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- PDB-5fgb: Three dimensional structure of broadly neutralizing human anti - ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fgb
タイトルThree dimensional structure of broadly neutralizing human anti - Hepatitis C virus (HCV) glycoprotein E2 Fab fragment HC33.4
要素
  • (Anti-HCV E2 Fab HC84-1 ...) x 2
  • Genome polyprotein
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / Fab fragment / neutralizing antibody (中和抗体) / Hepatitis C virus E2
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of hexokinase activity / modulation by virus of host cellular process / translocation of peptides or proteins into host cell cytoplasm / Toll-like receptor 2 binding / viral capsid assembly / adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / TBC/RABGAPs / hepacivirin / host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet ...positive regulation of hexokinase activity / modulation by virus of host cellular process / translocation of peptides or proteins into host cell cytoplasm / Toll-like receptor 2 binding / viral capsid assembly / adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / TBC/RABGAPs / hepacivirin / host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / transformation of host cell by virus / positive regulation of cytokinesis / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / negative regulation of protein secretion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / kinase binding / SH3 domain binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / viral nucleocapsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / ヘリカーゼ / ribonucleoprotein complex / induction by virus of host autophagy / RNA依存性RNAポリメラーゼ / virus-mediated perturbation of host defense response / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / タンパク質分解 / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
: / Hepatitis C virus core protein, chain A superfamily / Hepatitus C virus, Non-structural 5a protein, C-terminal / Hepatitis C virus NS5A, 1B domain superfamily / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, C-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, N-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2 / HCV NS5a protein C-terminal region / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus, Core protein, N-terminal ...: / Hepatitis C virus core protein, chain A superfamily / Hepatitus C virus, Non-structural 5a protein, C-terminal / Hepatitis C virus NS5A, 1B domain superfamily / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, C-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, N-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2 / HCV NS5a protein C-terminal region / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus, Core protein, N-terminal / Hepatitis C virus non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus capsid protein / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS2 / Hepatitis C virus, Non-structural 5a protein / Hepatitis C virus, Non-structural 5a protein, domain 1a / Hepatitis C virus non-structural 5a, 1B domain / NS5A domain 1a superfamily / Hepatitis C virus non-structural 5a protein membrane anchor / Hepatitis C virus non-structural 5a zinc finger domain / Hepatitis C virus non-structural 5a domain 1b / Hepacivirus nonstructural protein 2 (NS2) protease domain profile. / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4a / Hepatitis C virus non-structural protein NS4a / Hepatitis C virus, Core protein, C-terminal / Hepatitis C virus core protein / Hepatitis C virus, Non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus, Envelope glycoprotein E1 / Hepatitis C virus envelope glycoprotein E1 / RNA dependent RNA polymerase, hepatitis C virus / Viral RNA dependent RNA polymerase / Hepatitis C virus, NS3 protease, Peptidase S29 / Hepatitis C virus NS3 protease / Hepacivirus/Pegivirus NS3 protease domain profile. / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / 抗体 / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Hepatitis C virus genotype 1a (C型肝炎ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Girard-Blanc, C. / Rey, F.A. / Krey, T.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号
ANRS フランス
引用ジャーナル: J.Virol. / : 2016
タイトル: Antibody Response to Hypervariable Region 1 Interferes with Broadly Neutralizing Antibodies to Hepatitis C Virus.
著者: Keck, Z.Y. / Girard-Blanc, C. / Wang, W. / Lau, P. / Zuiani, A. / Rey, F.A. / Krey, T. / Diamond, M.S. / Foung, S.K.
履歴
登録2015年12月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月9日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Anti-HCV E2 Fab HC84-1 light chain
B: Anti-HCV E2 Fab HC84-1 light chain
C: Anti-HCV E2 Fab HC84-1 heavy chain
E: Anti-HCV E2 Fab HC84-1 heavy chain
F: Genome polyprotein
G: Genome polyprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,43017
ポリマ-108,3906
非ポリマー1,04111
10,881604
1
A: Anti-HCV E2 Fab HC84-1 light chain
C: Anti-HCV E2 Fab HC84-1 heavy chain
F: Genome polyprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,85910
ポリマ-54,1953
非ポリマー6657
543
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5370 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area19560 Å2
手法PISA
2
B: Anti-HCV E2 Fab HC84-1 light chain
E: Anti-HCV E2 Fab HC84-1 heavy chain
G: Genome polyprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,5717
ポリマ-54,1953
非ポリマー3764
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4990 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area19160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.810, 149.430, 67.950
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.08, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 FG

