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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5ee0 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of OsYchF1 at pH 6.5 | ||||||
要素 | Obg-like ATPase 1 | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / OSYCHF1 / GTP-BINDING PROTEIN (Gタンパク質) / AMP-PNP / YCHF-TYPE / P-LOOP NTPASE / ATP-BINDING PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of response to salt stress / negative regulation of defense response to bacterium / ribosomal large subunit binding / response to salt stress / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / GTPase activity / GTP binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding ...negative regulation of response to salt stress / negative regulation of defense response to bacterium / ribosomal large subunit binding / response to salt stress / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / GTPase activity / GTP binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Oryza sativa subsp. japonica (イネ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Li, X. / Chen, Z. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016 タイトル: ATP binding by the P-loop NTPase OsYchF1 (an unconventional G protein) contributes to biotic but not abiotic stress responses 著者: Cheung, M.-Y. / Li, X. / Miao, R. / Fong, Y.-H. / Li, K.-P. / Yung, Y.-L. / Yu, M.-H. / Wong, K.-B. / Chen, Z. / Lam, H.-M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5ee0.cif.gz | 159.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5ee0.ent.gz | 124.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5ee0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ee/5ee0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ee/5ee0 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44485.887 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Oryza sativa subsp. japonica (イネ) 遺伝子: OS08G0199300, OSYCHF1 / プラスミド: PRSETA-HISSUMO / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q6Z1J6, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.84 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: PEG, 0.2M MGCL2, PH 6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 130 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2013年5月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 23625 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rsym value: 0.052 / Net I/σ(I): 19 |
反射 シェル | 解像度: 2.21→2.25 Å / Rmerge(I) obs: 0.59 / % possible all: 99.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2OHF 解像度: 2.2→32.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.907 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / SU B: 11.723 / SU ML: 0.155 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3 / ESU R: 0.415 / ESU R Free: 0.261 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 38.21 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→32.84 Å
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拘束条件 |
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