PDB-5hk4: Structure function studies of R. palustris RubisCO (A47V-M331A mutant)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5hk4

タイトル

Structure function studies of R. palustris RubisCO (A47V-M331A mutant)

要素

Ribulose bisphosphate carboxylase

リブロース1,5-ビスリン酸カルボキシラーゼ/オキシゲナーゼ

キーワード

LYASE (リアーゼ) /

RubisCO (リブロース1,5-ビスリン酸カルボキシラーゼ/オキシゲナーゼ) /

hexamer (オリゴマー)

機能・相同性

機能・相同性情報

リブロース1,5-ビスリン酸カルボキシラーゼ/オキシゲナーゼ /

ribulose-bisphosphate carboxylase activity / reductive pentose-phosphate cycle /

monooxygenase activity / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Arbing, M.A. / Shin, A. / Cascio, D. / Satagopan, S. / North, J.A. / Tabita, F.R.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure function studies of R. palustris RubisCO.
著者: Arbing, M.A. / Satagopan, S. / Varaljay, V.A. / Tabita, F.R.

履歴

登録	2016年1月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年1月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2019年12月4日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.4	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5hk4.cif.gz	1.5 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5hk4.ent.gz	1.2 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5hk4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hk/5hk4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hk/5hk4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5haoC 5hatC 5hjxC 5hjyC 5hqmC 5kozC 4lf1S 5han 5hql C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5c2g-d 5koz-1 5han-2 5hjy-d 4lf2-d 5han-1 5hao-d 4lf1-d 5hql-d 5hat-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#11 - 2000年11月ルビスコ (Rubisco) 類似性 (13)

登録構造単位

A: Ribulose bisphosphate carboxylase

B: Ribulose bisphosphate carboxylase

C: Ribulose bisphosphate carboxylase

D: Ribulose bisphosphate carboxylase

E: Ribulose bisphosphate carboxylase

F: Ribulose bisphosphate carboxylase

ヘテロ分子

319 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.090, 100.410, 100.320
Angle α, β, γ (deg.)	113.06, 88.86, 108.01
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
4	1
5	1
6	1

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	CHAIN A
2	1	1	CHAIN B
3	1	1	CHAIN C
4	1	1	CHAIN D
5	1	1	CHAIN E
6	1	1	CHAIN F

#1: タンパク質	Ribulose bisphosphate carboxylase / リブロース1,5-ビスリン酸カルボキシラーゼ/オキシゲナーゼ / RuBisCO 分子量: 52725.277 Da / 分子数: 6 / 変異: A47V,M331A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌) プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q6N0W9, リブロース1,5-ビスリン酸カルボキシラーゼ/オキシゲナーゼ
#2: 糖	ChemComp-CAP / 2-CARBOXYARABINITOL-1,5-DIPHOSPHATE / 2-カルボキシ-D-アラビニト-ル1,5-ビスりん酸タイプ: saccharide炭水化物 / 分子量: 356.115 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₁₃P₂
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 961 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.4 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: Protein storage buffer: 20 mM Tris, pH 8.0, 300 mM NaCl, 10% Glycerol, 10 mM MgCl2, 20 mM NaHCO3. Protein concentration: 16 mg/ml. Reservoir solution: 20-24% PEG 3350, 200 mM sodium sulfate, ...詳細: Protein storage buffer: 20 mM Tris, pH 8.0, 300 mM NaCl, 10% Glycerol, 10 mM MgCl2, 20 mM NaHCO3. Protein concentration: 16 mg/ml. Reservoir solution: 20-24% PEG 3350, 200 mM sodium sulfate, 100 mM Bis-Tris Propane pH 7-8. PH範囲: 7.0-8.0

結晶

マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.4 %

結晶化

温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Protein storage buffer: 20 mM Tris, pH 8.0, 300 mM NaCl, 10% Glycerol, 10 mM MgCl2, 20 mM NaHCO3. Protein concentration: 16 mg/ml. Reservoir solution: 20-24% PEG 3350, 200 mM sodium sulfate, ...
PH範囲: 7.0-8.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9797 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年3月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9797 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→81.96 Å / Num. obs: 133906 / % possible obs: 95.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.3 % / B_iso Wilson estimate: 35.34 Å² / R_merge(I) obs: 0.115 / Net I/σ(I): 11.88
反射シェル	解像度: 2.15→2.21 Å / 冗長度: 1.75 % / R_merge(I) obs: 0.329 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 87.6

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4LF1

4lf1

解像度: 2.15→81.96 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.91 / 位相誤差: 27.49 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.255	13378	10 %	Random selection
R_work	0.225	-	-	-
obs	0.228	133810	95.3 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 50.51 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→81.96 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	21115	0	132	961	22208

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	21823
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.756	29511
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.818	7823
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.031	3071
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	3909

