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- PDB-5ggs: PD-1 in complex with pembrolizumab Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ggs
タイトルPD-1 in complex with pembrolizumab Fab
要素
  • Programmed cell death protein 1PD-1
  • heavy chain
  • light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / antibody (抗体)
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of tolerance induction / regulatory T cell apoptotic process / B cell apoptotic process / negative regulation of immune response / positive regulation of T cell apoptotic process / negative regulation of B cell apoptotic process / 液性免疫 / PD-1 signaling / regulation of immune response / 獲得免疫系 ...negative regulation of tolerance induction / regulatory T cell apoptotic process / B cell apoptotic process / negative regulation of immune response / positive regulation of T cell apoptotic process / negative regulation of B cell apoptotic process / 液性免疫 / PD-1 signaling / regulation of immune response / 獲得免疫系 / Potential therapeutics for SARS / external side of plasma membrane / apoptotic process / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
PD-1 / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / 抗体 ...PD-1 / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / 抗体 / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.997 Å
データ登録者Heo, Y.S.
引用ジャーナル: Nat Commun / : 2016
タイトル: Structural basis of checkpoint blockade by monoclonal antibodies in cancer immunotherapy
著者: Lee, J.Y. / Lee, H.T. / Shin, W. / Chae, J. / Choi, J. / Kim, S.H. / Lim, H. / Won Heo, T. / Park, K.Y. / Lee, Y.J. / Ryu, S.E. / Son, J.Y. / Lee, J.U. / Heo, Y.S.
履歴
登録2016年6月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月16日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: heavy chain
B: light chain
C: heavy chain
D: light chain
Y: Programmed cell death protein 1
Z: Programmed cell death protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,7786
ポリマ-125,7786
非ポリマー00
14,340796
1
A: heavy chain
B: light chain
Z: Programmed cell death protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,8893
ポリマ-62,8893
非ポリマー00
543
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5970 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area23930 Å2
手法PISA
2
C: heavy chain
D: light chain
Y: Programmed cell death protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,8893
ポリマ-62,8893
非ポリマー00
543
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5890 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area24260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.170, 54.195, 104.039
Angle α, β, γ (deg.)105.69, 96.99, 96.06
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: 抗体 heavy chain


分子量: 25237.191 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 light chain /


分子量: 23768.449 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質 Programmed cell death protein 1 / PD-1 / hPD-1


分子量: 13883.409 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 26-148 / Mutation: C93S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDCD1, PD1
発現宿主: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他)
参照: UniProt: Q15116
#4: 水 ChemComp-HOH / water /


分子量: 18.015 Da / 分子数: 796 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.43 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 100 mM MES, pH 6.5, 12% PEG500 MME, 6% PEG20,000, 50 mM ammonium acetate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→50 Å / Num. obs: 71844 / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 1.9 % / Net I/σ(I): 20.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 1.997→30.038 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 23.65 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.228 3604 5.02 %
Rwork0.1795 --
obs0.1819 71844 94.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.997→30.038 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8443 0 0 796 9239
