+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3uvt | ||||||
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Title | Crystal structure of the third catalytic domain of ERp46 | ||||||
Components | Thioredoxin domain-containing protein 5 | ||||||
Keywords | ISOMERASE / thioredoxin-like fold | ||||||
Function / homology | Function and homology information Oxidoreductases; Acting on a sulfur group of donors; With a disulfide as acceptor / protein disulfide-isomerase / Lysosome Vesicle Biogenesis / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / protein disulfide isomerase activity / protein-disulfide reductase activity / lysosomal lumen / azurophil granule lumen / protein folding / endoplasmic reticulum lumen ...Oxidoreductases; Acting on a sulfur group of donors; With a disulfide as acceptor / protein disulfide-isomerase / Lysosome Vesicle Biogenesis / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / protein disulfide isomerase activity / protein-disulfide reductase activity / lysosomal lumen / azurophil granule lumen / protein folding / endoplasmic reticulum lumen / Neutrophil degranulation / negative regulation of apoptotic process / endoplasmic reticulum / extracellular exosome / extracellular region Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2 Å | ||||||
Authors | Kozlov, G. / Gulerez, I.E. / Gehring, K. | ||||||
Citation | Journal: Acta Crystallogr.,Sect.F / Year: 2012 Title: Structure of the third catalytic domain of the protein disulfide isomerase ERp46. Authors: Gulerez, I.E. / Kozlov, G. / Rosenauer, A. / Gehring, K. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3uvt.cif.gz | 222.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3uvt.ent.gz | 180.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3uvt.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uv/3uvt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uv/3uvt | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3f8uS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 12193.891 Da / Num. of mol.: 5 / Fragment: catalytic domain 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: TXNDC5, TLP46, UNQ364/PRO700 / Plasmid: pGEX-6P-1 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 / References: UniProt: Q8NBS9, protein disulfide-isomerase #2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.35 Å3/Da / Density % sol: 47.76 % |
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Crystal grow | Temperature: 294 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.5 Details: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris (pH 5.5), 25% (w/v) PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: CHESS / Beamline: A1 / Wavelength: 0.977 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210 / Detector: CCD / Date: Mar 3, 2011 |
Radiation | Monochromator: Si 111 CHANNEL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.977 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2→68.12 Å / Num. all: 36285 / Num. obs: 36285 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Redundancy: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 21 |
Reflection shell | Resolution: 2→2.03 Å / Redundancy: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.394 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 3F8U Resolution: 2→68.12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 8.43 / SU ML: 0.123 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1 / ESU R: 0.205 / ESU R Free: 0.176 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 34.503 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→68.12 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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