#3: タンパク質・ペプチド Genome polyprotein


分子量: 2295.511 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: Fragment Residues 406-425 of HCV strain H77 polyprotein
由来: (合成) Hepatitis C virus genotype 1a (isolate H) (C型肝炎ウイルス)
参照: UniProt: P27958, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ, hepacivirin, nucleoside-triphosphate phosphatase, ...参照: UniProt: P27958, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ, hepacivirin, nucleoside-triphosphate phosphatase, ヘリカーゼ, RNA依存性RNAポリメラーゼ

-
抗体 , 2種, 4分子 ABCE

#1: 抗体 Anti-HCV E2 Fab HC84-1 light chain


分子量: 23509.979 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pMT/BiP modified / 細胞株 (発現宿主): Schneider 2 / 発現宿主: Drosophila (ハエ)
#2: 抗体 Anti-HCV E2 Fab HC84-1 heavy chain


分子量: 28389.340 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pMT/BiP modified / 細胞株 (発現宿主): Schneider 2 / 発現宿主: Drosophila (ハエ)

-
非ポリマー , 3種, 615分子

#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : C3H8O3
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / : SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water /


分子量: 18.015 Da / 分子数: 604 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.28 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2
詳細: 100 mM sodium citrate pH 5.2 300 mM ammonium sulfate 100 mM potassium phosphate 1 M lithium chloride

