+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5j5u | ||||||
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Title | Fjoh_4561 chitin-binding protein | ||||||
Components | RagB/SusD domain protein | ||||||
Keywords | CHITIN-BINDING PROTEIN / Flavobacterium johnsoniae SusD homolog | ||||||
Function / homology | SusD-like 2 / Starch-binding associating with outer membrane / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / RagB/SusD domain protein Function and homology information | ||||||
Biological species | Flavobacterium johnsoniae (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.3 Å | ||||||
Authors | Koropatkin, N.M. | ||||||
Citation | Journal: Biotechnol Biofuels / Year: 2016 Title: A polysaccharide utilization locus from Flavobacterium johnsoniae enables conversion of recalcitrant chitin. Authors: Larsbrink, J. / Zhu, Y. / Kharade, S.S. / Kwiatkowski, K.J. / Eijsink, V.G. / Koropatkin, N.M. / McBride, M.J. / Pope, P.B. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5j5u.cif.gz | 365.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5j5u.ent.gz | 296.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5j5u.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j5/5j5u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j5/5j5u | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5j90SC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASN / Beg label comp-ID: ASN / End auth comp-ID: ASN / End label comp-ID: ASN / Auth seq-ID: 36 - 505 / Label seq-ID: 15 - 484
|
-Components
#1: Protein | Mass: 53976.949 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Flavobacterium johnsoniae (strain ATCC 17061 / DSM 2064 / UW101) (bacteria) Strain: ATCC 17061 / DSM 2064 / UW101 / Gene: Fjoh_4561 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): Rosetta(DE3)pLysS / References: UniProt: A5FB55 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.61 Å3/Da / Density % sol: 52.83 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 Details: PegRx screen #2, condition 48: 3% Dextran sulfate sodium salt, 0.1 M Bicine pH 8.5, 15% Poly(ethylene) glycol 20,000 Temp details: room temp |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-G / Wavelength: 0.979 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jul 30, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.3→44.49 Å / Num. obs: 181362 / % possible obs: 97.3 % / Redundancy: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 22.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.123 / Net I/av σ(I): 7.88 / Net I/σ(I): 7.88 |
Reflection shell | Resolution: 2.3→2.382 Å / Redundancy: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.3061 / Mean I/σ(I) obs: 4.14 / % possible all: 96.68 |
-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5J90 Resolution: 2.3→44.49 Å / SU ML: 0.34 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / Phase error: 27.83
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 71.39 Å2 / Biso mean: 26.0173 Å2 / Biso min: 5.48 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.3→44.49 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 28
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