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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5h2m | ||||||
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タイトル | A three dimensional movie of structural changes in bacteriorhodopsin: structure obtained 13.8 us after photoexcitation | ||||||
![]() | Bacteriorhodopsin![]() | ||||||
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機能・相同性 | ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Royant, A. / Nango, E. / Nakane, T. / Tanaka, T. / Arima, T. / Neutze, R. / Iwata, S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: A three-dimensional movie of structural changes in bacteriorhodopsin 著者: Nango, E. / Royant, A. / Kubo, M. / Nakane, T. / Wickstrand, C. / Kimura, T. / Tanaka, T. / Tono, K. / Song, C. / Tanaka, R. / Arima, T. / Yamashita, A. / Kobayashi, J. / Hosaka, T. / ...著者: Nango, E. / Royant, A. / Kubo, M. / Nakane, T. / Wickstrand, C. / Kimura, T. / Tanaka, T. / Tono, K. / Song, C. / Tanaka, R. / Arima, T. / Yamashita, A. / Kobayashi, J. / Hosaka, T. / Mizohata, E. / Nogly, P. / Sugahara, M. / Nam, D. / Nomura, T. / Shimamura, T. / Im, D. / Fujiwara, T. / Yamanaka, Y. / Jeon, B. / Nishizawa, T. / Oda, K. / Fukuda, M. / Andersson, R. / Bath, P. / Dods, R. / Davidsson, J. / Matsuoka, S. / Kawatake, S. / Murata, M. / Nureki, O. / Owada, S. / Kameshima, T. / Hatsui, T. / Joti, Y. / Schertler, G. / Yabashi, M. / Bondar, A.N. / Standfuss, J. / Neutze, R. / Iwata, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 133 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 106.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5b6vSC ![]() 5b6wC ![]() 5b6xC ![]() 5b6yC ![]() 5b6zC ![]() 5h2hC ![]() 5h2iC ![]() 5h2jC ![]() 5h2kC ![]() 5h2lC ![]() 5h2nC ![]() 5h2oC ![]() 5h2pC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | |
実験データセット #1 | データ参照: ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 26814.412 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 14-261 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 11種, 37分子 ![](data/chem/img/RET.gif)
![](data/chem/img/L2P.gif)
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![](data/chem/img/DD9.gif)
![](data/chem/img/C14.gif)
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![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-RET / ![]() | ||||||||||||||||||
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#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-TRD / | ![]() #5: 化合物 | ChemComp-D10 / | ![]() #6: 化合物 | ChemComp-HP6 / | ![]() #7: 化合物 | ![]() #8: 化合物 | ![]() #9: 化合物 | ![]() #10: 化合物 | ChemComp-DD9 / | ![]() #11: 化合物 | ChemComp-C14 / | ![]() #12: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.77 % |
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結晶化![]() | 温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 5.4 / 詳細: 0.1M Na/K phosphate pH5.4, 30% PEG 2000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MPCCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2.1→38.92 Å / Num. obs: 14513 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 208 % / CC1/2: 0.983 / Net I/σ(I): 8.27 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 5B6V 解像度: 2.1→21.912 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 21.63 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→21.912 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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