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年4月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→50 Å / Num. obs: 118795 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 23.98 Å2 / Net I/σ(I): 12.52
反射 シェル解像度: 1.65→1.75 Å / 冗長度: 5.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.63 / % possible all: 98.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.2精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: hypthetical Fab assembled from the light chain of PDB 4JZO and the heavy chain of PDB 3KDM
解像度: 1.65→24.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9536 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9514 / SU R Cruickshank DPI: 0.08 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.081 / SU Rfree Blow DPI: 0.077 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.077
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1895 5936 5 %RANDOM
Rwork0.1711 ---
obs0.172 118727 99.91 %-
原子変位パラメータBiso mean: 29.36 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.2049 Å20 Å21.1656 Å2
2--4.792 Å20 Å2
3----7.9969 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.194 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.65→24.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6589 0 59 604 7252
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealRestraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.016811HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.099298HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2251SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes140HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1015HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6811HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.24
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion14.54
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion903SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies6HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance12HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle12HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact7872SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.69 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2516 434 4.99 %
Rwork0.2343 8255 -
all0.2352 8689 -
obs--99.91 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4818-0.91661.51451.1706-1.49263.2122-0.01770.0794-0.11510.06140.0113-0.1-0.02690.09940.0064-0.0584-0.00710.019-0.034-0.0107-0.0179-19.281226.875343.8978
21.12720.01410.27191.9649-0.40150.4469-0.00820.0037-0.01110.02620.0860.0068-0.1274-0.0667-0.0778-0.0084-0.00440.0028-0.03490.0015-0.0062-27.411233.440643.4052
31.7788-0.35080.89211.2188-0.66831.2709-0.00250.0083-0.03910.08360.10720.1675-0.095-0.0367-0.1047-0.045-0.00060.0058-0.05330.0132-0.0108-28.926.718146.7267
40.81940.18340.15831.79180.2650.8005-0.00690.058-0.0244-0.1278-0.03740.00570.07050.01350.0443-0.0108-0.0039-0.01050.01650.0062-0.0312-16.07932.120948.0129
51.67380.0642-0.27980.28430.5341.307-0.01190.0757-0.0737-0.0595-0.00260.00160.09110.20440.0146-0.02450.02310.00440.01090.01390.0158-9.0226-3.050244.2525
63.163-1.23920.50922.6339-1.11370.99750.0824-0.0691-0.3168-0.04690.08520.30340.0763-0.0953-0.1677-0.1245-0.0048-0.0204-0.07290.04170.0035-45.6353-7.848523.3598
73.5173-0.86430.65230.90930.13171.88220.16310.1436-0.5429-0.2240.09440.03780.3773-0.0856-0.25750.0018-0.0017-0.0694-0.0118-0.00680.0828-40.3555-13.246418.1684
81.69820.3355-0.19441.4475-0.37510.4980.04450.08740.07370.0079-0.010.108-0.02270.0034-0.0345-0.0550.0085-0.0028-0.00850.0069-0.0208-22.349815.737513.5685
91.0034-0.65940.44432.0194-0.33232.0614-0.03510.20050.1907-0.27760.05260.2097-0.08890.1143-0.0176-0.0237-0.0053-0.0037-0.01340.0392-0.05-17.112415.85252.2495
103.35760.7962-1.16841.3442-0.61751.27910.00940.16530.1944-0.0779-0.00390.0871-0.08550.0161-0.0055-0.0529-0.0008-0.0113-0.01380.0181-0.0173-20.978417.570110.428
111.6546-0.1835-0.19891.3568-0.19650.43670.0521-0.0654-0.0547-0.01980.04570.14680.098-0.0343-0.0978-0.03480.0022-0.0225-0.05630.0096-0.0072-26.6291-20.039227.5355
121.33710.2285-0.51112.92921.10221.89780.0035-0.1242-0.1186-0.00440.0785-0.0760.15670.0188-0.082-0.01410.0158-0.0206-0.02630.00010.0252-22.8586-25.456529.7485
130.46930.38250.05481.1539-0.56050.48540.03380.0221-0.0025-0.07530.06420.14520.0878-0.019-0.098-0.03060.0109-0.001-0.0279-0.00180.0043-23.8688-11.325823.4094
140.8620.20650.1781.4774-0.16540.72970.0006-0.0476-0.0120.1059-0.06580.1138-0.087-0.05480.0652-0.10020.01180.0072-0.0802-0.0006-0.1104-17.84876.994321.3969
150.7573-1.1461-0.49923.4540.85870.112-0.009-0.10540.1770.2948-0.0155-0.3699-0.05720.10170.02440.0512-0.0018-0.01340.0179-0.00080.0206-12.897211.30728.9811
162.1451.3961-0.47273.1633-1.45881.03390.07560.06550.24030.15650.16050.4895-0.1114-0.1364-0.2361-0.10730.01640.0323-0.0450.05690.042-44.931418.983348.9382
173.4789-0.2240.17061.6208-0.35550.54150.08380.0318-0.1208-0.0147-0.04210.04650.04840.0409-0.0417-0.0688-0.00170-0.02380.0101-0.0691-20.8524-5.390356.7057
181.52730.0448-0.16220.55510.17892.091-0.0463-0.2-0.14830.22280.0360.21260.0546-0.0240.0102-0.01080.0061-0.0062-0.00550.0372-0.0243-19.8929-5.547468.9299
193.2673-0.730.97781.1828-0.70181.0059-0.0490.01580.12240.0572-0.02540.0451-0.00570.07220.0745-0.0540.0015-0.01060.00760.0094-0.0168-22.7884-0.787557.6471
205.9726-0.67542.01832.3262-1.09281.70070.0551-0.3459-0.54710.07050.01350.0680.1994-0.008-0.0686-0.03940.0026-0.0012-0.02180.04610.0029-18.8804-12.806764.1249
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{C|1 - 20}
2X-RAY DIFFRACTION2{C|21 - 86}
3X-RAY DIFFRACTION3{C|87 - 126}
4X-RAY DIFFRACTION4{C|127 - 214}
5X-RAY DIFFRACTION5{C|215 - 223}
6X-RAY DIFFRACTION6{B|1 - 90}
7X-RAY DIFFRACTION7{B|91 - 106}
8X-RAY DIFFRACTION8{B|107 - 147}
9X-RAY DIFFRACTION9{B|148 - 161}
10X-RAY DIFFRACTION10{B|162 - 212}
11X-RAY DIFFRACTION11{E|1 - 64}
12X-RAY DIFFRACTION12{E|65 - 83}
13X-RAY DIFFRACTION13{E|84 - 135}
14X-RAY DIFFRACTION14{E|143 - 193}
15X-RAY DIFFRACTION15{E|194 - 222}
16X-RAY DIFFRACTION16{A|1 - 107}
17X-RAY DIFFRACTION17{A|108 - 142}
18X-RAY DIFFRACTION18{A|143 - 160}
19X-RAY DIFFRACTION19{A|161 - 186}
20X-RAY DIFFRACTION20{A|187 - 213}

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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