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0088653
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.16511752
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.0463121
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0491310
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051517
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9975-2.02370.26751140.21632341X-RAY DIFFRACTION84
2.0237-2.05150.26931540.22132595X-RAY DIFFRACTION95
2.0515-2.08080.28181250.22452604X-RAY DIFFRACTION91
2.0808-2.11180.30091420.22242594X-RAY DIFFRACTION96
2.1118-2.14480.26371610.20912642X-RAY DIFFRACTION96
2.1448-2.180.24661430.19942704X-RAY DIFFRACTION96
2.18-2.21750.25321250.19592612X-RAY DIFFRACTION96
2.2175-2.25780.2951330.21072587X-RAY DIFFRACTION91
2.2578-2.30130.28461160.20252609X-RAY DIFFRACTION95
2.3013-2.34820.26041430.18882691X-RAY DIFFRACTION96
2.3482-2.39920.26911260.19972655X-RAY DIFFRACTION97
2.3992-2.4550.25831400.20022697X-RAY DIFFRACTION96
2.455-2.51640.28051530.19652666X-RAY DIFFRACTION97
2.5164-2.58440.27211390.19512702X-RAY DIFFRACTION96
2.5844-2.66040.27011280.19432644X-RAY DIFFRACTION97
2.6604-2.74620.24781420.18892624X-RAY DIFFRACTION95
2.7462-2.84430.25291630.18342667X-RAY DIFFRACTION96
2.8443-2.95810.24181410.18312588X-RAY DIFFRACTION95
2.9581-3.09260.25331550.17842659X-RAY DIFFRACTION95
3.0926-3.25540.20721380.17262644X-RAY DIFFRACTION96
3.2554-3.45910.22191290.16712617X-RAY DIFFRACTION94
3.4591-3.72580.19411500.15472537X-RAY DIFFRACTION92
3.7258-4.09990.18061400.15122567X-RAY DIFFRACTION93
4.0999-4.69120.1661070.13812675X-RAY DIFFRACTION95
4.6912-5.9030.17871440.16372688X-RAY DIFFRACTION97
5.903-30.04150.21981530.20392631X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.265-1.42-0.35352.94360.77261.51320.06590.56740.1138-0.4511-0.07940.2048-0.0814-0.07190.0480.2366-0.03630.00290.2286-0.00110.17260.5312-11.8737-16.9038
23.38170.24140.36372.33770.0155-0.02960.0321-0.1204-0.16460.142-0.05580.12320.23520.0181-0.02450.2477-0.01460.00960.17820.00370.15880.0886-18.182-10.945
32.0844-1.8924-1.4831.77571.26521.839-0.0495-0.00990.0126-0.05560.0690.0154-0.03170.0554-0.00590.1531-0.0368-0.00150.11390.00070.1642-4.78421.0409-4.1245
42.39320.5091-0.49584.1911-0.30532.1770.01750.1938-0.09380.1829-0.0123-0.2831-0.19530.0406-0.01430.123-0.0084-0.01160.19110.00740.1436-12.269612.82120.862
52.60841.64231.57675.13495.89467.5398-0.19520.13910.3411-0.5942-0.15560.8386-0.4001-0.25030.30150.23430.0004-0.04440.29310.03490.2124-20.363916.0976-3.1867
62.3866-2.56880.3452.7458-0.36882.8256-0.1779-0.19410.15350.52710.30290.28540.01690.0329-0.06410.11510.0003-0.01440.1992-0.00180.103216.80720.63643.5696
73.0291-0.6672-0.73255.7959-1.14252.8834-0.06860.1668-0.38790.2132-0.0996-0.65260.51050.38630.11030.21660.06510.01220.21930.01780.283123.3255-12.0018-1.1864
83.29430.8063-0.53394.2740.23182.4475-0.04180.18160.0459-0.2476-0.0546-0.1278-0.05590.10950.0620.1344-0.0214-0.00150.1581-0.01330.127519.1246-2.2906-7.8564
92.60950.6686-0.69455.42511.0821.57560.03030.28240.2126-0.3315-0.04060.1687-0.13260.05990.00520.1638-0.002-0.01460.20460.03330.159515.35183.4527-4.4916
100.564-1.0968-1.07286.15463.13322.2756-0.0213-0.06930.02790.0160.1367-0.31260.0910.0784-0.14090.16660.0214-0.06020.1650.00450.208411.72530.03062.2443
117.81546.10242.17987.61261.58024.6891-0.1462-0.020.3814-0.22490.08490.57560.136-0.67680.09630.21570.01730.00950.26580.01610.2047-20.090313.415812.6346
123.95212.3975-3.79811.8715-2.05913.5679-0.0863-0.2535-0.0815-0.0302-0.0154-0.02070.08940.14620.07050.18910.0048-0.01630.1795-0.0320.1548-5.095611.005814.6951
135.00391.1306-2.81391.4660.43253.1901-0.29020.3064-0.2425-0.16680.2057-0.07390.4009-0.12380.1150.1540.0592-0.06350.1470.0040.1517-3.64279.57310.9511
147.64381.6734-1.50673.38930.24133.7494-0.0765-0.3052-0.19610.1362-0.14550.21470.1756-0.31520.26560.21540.001-0.00550.19030.05110.1397-16.45548.36720.1315
