-0.61030.13680.5680.35230.0076-0.15230.77160.13390.21520.64210.2650.574844.414546.520485.9737
20.46440.1646-0.47640.41460.17150.793-0.12210.46980.3252-0.2890.24820.00360.6958-0.24710.12320.5254-0.22920.10560.59720.19230.456833.546254.470364.0369
30.4181-0.410.17890.46710.08921.03960.01890.15510.23470.54290.2430.24390.0772-0.2965-0.00280.33620.02440.0530.69410.30780.665135.466371.24651.6208
41.228-1.0589-0.35610.95540.3580.99650.15110.07990.15630.03870.08380.03020.31190.2402-0.00010.48360.06580.07360.35870.03060.332758.450154.66772.2421
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 53 through 57 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 58 through 86 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 0 through 59 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 60 through 124 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る