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- PDB-5fwv: Wnt modulator Kremen crystal form III at 3.2A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fwv
タイトルWnt modulator Kremen crystal form III at 3.2A
要素KREMEN PROTEIN 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / WNT / CELL SURFACE (細胞膜) / SIGNALLING / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


Signaling by LRP5 mutants / Negative regulation of TCF-dependent signaling by WNT ligand antagonists / negative regulation of axon regeneration / cell communication / negative regulation of ossification / regulation of canonical Wnt signaling pathway / limb development / TCF dependent signaling in response to WNT / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / Wntシグナル経路 ...Signaling by LRP5 mutants / Negative regulation of TCF-dependent signaling by WNT ligand antagonists / negative regulation of axon regeneration / cell communication / negative regulation of ossification / regulation of canonical Wnt signaling pathway / limb development / TCF dependent signaling in response to WNT / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / Wntシグナル経路 / neuronal cell body / apoptotic process / 生体膜 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Kremen / Carbohydrate-binding WSC / WSC domain / WSC domain profile. / present in yeast cell wall integrity and stress response component proteins / Plasminogen Kringle 4 / Plasminogen Kringle 4 / CUB domain / Domain first found in C1r, C1s, uEGF, and bone morphogenetic protein. / CUB domain ...Kremen / Carbohydrate-binding WSC / WSC domain / WSC domain profile. / present in yeast cell wall integrity and stress response component proteins / Plasminogen Kringle 4 / Plasminogen Kringle 4 / CUB domain / Domain first found in C1r, C1s, uEGF, and bone morphogenetic protein. / CUB domain / CUB domain profile. / Spermadhesin, CUB domain superfamily / Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site / Kringle superfamily / Kringle domain signature. / Kringle domain profile. / Kringle domain / Kringle-like fold / Βバレル / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / その他 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Zebisch, M. / Jackson, V.A. / Jones, E.Y.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2016
タイトル: Structure of the Dual-Mode Wnt Regulator Kremen1 and Insight Into Ternary Complex Formation with Lrp6 and Dickkopf
著者: Zebisch, M. / Jackson, V.A. / Zhao, Y. / Jones, E.Y.
履歴
登録2016年2月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年7月27日Group: Other / Structure summary
改定 1.22016年8月24日Group: Database references
改定 1.32016年9月28日Group: Database references
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: KREMEN PROTEIN 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,1718
ポリマ－44,5521
非ポリマー6207
水362
1
A: KREMEN PROTEIN 1
ヘテロ分子

A: KREMEN PROTEIN 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,34316
ポリマ－89,1042
非ポリマー1,23914
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area3100 Å2
ΔGint-54.2 kcal/mol
Surface area26510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.844, 67.844, 198.193
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1324-

CL

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要素

#1: タンパク質 KREMEN PROTEIN 1


分子量: 44551.777 Da / 分子数: 1 / 断片: ECD, RESIDUES 29-373 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PHLSEC / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: Q96MU8
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.6 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES/MOPS 7.5 30 % P550MME_P20K DRIED OUT

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年9月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→67.8 Å / Num. obs: 8171 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 22.7 % / Biso Wilson estimate: 76.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.3 / Net I/σ(I): 13.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: その他
開始モデル: NONE

解像度: 3.2→64.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.864 / SU B: 53.731 / SU ML: 0.401 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.476 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26484 376 4.6 %RANDOM
Rwork0.19549 ---
obs0.1988 7732 98.61 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 75.628 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.21 Å20 Å20 Å2
2---0.21 Å20 Å2
3---0.42 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→64.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2305 0 33 2 2340
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0192419
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.022091
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8721.9363296
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.09634822
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5795293
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.31123.445119
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.65615335
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.4161513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.2330
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212802
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02617
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2374.361175
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.2294.361174
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.8836.5351467
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3714.6681244
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.283 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.349 25 -
Rwork0.323 487 -
obs--90.78 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.1671-1.95131.59283.0077-1.19211.9046-0.1522-0.126-0.14590.37580.23650.5290.0775-0.5314-0.08420.25480.0732-0.00420.18820.05550.18272.362521.801832.1761
26.1168-2.52660.01752.9939-0.08185.3841-0.18910.0923-0.2157-0.01020.03730.1030.2807-0.59350.15180.0801-0.0845-0.00750.15850.00350.02071.413515.88937.1239
33.04274.2725-1.261910.6686-0.13115.5280.2923-0.48850.23490.7486-0.0046-0.2582-0.24730.2437-0.28770.4268-0.0983-0.06810.2976-0.03140.178414.368438.83789.074
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A31 - 117
2X-RAY DIFFRACTION2A118 - 212
3X-RAY DIFFRACTION3A213 - 322

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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