PDB-5hs0: Computationally Designed Cyclic Tetramer ank1C4_7

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5hs0

タイトル

Computationally Designed Cyclic Tetramer ank1C4_7

要素

Ankyrin domain protein ank1C4_7

キーワード

DE NOVO PROTEIN (De novo) /

Protein Design (タンパク質設計) / Designed Oligomeric Interface

機能・相同性

Ankyrin repeat-containing domain / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat /

Αソレノイド / Mainly Alpha

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

McNamara, D.E. / Cascio, D. / Fallas, J.A. / Baker, D. / Yeates, T.O.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Chem / 年: 2017
タイトル: Computational design of self-assembling cyclic protein homo-oligomers.
著者: Fallas, J.A. / Ueda, G. / Sheffler, W. / Nguyen, V. / McNamara, D.E. / Sankaran, B. / Pereira, J.H. / Parmeggiani, F. / Brunette, T.J. / Cascio, D. / Yeates, T.R. / Zwart, P. / Baker, D.

履歴

登録	2016年1月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年4月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.3	2019年11月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5hs0.cif.gz	134 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5hs0.ent.gz	105.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5hs0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hs/5hs0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hs/5hs0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4gmrC 4gpmSC 4hb5C 4hxtC 5hryC 5hrzC 5k7vC 5kbaC 5kwdC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3uvt-d 3kd8-d 5zhu-d 1hfz-d 4u08-d 5vh4-d 2vj5-d 6g6c-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ankyrin domain protein ank1C4_7

B: Ankyrin domain protein ank1C4_7

ヘテロ分子

36.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ankyrin domain protein ank1C4_7

B: Ankyrin domain protein ank1C4_7

ヘテロ分子

A: Ankyrin domain protein ank1C4_7

B: Ankyrin domain protein ank1C4_7

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, light scattering, SAXS
73.5 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	110.450, 110.450, 182.810
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

詳細

Tetramer based on SEC-MALS and SAXS

#1: タンパク質	Ankyrin domain protein ank1C4_7 分子量: 17938.111 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pET21 NESG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 72.58 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 100 mM Sodium Acetate pH 4.6, 2.0 M AmSO4

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年4月5日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9791 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.4→84.75 Å / Num. obs: 26424 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.4 % / B_iso Wilson estimate: 54.07 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 17.6

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
2.4-2.47	10	0.677	3	1	100
2.46-2.53		0.562	4.17	1	100
2.53-2.6		0.433	5.36	1	99.8
2.6-2.68		0.342	6.62	1	100
2.68-2.77		0.305	7.29	1	99.5
2.77-2.87		0.252	9.02	1	100
2.87-2.98		0.205	11.18	1	100
2.98-3.1		0.16	13.79	1	100
3.1-3.24		0.134	15.96	1	100
3.24-3.39		0.106	19.37	1	99.8
3.39-3.58		0.081	25.07	1	100
3.58-3.79		0.071	28.04	1	100
3.79-4.06		0.066	29.66	1	99.6
4.06-4.38		0.06	29.87	1	99.5
4.38-4.8		0.055	32.78	1	99.8
4.8-5.37		0.055	33.23	1	100
5.37-6.2		0.054	31.05	1	99.9
6.2-7.59		0.047	33.25	1	99.5
7.59-10.73		0.038	36.16	1	99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Computational model based on 4GPM

4gpm

解像度: 2.4→84.75 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.92

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2084	2643	10 %	RANDOM
R_work	0.1796	23780	-	-
obs	0.1825	26423	99.81 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 143.94 Å² / B_iso mean: 66.5002 Å² / B_iso min: 37.45 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.4→84.75 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2379	0	48	19	2446
B_iso mean	-	-	93.11	54.46	-
残基数	-	-	-	-	318

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	2444
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.762	3304
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.022	387
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	435
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.964	899

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 19

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.4-2.4437	0.2654	134	0.2381	1207	1341	100
2.4437-2.4907	0.2429	136	0.2187	1224	1360	100
2.4907-2.5415	0.2496	137	0.2126	1230	1367	100
2.5415-2.5968	0.2477	135	0.1931	1216	1351	100
2.5968-2.6572	0.253	137	0.1955	1233	1370	100
2.6572-2.7236	0.2473	136	0.196	1221	1357	100
2.7236-2.7973	0.2794	135	0.2102	1220	1355	100
2.7973-2.8796	0.2703	138	0.2176	1234	1372	100
2.8796-2.9725	0.2695	139	0.2369	1252	1391	100
2.9725-3.0788	0.2487	138	0.218	1247	1385	100
3.0788-3.2021	0.2372	136	0.2297	1227	1363	100
3.2021-3.3478	0.3092	140	0.214	1260	1400	100
3.3478-3.5243	0.2177	138	0.1963	1236	1374	100
3.5243-3.7451	0.2101	140	0.1744	1258	1398	100
3.7451-4.0343	0.1806	139	0.1632	1255	1394	100
4.0343-4.4402	0.1857	141	0.1544	1269	1410	100
4.4402-5.0827	0.1693	143	0.1468	1284	1427	100
5.0827-6.4033	0.2056	145	0.1918	1311	1456	100
6.4033-84.8049	0.16	156	0.1467	1396	1552	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.0917	-0.4068	-2.6189	1.2914	0.6173	3.84	0.0242	0.2901	0.1685	-0.1075	0.0446	-0.1823	-0.1167	-0.3195	-0.0581	0.3639	-0.0393	0.0101	0.3833	0.001	0.4508	-15.2573	-34.808	3.1179
2	2.1956	-0.1296	-0.1616	4.0273	-0.4746	3.3211	0.068	0.4487	-0.1599	-0.5199	-0.0087	-0.0284	0.42	0.1595	-0.0379	0.4636	0.0503	-0.0719	0.5742	-0.1029	0.4796	-36.2487	-57.5875	-6.7746

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 160 )	A	1 - 160
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 1 through 158 )	B	1 - 158

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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