+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5eou | |||||||||
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Title | Pseudomonas aeruginosa PilM:PilN1-12 bound to ATP | |||||||||
Components | Type 4 fimbrial biogenesis protein PilM,Type 4 fimbrial biogenesis protein PilN | |||||||||
Keywords | PEPTIDE BINDING PROTEIN / PilM / PilN / Type IV Pilus / T4P | |||||||||
Function / homology | Function and homology information type IV pilus / type IV pilus assembly / type IV pilus-dependent motility / membrane => GO:0016020 / cell division / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Pseudomonas aeruginosa (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.4 Å | |||||||||
Authors | McCallum, M. / Tammam, S. / Robinson, H. / Shah, M. / Calmettes, C. / Moraes, T. / Burrows, L. / Howell, L.P. | |||||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2016 Title: PilN Binding Modulates the Structure and Binding Partners of the Pseudomonas aeruginosa Type IVa Pilus Protein PilM. Authors: McCallum, M. / Tammam, S. / Little, D.J. / Robinson, H. / Koo, J. / Shah, M. / Calmettes, C. / Moraes, T.F. / Burrows, L.L. / Howell, P.L. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5eou.cif.gz | 271.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5eou.ent.gz | 219.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5eou.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eo/5eou ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eo/5eou | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5eoxC 5eoySC 5eq6C C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 40044.574 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228) (bacteria), (gene. exp.) Pseudomonas aeruginosa (bacteria) Strain: ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228 / Gene: pilM, PA5044, pilN, PA5043 / Plasmid: pET28a / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: G3XD28, UniProt: G3XD30 |
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-Non-polymers , 6 types, 118 molecules
#2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Chemical | ChemComp-CL / #4: Chemical | #5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-ATP / | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.47 Å3/Da / Density % sol: 50.26 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: ammonium sulphate, tris / PH range: 8 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS / Beamline: X29A / Wavelength: 1.075 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Mar 5, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.075 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.4→50 Å / Num. obs: 37322 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 19.9 % / Rsym value: 0.135 / Net I/σ(I): 21.2 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5EOY Resolution: 2.4→39.497 Å / SU ML: 0.31 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 25.08 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.4→39.497 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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