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- PDB-5hjh: Dps4 from Nostoc punctiforme in complex with Fe ions -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hjh
タイトルDps4 from Nostoc punctiforme in complex with Fe ions
要素Ferritin, Dps family proteinフェリチン
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / metal binding (金属) / ferredoxin (フェレドキシン) / oxidative stress (酸化ストレス)
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on metal ions / ferric iron binding
類似検索 - 分子機能
Dps protein family signature 2. / DNA-binding protein Dps, conserved site / DNA-binding protein Dps / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / フェリチン / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Ferritin, Dps family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Nostoc punctiforme (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.88 Å
データ登録者Howe, C. / Moparthi, V.K. / Persson, K. / Stensjo, K.
資金援助 スウェーデン, 1件
組織認可番号国
Swedish Energy Agency11674-5 スウェーデン
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Dps4 from Nostoc punctiforme in complex with Fe ions
著者: Howe, C. / Moparthi, V.K. / Persson, K. / Stensjo, K.
履歴
登録2016年1月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferritin, Dps family protein
B: Ferritin, Dps family protein
C: Ferritin, Dps family protein
D: Ferritin, Dps family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,25513
ポリマ－80,5704
非ポリマー6859
水6,756375
1
A: Ferritin, Dps family protein
B: Ferritin, Dps family protein
C: Ferritin, Dps family protein
D: Ferritin, Dps family protein
ヘテロ分子

A: Ferritin, Dps family protein
B: Ferritin, Dps family protein
C: Ferritin, Dps family protein
D: Ferritin, Dps family protein
ヘテロ分子

A: Ferritin, Dps family protein
B: Ferritin, Dps family protein
C: Ferritin, Dps family protein
D: Ferritin, Dps family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)243,76539
ポリマ－241,70912
非ポリマー2,05527
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_445-y-1,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_545-x+y,-x-1,z1
Buried area71180 Å2
ΔGint-618 kcal/mol
Surface area57030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.310, 100.310, 145.650
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-350-

HOH

21B-375-

HOH

31B-376-

HOH

41B-406-

HOH

51D-310-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Ferritin, Dps family protein / フェリチン / DNA binding protein from starved cells.


分子量: 20142.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nostoc punctiforme (バクテリア) / 株: 102 / 遺伝子: Npun_R5799 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: B2J981
#2: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION / 鉄


分子量: 55.845 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 375 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.15 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 25% SOKALAN HP 66, 0.1 M HEPES pH 7.0 and 0.2 M NaOAc

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9724 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9724 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.88→48.55 Å / Num. obs: 67029 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 32.18 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rpim(I) all: 0.035 / Net I/σ(I): 12.3 / Num. measured all: 288333 / Scaling rejects: 7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
1.88-1.954.40.9931.72859165120.6730.52999
7.28-48.553.90.06834.9453611700.9930.03798

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
Aimless0.5.2データスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5HJF

5hjf


解像度: 1.88→47.422 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.03 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1931 2004 2.99 %Random
Rwork0.1576 64989 --
obs0.1586 66993 99.47 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 102.19 Å2 / Biso mean: 40.5613 Å2 / Biso min: 23.14 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.88→47.422 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5665 0 23 375 6063
Biso mean--62.73 46.45 -
残基数----709
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0075796
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9557844
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.038861
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051030
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.8372087
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.88-1.9270.36861400.2839462899
1.927-1.97910.26841400.2618459199
1.9791-2.03740.29191440.2181462899
2.0374-2.10310.24041420.2005461799
2.1031-2.17830.23081420.1856463999
2.1783-2.26550.23411430.17454609100
2.2655-2.36860.23011430.16284614100
2.3686-2.49350.21571440.15884667100
2.4935-2.64970.22071390.16134651100
2.6497-2.85430.18621460.15744662100
2.8543-3.14150.20481450.15794642100
3.1415-3.59590.15811430.15254672100
3.5959-4.52990.1571500.12694680100
4.52990.17441430.1443468999
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.90070.19490.47930.70960.23121.5589-0.02520.08460.2325-0.0204-0.04450.0199-0.4443-0.00710.07480.45780.0344-0.07360.2390.03420.3854-2.7728-29.4344-12.775
21.45970.45730.68761.03590.45241.7984-0.0570.12610.2273-0.1454-0.0786-0.114-0.2530.24990.11270.3224-0.06710.01370.32480.08910.311515.4272-40.3922-20.9169
30.83480.333-0.2581.4725-0.6441.44-0.0679-0.03870.12850.0928-0.040.1451-0.311-0.43050.0880.32340.1428-0.00730.4256-0.09490.3999-24.51-40.35268.4914
40.93780.5456-0.18851.4459-0.32821.1786-0.0586-0.19010.12740.2585-0.00320.0604-0.2555-0.1050.05440.39880.056-0.01130.3604-0.10480.3027-9.3012-41.822425.1911
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 6:182)A6 - 182
2X-RAY DIFFRACTION2(chain B and resid 6:182)B6 - 182
3X-RAY DIFFRACTION3(chain C and resid 6:182)C6 - 182
4X-RAY DIFFRACTION4(chain D and resid 5:182)D5 - 182

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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