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- PDB-5esq: Cetuximab Fab in complex with cyclic beta-alanine-linked meditope -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5esq
タイトルCetuximab Fab in complex with cyclic beta-alanine-linked meditope
要素
  • Cetuximab Fab heavy chain
  • Cetuximab Fab light chain
  • Cyclic beta-alanine-linked meditope
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / antibody (抗体) / anti-EGFR
機能・相同性抗体 / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta / リン酸塩
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Bzymek, K.P. / Williams, J.C.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2016
タイトル: Cyclization strategies of meditopes: affinity and diffraction studies of meditope-Fab complexes.
著者: Bzymek, K.P. / Ma, Y. / Avery, K.A. / Horne, D.A. / Williams, J.C.
履歴
登録2015年11月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月13日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cetuximab Fab light chain
B: Cetuximab Fab heavy chain
C: Cetuximab Fab light chain
D: Cetuximab Fab heavy chain
E: Cyclic beta-alanine-linked meditope
F: Cyclic beta-alanine-linked meditope
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,41312
ポリマ－96,8446
非ポリマー5706
水6,323351
1
A: Cetuximab Fab light chain
B: Cetuximab Fab heavy chain
E: Cyclic beta-alanine-linked meditope
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,7076
ポリマ－48,4223
非ポリマー2853
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5500 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area18650 Å2
手法PISA
2
C: Cetuximab Fab light chain
D: Cetuximab Fab heavy chain
F: Cyclic beta-alanine-linked meditope
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,7076
ポリマ－48,4223
非ポリマー2853
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5540 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area18650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.140, 82.570, 212.070
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 Cetuximab Fab light chain


分子量: 23287.705 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: unidentified (未定義)
#2: 抗体 Cetuximab Fab heavy chain


分子量: 23725.504 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: unidentified (未定義)
#3: タンパク質・ペプチド Cyclic beta-alanine-linked meditope


分子量: 1408.626 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 351 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.58 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M citric acid, 0.1 M sodium hydrogen phosphate, 0.4 M potassium hydrogen phosphate, 1.6 M sodium dihydrogen phosphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年9月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→34.26 Å / Num. obs: 37518 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 5.49 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 20.57
反射 シェル解像度: 2.55→2.62 Å / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / % possible all: 93

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化解像度: 2.55→34.26 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 22.72 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2419 1868 4.98 %
Rwork0.1898 --
obs0.1923 37508 99.24 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→34.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6683 0 30 351 7064
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0046939
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7579457
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.1112470
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0491067
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041211
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5458-2.61460.31971430.24442534X-RAY DIFFRACTION93
2.6146-2.69150.31121420.22892705X-RAY DIFFRACTION100
2.6915-2.77830.29621430.22212716X-RAY DIFFRACTION100
2.7783-2.87760.28321500.21552710X-RAY DIFFRACTION100
2.8776-2.99270.251340.21252741X-RAY DIFFRACTION100
2.9927-3.12880.29231610.21382695X-RAY DIFFRACTION100
3.1288-3.29370.27561380.20372753X-RAY DIFFRACTION100
3.2937-3.49980.26441410.19682735X-RAY DIFFRACTION100
3.4998-3.76970.26121410.19272768X-RAY DIFFRACTION99
3.7697-4.14850.21721320.17382758X-RAY DIFFRACTION100
4.1485-4.74750.18781340.14362802X-RAY DIFFRACTION100
4.7475-5.97610.1931330.16032817X-RAY DIFFRACTION100
5.9761-34.26230.19971760.19352906X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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