153.83242.3232-3.72162.3033-1.41994.20980.1238-0.06150.7168-0.09-0.05110.1669-0.18020.0094-0.10960.2037-0.0066-0.03540.1171-0.01970.1452-7.755916.96321.8145
162.571-2.5345-2.21294.8412.0364.1999-0.0765-0.3007-0.3930.18440.0833-0.23530.20640.0207-0.09550.18250.0277-0.01380.15080.05060.1921-9.6914-5.730851.6006
173.3807-0.5238-0.90852.87660.61721.4439-0.0278-0.25210.02070.18390.0682-0.09140.09210.0112-0.09570.1602-0.0165-0.00180.1714-0.00560.1424-14.88894.454151.7844
186.2264-0.4063-1.42274.95430.81716.2561-0.090.1755-0.2201-0.1299-0.29720.56190.0058-0.50440.13310.1638-0.0211-0.01670.22880.03110.2331-24.80594.082848.7416
195.45682.21054.18724.36323.05533.78990.0357-0.3293-0.3180.2381-0.10450.17940.0808-0.32790.03920.180.00430.01550.20850.04850.1972-20.4618-2.490554.3943
202.0195-1.6505-1.09761.85181.13861.67210.0260.0455-0.03730.0524-0.0657-0.04380.0036-0.10570.0550.1664-0.05460.00240.13580.01740.1468-4.679-2.379242.6261
215.00141.0462-1.10031.95751.13581.08160.1776-0.0239-0.24070.2706-0.1103-0.0416-0.04610.0065-0.06990.24250.0325-0.00850.15080.04760.239811.3075-12.361137.539
223.03841.0586-0.01813.18520.58072.7009-0.14820.52120.53460.00880.1617-0.1125-0.00970.38280.01510.18650.0031-0.01140.15790.02850.192913.9751-8.690433.8683
237.59772.6139-4.38344.5804-1.16276.18120.0095-0.5234-0.66380.4019-0.2409-0.42490.26760.26080.24670.25780.0115-0.07580.20910.02140.211415.8578-17.342940.5923
245.91-2.33451.15551.14030.10241.7920.04440.3345-0.1678-0.1137-0.0171-0.14010.02720.0429-0.02950.21160.03230.01490.13320.0370.1181-2.664418.209333.5915
258.37880.82822.62193.80571.14953.3781-0.07040.1319-0.05520.0764-0.04980.3872-0.1123-0.48160.14520.16790.0204-0.0040.09010.05730.1714-15.804523.113838.4068
260.8796-0.5673-0.5780.99130.47530.70950.04210.01440.03960.0408-0.00390.00830.0152-0.0496-0.04240.1744-0.0013-0.02750.17380.01650.1699-0.998112.159938.9462
271.12651.1551.19423.38353.37143.4450.011-0.02870.0708-0.0666-0.17470.261-0.0256-0.0990.14060.1413-0.03040.03590.17250.00590.1589.935-2.488722.4063
281.09390.7118-0.54086.05013.84154.5410.1603-0.1102-0.04720.3654-0.21910.10630.2003-0.27040.0610.13720.0361-0.01510.15360.03980.178.3829-1.192226.0221
292.44120.1011-1.12547.56692.41313.7828-0.05580.1737-0.1215-0.0908-0.29590.31140.355-0.17740.30970.2142-0.0079-0.06230.21620.00470.15368.5043-14.027816.9459
301.41171.65890.52772.90372.29342.5090.1108-0.0026-0.1013-0.0308-0.0927-0.8089-0.08370.1125-0.00020.14120.0050.00950.24130.00990.168116.1324-4.553415.2365
316.21690.27840.82255.86160.27338.19950.0470.44120.42520.7598-0.0261-0.1925-0.8660.2577-0.06960.51770.02120.02220.21380.07310.4577-28.677732.205664.8318
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335.22950.4294-1.22526.6879-0.55675.15770.2934-0.1330.4746-0.1185-0.06590.0849-0.90210.1245-0.25790.30570.06540.04020.286-0.0590.3087-24.959426.102358.8393
345.10274.8665-2.42585.9787-4.75935.61840.1455-1.3432-0.52491.3949-0.3126-0.62850.21570.60880.16680.88410.210.01990.56030.24720.7332-27.13913.051571.3459
353.49641.2683-1.49945.7930.5431.49930.21820.1715-0.0085-0.5399-0.02240.71270.0217-0.4906-0.08190.33370.0449-0.01730.33060.01630.3006-30.290218.519853.6005
362.5817-1.3520.13171.3364-0.10313.47760.29860.26460.17590.20470.01670.4075-0.2562-0.5091-0.29430.27370.05980.08460.3095-0.01270.4474-35.444323.887159.5767
373.51850.34260.58453.72121.60015.13030.3212-1.1555-0.40250.7483-0.4305-0.19930.06640.2555-0.07120.55420.09620.02040.24390.0740.3653-28.916223.912565.6943
383.9992-0.3891-0.87576.13241.49735.89420.2846-0.1664-0.67010.0238-0.3272-0.87370.40510.76590.01570.3650.14640.0470.44990.02470.403831.2376-28.3662-24.4845
395.0951-0.8235-3.41119.0471-0.97417.90260.08090.7443-0.8591-0.5930.44990.12870.044-0.1974-0.49040.19730.02720.01950.2408-0.02550.287623.9095-23.565-23.7774
