PDB-5fce: The crystal structure of the ligand binding region of Serine-glut...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5fce

タイトル

The crystal structure of the ligand binding region of Serine-glutamate repeat protein A (SgrA) of Enterococcus faecium

要素

LPXTG family cell surface protein Fms2

キーワード

CELL ADHESION (細胞接着) / Flattened barrel

機能・相同性

membrane => GO:0016020 / LPXTG family cell surface protein Fms2

機能・相同性情報

生物種

Enterococcus faecium DO (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.798 Å

データ登録者

Ponnuraj, K. / Nagarajan, R.

引用

ジャーナル: FEBS J. / 年: 2016
タイトル: The crystal structure of the ligand-binding region of serine-glutamate repeat containing protein A (SgrA) of Enterococcus faecium reveals a new protein fold: functional characterization ...
著者: Nagarajan, R. / Hendrickx, A.P. / Ponnuraj, K.

履歴

登録	2015年12月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年7月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年10月11日	Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_struct_oper_list / reflns_shell Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _reflns_shell.percent_possible_all
改定 1.2	2017年12月6日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5fce.cif.gz	61.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5fce.ent.gz	47.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5fce.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fc/5fce ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fc/5fce	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4k9j-d 2hx8-1 5i28-11 1ilu-10 3p0c-2 1b2z-2 2nmm-3 5aot-d 1brg-3 1b21-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: LPXTG family cell surface protein Fms2

B: LPXTG family cell surface protein Fms2

26.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: LPXTG family cell surface protein Fms2

登録者が定義した集合体
13.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: LPXTG family cell surface protein Fms2

登録者が定義した集合体
13.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	35.901, 56.722, 59.746
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 107.220, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	LPXTG family cell surface protein Fms2 / Cell wall anchored protein SgrA 分子量: 13081.272 Da / 分子数: 2 / 断片: ligand binding domain (UNP RESIDUES 32-147) / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterococcus faecium DO (バクテリア) 遺伝子: fms2, HMPREF0351_11523 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q3Y373
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 277 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

LPXTG family cell surface protein Fms2 / Cell wall anchored protein SgrA

分子量: 13081.272 Da / 分子数: 2 / 断片: ligand binding domain (UNP RESIDUES 32-147) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Enterococcus faecium DO (バクテリア)
遺伝子: fms2, HMPREF0351_11523 / プラスミド: pET28a / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q3Y373

#2: 水

ChemComp-HOH / water /

水

分子量: 18.015 Da / 分子数: 277 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.62 % 解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS. Thin needle like.
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 40% PEG 2K MME, 100mM imidazole, 25mm Magnesium chloride

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ELETTRA

/ ビームライン: 5.2R / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月18日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.79→40.231 Å / Num. obs: 21433 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.43 % / B_iso Wilson estimate: 16.64 Å² / R_merge F obs: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.101 / R_rim(I) all: 0.106 / Χ²: 1.196 / Net I/σ(I): 18.92 / Num. measured all: 436641

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
1.8-1.84		9.6	0.899	0.764	3.87	29351	3045	3045	0.807	100
1.84-1.9			0.957	0.526	5.45	30524	3086	3083	0.554	99.9
1.9-1.95			0.974	0.43	6.95	31170	2900	2897	0.451	99.9
1.95-2.01			0.982	0.352	8.31	31126	2895	2890	0.37	99.8
2.01-2.08			0.986	0.292	9.88	29372	2737	2740	0.307	100
2.08-2.15			0.991	0.236	11.61	28537	2686	2680	0.248	99.8
2.15-2.23			0.992	0.206	13.2	27908	2637	2633	0.216	99.8
2.23-2.32			0.992	0.182	14.59	25073	2427	2427	0.191	100
2.32-2.42			0.994	0.153	15.93	23716	2411	2402	0.161	99.6
2.42-2.54			0.995	0.133	18.2	22807	2270	2273	0.14	100
2.54-2.68			0.996	0.112	20.75	21660	2151	2150	0.118	100
2.68-2.84			0.997	0.094	24.95	22173	2072	2063	0.099	99.6
2.84-3.04			0.998	0.077	28.93	21259	1923	1923	0.081	100
3.04-3.28			0.999	0.064	34.15	19755	1797	1793	0.067	99.8
3.28-3.6			0.999	0.056	38.45	17669	1642	1634	0.058	99.5
3.6-4.02			0.998	0.054	41	15194	1491	1483	0.057	99.5
4.02-4.64			0.999	0.044	44.06	12635	1305	1306	0.047	100
4.64-5.69			0.999	0.043	46.52	11380	1106	1106	0.045	100
5.69-8.04			0.999	0.048	46.28	10037	862	858	0.051	99.5
	8.04		0.999	0.039	54.9	5295	471	468	0.04	99.4

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE	November 3, 2014	データスケーリング
PHENIX	1.8-1069	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
XDS	November 3, 2014	データ削減
PHENIX	1.8-1069	位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.798→40.231 Å / FOM work R set: 0.8398 / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.87 / 位相誤差: 23.35 / 立体化学のターゲット値: MLHL
詳細: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS.

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2308	3913	9.35 %
R_work	0.188	37958	-
obs	0.192	21433	99.94 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 55.85 Å² / B_iso mean: 22.28 Å² / B_iso min: 14.56 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.798→40.231 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1810	0	0	277	2087
B_iso mean	-	-	-	26.88	-
残基数	-	-	-	-	231

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	1844
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.119	2511
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.076	299
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	312
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.488	667

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7976-1.8195	0.3333	131	0.2674	1361	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8195-1.8426	0.3002	146	0.2382	1299	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8426-1.8668	0.2965	141	0.2249	1427	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8668-1.8924	0.2327	145	0.208	1338	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8924-1.9194	0.2543	134	0.209	1375	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9194-1.9481	0.223	134	0.1946	1319	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9481-1.9785	0.2729	138	0.1797	1378	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9785-2.0109	0.2101	134	0.1956	1368	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0109-2.0456	0.235	136	0.1952	1328	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0456-2.0828	0.2327	140	0.1943	1358	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0828-2.1229	0.2151	146	0.1858	1393	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1229-2.1662	0.2231	136	0.1841	1335	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1662-2.2133	0.2437	140	0.205	1355	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2133-2.2648	0.2877	140	0.1962	1355	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2648-2.3214	0.3027	136	0.2113	1350	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3214-2.3842	0.2797	150	0.2008	1372	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3842-2.4543	0.2064	128	0.1947	1321	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4543-2.5335	0.2349	149	0.2015	1361	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5335-2.624	0.2878	139	0.1983	1349	X-RAY DIFFRACTION	100
2.624-2.7291	0.2421	146	0.2075	1382	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7291-2.8533	0.2539	144	0.2008	1348	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8533-3.0036	0.2276	141	0.2067	1364	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0036-3.1918	0.2672	135	0.1999	1337	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1918-3.4381	0.1891	140	0.1693	1367	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4381-3.7838	0.1845	141	0.1574	1349	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7838-4.3308	0.2103	146	0.1678	1358	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3308-5.4542	0.185	139	0.1451	1342	X-RAY DIFFRACTION	100

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