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ
1	1	A	16320	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	16320	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	3	C	16320	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	4	D	16320	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	5	E	16320	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	6	F	16320	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1499-2.1744	0.3162	414	0.2742	3727	X-RAY DIFFRACTION	87
2.1744-2.2	0.3183	400	0.2847	3598	X-RAY DIFFRACTION	87
2.2-2.2268	0.6136	425	0.5787	3835	X-RAY DIFFRACTION	90
2.2268-2.255	0.471	416	0.4544	3736	X-RAY DIFFRACTION	90
2.255-2.2847	0.4126	429	0.368	3864	X-RAY DIFFRACTION	91
2.2847-2.316	0.3074	433	0.2713	3902	X-RAY DIFFRACTION	92
2.316-2.349	0.2812	436	0.2392	3920	X-RAY DIFFRACTION	94
2.349-2.3841	0.2638	439	0.237	3953	X-RAY DIFFRACTION	93
2.3841-2.4214	0.2817	429	0.2316	3855	X-RAY DIFFRACTION	93
2.4214-2.4611	0.2743	435	0.2287	3919	X-RAY DIFFRACTION	92
2.4611-2.5035	0.2706	429	0.2396	3872	X-RAY DIFFRACTION	92
2.5035-2.549	0.2811	457	0.2387	4109	X-RAY DIFFRACTION	97
2.549-2.5981	0.2719	455	0.2495	4094	X-RAY DIFFRACTION	97
2.5981-2.6511	0.2953	459	0.2486	4133	X-RAY DIFFRACTION	97
2.6511-2.7087	0.2739	460	0.2433	4138	X-RAY DIFFRACTION	97
2.7087-2.7718	0.2806	453	0.2461	4073	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7718-2.8411	0.2845	455	0.2396	4099	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8411-2.9179	0.2882	456	0.2461	4104	X-RAY DIFFRACTION	97
2.9179-3.0038	0.2693	457	0.2427	4112	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0038-3.1007	0.2782	461	0.2321	4145	X-RAY DIFFRACTION	98
3.1007-3.2115	0.2593	455	0.2371	4099	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2115-3.3401	0.2487	464	0.2282	4176	X-RAY DIFFRACTION	98
3.3401-3.4922	0.2839	454	0.2279	4096	X-RAY DIFFRACTION	98
3.4922-3.6763	0.3338	459	0.3123	4128	X-RAY DIFFRACTION	98
3.6763-3.9066	0.3243	442	0.2688	3988	X-RAY DIFFRACTION	94
3.9066-4.2082	0.1979	455	0.1777	4095	X-RAY DIFFRACTION	97
4.2082-4.6317	0.1759	458	0.1502	4120	X-RAY DIFFRACTION	99
4.6317-5.3018	0.1596	466	0.1419	4199	X-RAY DIFFRACTION	99
5.3018-6.6792	0.1828	463	0.1653	4165	X-RAY DIFFRACTION	99
6.6792-82.0166	0.1769	464	0.158	4178	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9821	0.0023	-0.123	0.4471	0.1536	0.5443	-0.0099	-0.4018	-0.6927	0.1054	-0.0374	0.0218	0.2051	0.0218	0.0244	0.5032	0.0433	0.0023	0.2643	0.1538	0.4296	26.0491	-8.6035	15.7294
2	2.0874	0.0842	0.2956	0.6276	0.0159	0.8216	0.0104	-0.6219	-0.0623	0.1708	-0.0441	0.1261	0.0646	-0.0392	0.0249	0.448	0.0297	0.0472	0.3801	0.0202	0.1825	12.2631	13.9053	25.192
3	2.1895	-0.2543	-0.0816	0.7181	-0.0936	0.6508	0.0666	-0.409	0.7069	0.1393	-0.031	-0.059	-0.209	0.0443	-0.0134	0.4918	-0.0067	0.0144	0.2227	-0.1414	0.4323	27.8727	46.2582	10.8594
4	2.1055	-0.0396	0.0548	0.9069	0.135	0.5677	0.0173	0.4173	0.7244	-0.2153	-0.0277	-0.0156	-0.1697	0.0408	0.0349	0.5188	0.0604	0.019	0.2697	0.1771	0.4333	26.0502	46.4841	-17.0547
5	2.2912	0.0903	0.3168	0.9128	0.1689	0.8353	0.0093	0.8159	-0.0661	-0.2233	0.0191	-0.1449	0.0636	0.0918	-0.0254	0.4681	0.078	0.0499	0.5107	-0.0121	0.2018	41.4609	14.3671	-31.8622
6	2.1114	-0.2104	-0.1276	0.8398	-0.0185	0.7756	0.0275	0.594	-0.6535	-0.2088	-0.0444	0.033	0.2309	-0.0035	0.0129	0.5385	0.067	0.0012	0.3656	-0.1872	0.3828	27.616	-8.1674	-22.8686

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN C
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN D
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN E
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN F

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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