404.9128-0.81853.97765.3865-1.37988.3510.3230.4436-0.2107-0.6536-0.30740.21450.3966-0.55710.10950.25810.06950.02930.4363-0.0530.21218.0965-24.2332-26.3691
416.69481.1710.53892.29360.66160.64080.1339-0.7744-1.21180.5286-0.0561-0.39330.2751-0.1581-0.05820.41250.0167-0.0240.41820.09290.420720.0115-27.9135-14.7603
424.15390.32980.91186.81380.82446.3014-0.13810.4946-1.00190.16880.15730.17950.91460.12130.1930.4840.120.03460.3282-0.02130.445126.4498-33.9775-21.1393
432.0512-2.4871-1.70925.28791.96573.4550.37260.17750.6628-0.4768-0.3859-0.0493-0.3497-0.0867-0.13190.44560.13580.04820.4812-0.02560.340525.6606-17.7367-24.384
445.03030.7106-0.50827.4252-1.074.93960.10351.1319-0.2814-1.1753-0.070.30360.5028-0.3660.05050.37330.03310.01620.5133-0.05960.235526.5176-26.8574-31.7602
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 39 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 40 through 91 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 92 through 152 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 153 through 197 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 198 through 220 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 1 through 18 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 19 through 36 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 37 through 79 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 80 through 94 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 95 through 117 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 118 through 132 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 133 through 154 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 155 through 178 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 179 through 201 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 202 through 217 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 1 through 17 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 18 through 52 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 53 through 64 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 65 through 83 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 84 through 141 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 142 through 164 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 165 through 198 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 199 through 220 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 1 through 18 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 19 through 36 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 37 through 132 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 133 through 154 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 155 through 178 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 179 through 201 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'D' and (resid 202 through 217 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'Y' and (resid 33 through 38 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'Y' and (resid 39 through 58 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'Y' and (resid 59 through 70 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'Y' and (resid 71 through 75 )
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'Y' and (resid 76 through 99 )
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'Y' and (resid 100 through 127 )
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'Y' and (resid 128 through 146 )
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'Z' and (resid 31 through 62 )
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'Z' and (resid 63 through 70 )
40X-RAY DIFFRACTION40chain 'Z' and (resid 71 through 82 )
41X-RAY DIFFRACTION41chain 'Z' and (resid 83 through 99 )
42X-RAY DIFFRACTION42chain 'Z' and (resid 100 through 118 )
43X-RAY DIFFRACTION43chain 'Z' and (resid 119 through 133 )
44X-RAY DIFFRACTION44chain 'Z' and (resid 134 through 143 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る