PDB-5fiq: Exonuclease domain-containing 1 (Exd1) in the native conformation

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5fiq

タイトル

Exonuclease domain-containing 1 (Exd1) in the native conformation

要素

EXD1

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) /

EXONUCLEASE (エキソヌクレアーゼ) / PIRNA BIOGENESIS / DIMER /

RNA BINDING (リボ核酸)

機能・相同性

機能・相同性情報

PET complex / piRNA processing / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / P granule / meiotic cell cycle / protein homodimerization activity /

RNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

BOMBYX MORI (カイコ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Yang, Z. / Chen, K.M. / Pandey, R.R. / Homolka, D. / Reuter, M. / Rodino Janeiro, B.K. / Sachidanandam, R. / Fauvarque, M.O. / McCarthy, A.A. / Pillai, R.S.

引用

ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2016
タイトル: Piwi Slicing and Exd1 Drive Biogenesis of Nuclear Pirnas from Cytosolic Targets of the Mouse Pirna Pathway
著者: Yang, Z. / Chen, K.M. / Pandey, R.R. / Homolka, D. / Reuter, M. / Rodino Janeiro, B.K. / Sachidanandam, R. / Fauvarque, M.O. / Mccarthy, A.A. / Pillai, R.S.

履歴

登録	2015年10月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年12月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年1月13日	Group: Database references
改定 1.2	2016年1月20日	Group: Database references
改定 1.3	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5fiq.cif.gz	485.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5fiq.ent.gz	406.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5fiq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fi/5fiq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fi/5fiq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5fisSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3wib-d 4ife-d 1gt6-d 1r74-d 6k4z-d 3g9d-d 3a2m-d 3qtl-2 5wg1-d 2ff1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#3 - 2000年3月 DNAポリメラーゼ (DNA Polymerase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: EXD1

C: EXD1

E: EXD1

G: EXD1

I: EXD1

141 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: EXD1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
56.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: EXD1

E: EXD1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
56.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

G: EXD1

I: EXD1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
56.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	122.540, 81.580, 154.750
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 111.10, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: 0 / Beg auth comp-ID: LEU / Beg label comp-ID: LEU / Refine code: 0

Dom-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ILE	ILE	A	A	75 - 313	3 - 241
2	1	ILE	ILE	C	B	75 - 313	3 - 241
1	2	ILE	ILE	A	A	75 - 313	3 - 241
2	2	ILE	ILE	E	C	75 - 313	3 - 241
1	3	ILE	ILE	A	A	75 - 313	3 - 241
2	3	ILE	ILE	G	D	75 - 313	3 - 241
1	4	ILE	ILE	A	A	75 - 313	3 - 241
2	4	ILE	ILE	I	E	75 - 313	3 - 241
1	5	ASP	ASP	C	B	75 - 314	3 - 242
2	5	ASP	ASP	E	C	75 - 314	3 - 242
1	6	ASP	ASP	C	B	75 - 314	3 - 242
2	6	ASP	ASP	G	D	75 - 314	3 - 242
1	7	ASP	ASP	C	B	75 - 314	3 - 242
2	7	ASP	ASP	I	E	75 - 314	3 - 242
1	8	ASP	ASP	E	C	75 - 314	3 - 242
2	8	ASP	ASP	G	D	75 - 314	3 - 242
1	9	ASP	ASP	E	C	75 - 314	3 - 242
2	9	ASP	ASP	I	E	75 - 314	3 - 242
1	10	ASP	ASP	G	D	75 - 314	3 - 242
2	10	ASP	ASP	I	E	75 - 314	3 - 242

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.408, 0.884, -0.23), (-0.884, 0.32, -0.341), (-0.228, 0.342, 0.911)	25.29546, -10.95703, -23.40071
2	given	(-0.405, -0.883, 0.236), (-0.885, 0.314, -0.344), (0.229, -0.349, -0.909)	-81.69623, -10.76337, 167.43901
3	given	(-0.57, 0.549, -0.611), (-0.558, -0.805, -0.203), (-0.603, 0.226, 0.765)	88.85638, -28.88748, -7.94666
4	given	(0.574, -0.542, 0.613), (-0.545, -0.812, -0.207), (0.61, -0.215, -0.762)	-144.68066, -28.84359, 152.25386

#1: タンパク質	EXD1 分子量: 28102.447 Da / 分子数: 5 / 断片: EXONUCLEASE DOMAIN, RESIDUES 73-315 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BOMBYX MORI (カイコ) / 細胞株: BMN4 / 器官: OVARIES / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: H9IUR0*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	PROTEIN SEQUENCE CORRESPONDS TO MRNA SEQUENCE: GENBANK ID AK383154

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.3 % / 解説: OSCILLATION DATA WERE COLLECTED USING MXCUBEV2.0
結晶化	pH: 8.5 詳細: 35% (W/V) 1,6-HEXANEDIOL, 50 MM TRIS-HCL PH 8.5, 5 MM MGSO4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.976
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年4月8日 / 詳細: TOROIDAL MIRROR
放射	モノクロメーター: SI111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 53690 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 6.6
反射シェル	解像度: 2.4→2.5 Å / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.97 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 85.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0131	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 5FIS

5fis

解像度: 2.4→50.01 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.93 / SU B: 26.969 / SU ML: 0.265 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.489 / ESU R Free: 0.267 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24717	2596	4.8 %	RANDOM
R_work	0.221	-	-	-
obs	0.22226	51094	96.06 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 60.371 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.16 Å²	0 Å²	0.51 Å²
2-	-	-3.16 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.25 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→50.01 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9685	0	0	53	9738

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.019	9855
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.01	0.02	9623
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.012	1.962	13261
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.569	3	22224
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.502	5	1197
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.262	25.532	470
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.378	15	1918
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.115	15	35
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.113	0.2	1489
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	11019
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.007	0.02	2192
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.659	2.064	4803
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.658	2.063	4802
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.82	3.086	5995
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.106	2.342	5051
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	29924	0.06
1	2	C	29924	0.06
2	1	A	29962	0.06
2	2	E	29962	0.06
3	1	A	29966	0.07
3	2	G	29966	0.07
4	1	A	29784	0.07
4	2	I	29784	0.07
5	1	C	29852	0.07
5	2	E	29852	0.07
6	1	C	29854	0.07
6	2	G	29854	0.07
7	1	C	29746	0.08
7	2	I	29746	0.08
8	1	E	29762	0.07
8	2	G	29762	0.07
9	1	E	29912	0.07
9	2	I	29912	0.07
10	1	G	29954	0.06
10	2	I	29954	0.06

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.316	148	-
R_work	0.326	3315	-
obs	-	-	83.81 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3026	0.0292	-0.5617	0.3634	0.163	0.6183	0.0144	0.0502	-0.0467	-0.0833	0.0114	-0.0927	0.0872	0.0377	-0.0258	0.2468	0.0178	0.097	0.7538	0.0026	0.0606	-15.924	-29.024	62.979
2	0.759	0.4436	-0.8067	1.157	-0.3571	1.132	0.1055	0.0291	0.1419	0.037	0.0816	-0.0411	-0.0547	0.1693	-0.1871	0.2027	-0.0074	0.101	0.8386	-0.0301	0.0847	-20.536	-12.626	94.348
3	0.4639	0.2596	-0.4621	0.9152	-0.0468	1.3969	-0.0795	-0.1926	-0.0128	0.2195	0.0765	0.0172	0.2582	0.0366	0.003	0.3011	0.0185	0.0855	0.8304	0.0221	0.0348	-34.453	-27.405	116.745
4	0.9143	-0.2341	-0.0686	0.5176	-0.4417	2.6072	0.0195	0.0293	0.1729	-0.1409	0.1107	-0.1162	-0.1444	-0.2366	-0.1302	0.2759	-0.0272	0.1329	0.8245	-0.0015	0.0954	17.044	-41.432	118.309
5	0.5389	-0.2083	-0.4548	0.5366	0.1804	2.7222	-0.046	-0.3394	0.1459	0.1191	0.0766	-0.0159	0.3439	0.2468	-0.0306	0.2815	0.0334	0.0862	0.9692	-0.0525	0.0763	19.599	-50.492	147.005

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	73 - 314
2	X-RAY DIFFRACTION	2	C	75 - 314
3	X-RAY DIFFRACTION	3	E	75 - 314
4	X-RAY DIFFRACTION	4	G	75 - 314
5	X-RAY DIFFRACTION	5	I	75 - 314

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関連情報:EMDBヘッダ

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